Divergent pattern between phenotypic and genetic variation in Scots pine - Results from seedlings exposure to freezing temperatures
type: Dataset
distribution: Landing page for the dataset
title: Olika mönster mellan genetisk variation och lokal anpassning hos tall - Resultatsprotokoll från frystet av fröplantorna @sv
description: In this study, we sampled 54 Scots pine populations from the Norwegian coast over the Arctic Circle to western Russia covering 47.3 longitudes or more than 1/8th of the earth’s circumference, which represents the most comprehensive coverage of Northern Europe to date. We inferred variation in autumn phenology and dormancy progression from freeze hardiness tests conducted on >5000 seedlings, of which >900 seedlings from 24 populations were genotyped using genotyping-by-sequencing (GBS). Our main goal was to evaluate adaptive responses in Scots pine at phenotype and genotype levels. Evaluation of cold hardiness along environmental and geographical gradients would contribute to an understanding of the performance of these gradients for predicting freeze damage levels. The genotype data allow evaluation of genetic variance across landscapes and thus shed light on the degree of genetic-environmental association and the recolonization history of Scots pine in Scandinavia. The resulting damage levels (Damage) from exposing seedlings to freezing temperature. The damage levels were scored between 1 to two weeks after exposure to allow discoloration. A 0 damage level meant no discoloration while 6 was completely discolored or dead. Damage levels were rank normalized (DamageN) across replications (Repl).
description: I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Fröplantornas skadegrad (Damage) skattades till ett värde mellan 0 (ingen skada) till 6 (död) denna skadegrad normaliserades sedemera med ranknormalisering (DamageN) över alla replikat (Repl). @sv
modified: 2021-01-29T07:50:20.802629Z
issued: 2021-01-29T07:50:20.802629Z
publisher: Umeå University
access rights: PUBLIC
qualified attribution: Attribution
  had role: principalInvestigator
  agent: David Hall
    type: Agent
    account: https://orcid.org/0000-0001-8152-2713
    type: PrivateIndividual(s)
keyword: genetic population structure
keyword: population structure
keyword: population genetics
keyword: GBS
keyword: Pinus sylvestris
keyword: Scots pine
keyword: Tall @sv
temporal: PeriodOfTime
  start date: 1985
  end date: 2017
language: ENG

Landing page for the dataset
type: Distribution
title: Landningssida för datasetet @sv
access URL: Divergent pattern between phenotypic and genetic variation in Scots pine - Results from seedlings exposure to freezing temperatures
availability: stable

Umeå University
type: Agent
name: Umeå universitet @sv
type: Academia-ScientificOrganisation
source: 05kb8h459