Utilizing volatile organic compounds for early detection of Fusarium circinatum
type: Dataset
distribution: Landing page for the dataset
title: Analys av flyktiga organiska ämnen för tidig detektion av Fusarium circinatum @sv
description: Fusarium circinatum, a fungal pathogen deadly to many Pinus species, can cause significant economic and ecological losses, especially if it were to become more widely established in Europe. Early detection tools with high-throughput capacity can increase our readiness to implement mitigation actions against new incursions. This study sought to develop a disease detection method based on volatile organic compound (VOC) emissions to detect F. circinatum on different Pinus species. VOCs emitted from four different Fusarium species (Fusarium circinatum, Fusarium graminearum, Fusarium bulbicola and Fusarium oxysporum f.sp. pini) grown on Elliott's media agar (in vitro), and three Pinus species (Pinus radiata, Pinus sylvestris, Pinus pinea) inoculated with either i) Fusarium circinatum or ii) mock treatment (in vivo). The four Fusarium species were grown on media and analysed in order to compare their respective VOCs profiles, while the pinus seedlings were analysed in order to determine whether Fusarium circinatum-inoculated seedlings' VOCs profiles could be distinguished from mock inoculated seedlings. The VOCs were sampled using static headspace sampling, enclosing the samples individually in (relatively inert) high-density poly-ethylene bags along with SPME fibers. Divinylbenzene/carboxen/polydimethylsiloxane SPME fibers needle size was 24 ga, 2 cm long and coated with 30 μm (CAR/PDMS layer), 50 μm (DVB layer) (Merck KGaA, Darmstadt, Germany). Immediately after sampling, the SPME fibers were manually injected through an ultra-inert, splitless, straight, 2 mm liner (Agilent, Santa Clara, USA) on a 6890N GC (Agilent Technologies, Santa Clara, USA) coupled with a 5973 MS (Agilent Technologies, Santa Clara, USA). The column was a HP-5ms ultra inert 60m GC column, 0.25 mm, 0.25 µm, 7 inch cage (Agilent, Santa Clara, USA). A C8-C20 hexane mix (Merck KGaA, Darmstadt, Germany). GC-MS was performed through MSD ChemStation version E.02.02.1431 (Agilent Technologies, Santa Clara…
description: Fusarium circinatum, en svampart som orsakar dödlig sjukdom på många tallarter, kan orsaka signifikanta ekonomiska och ekologiska förluster, särskilt om den skulle bli mer etablerad i Europa. Verktyg, som möjliggör tidig detektion och provtagning av många prover samtidigt, kan öka vår beredskap och initiera förebyggande åtgärder mot nya patogener. Den här studien syftade till att utveckla ett sådant verktyg baserat på analys av flyktiga organiska ämnen (VOCs) för att kunna detektera F. circinatum på olika tallarter. VOCs som utsöndrades från fyra olika Fusariumarter (Fusarium circinatum, Fusarium graminearum, Fusarium bulbicola och Fusarium oxysporum f.sp. pini) kultiverade på Elliott's media agar (in vitro), och tre tallarter (Pinus radiata, Pinus sylvestris, Pinus pinea) inokulerade med antingen i) Fusarium circinatum eller ii) steril lösning (in vivo). De fyra Fusarium-arterna kultiverades på identiskt media och analyserades för att jämföra deras respektive VOCs-profiler, medan tallplantorna analyserades med syfte att avgöra huruvida Fusarium circinatum-inokulerade plantors VOCs-profiler kunde urskiljas från de som inokulerats med steril lösning. VOCs-prover samlades med hjälp av statisk headspace-metod, där varje enskild svampkultur/planta innesluts i en relativt inert plastpåse (high-density poly-ethylene) ihop med en SPME fiber. Divinylbenzene/carboxen/polydimethylsiloxane SPME fibrer med en nålstorlek på 24 ga, 2 cm lång och täckt med 30 μm (CAR/PDMS lager), 50 μm (DVB lager) (Merck KGaA, Darmstadt, Germany) användes för denna studie. Omedelbart efter provsamling så injicerades fibern manuellt genom en ultra-inert, splitless, straight, 2 mm liner (Agilent, Santa Clara, USA) på en 6890N GC (Agilent Technologies, Santa Clara, USA) med en 5973 MS (Agilent Technologies, Santa Clara, USA). Kolonnen var en HP-5ms ultra inert 60m GC kolonn, 0.25 mm, 0.25 µm, 7 inch cage (Agilent, Santa Clara, USA). Programvaran för GC-MS var MSD ChemStation version E.02.02.1431 (Agi… @sv
modified: 2022-12-15T13:12:11.593186Z
issued: 2022-12-15T13:12:11.593186Z
publisher: Swedish University of Agricultural Sciences
theme: TECH
access rights: PUBLIC
qualified attribution: Attribution
  had role: principalInvestigator
  agent: Ida Nordström
    type: Agent
    account: https://orcid.org/0000-0002-9636-6626
    type: PrivateIndividual(s)
contact point: Individual
  fn: Ida Nordström
keyword: gas chromatography
keyword: gaskromatografi @sv
keyword: plant health care
keyword: forest health
keyword: plant diseases
keyword: växtsjukdomar @sv
keyword: biosecurity
keyword: biosäkerhet @sv
keyword: plant health control
keyword: växtkontroll @sv
keyword: mass spectrometry
keyword: solid phases
keyword: fusarium graminearum schwabe
keyword: fusarium bulbicola nirenberg & o'donnell
keyword: pinus radiata d. don
keyword: pinus sylvestris l.
keyword: fusarium circinatum nirenberg & o'donnell
keyword: fusarium oxysporum schltdl.
keyword: pinus pinea l.
keyword: fusarium
keyword: pinus
keyword: VOCs
keyword: SPME
keyword: plant health
keyword: växthälsa @sv
keyword: volatile organic compounds
keyword: volatila organiska ämnen @sv
keyword: pathogens
keyword: patogener @sv
keyword: Pine Pitch Canker
keyword: Tallens hartskräfta @sv
keyword: bio security
keyword: disease detection
keyword: sjukdomsdetektion @sv
language: ENG

Landing page for the dataset
type: Distribution
title: Landningssida för datasetet @sv
access URL: Utilizing volatile organic compounds for early detection of Fusarium circinatum
availability: stable

Swedish University of Agricultural Sciences
type: Agent
name: Sveriges lantbruksuniversitet @sv
type: Academia-ScientificOrganisation
source: 02yy8x990