Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller, och fylogenetiska filer Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) from Iveragh Peninsula (Ireland) - CT-Data, 3D-Models, and Phylogenetic Analyses Files 2022-247-1-1 https://doi.org/10.57804/8y8t-kr41 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) från Iveragh-halvön (Irland) - CT-data, 3D-modeller, och fylogenetiska filer Bothriolepis (Placodermi, Arthrodira) from Iveragh Peninsula (Ireland) - CT-Data, 3D-Models, and Phylogenetic Analyses Files 2022-247-1-1 https://doi.org/10.57804/8y8t-kr41 10.1371/journal.pone.0280208 urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F Dupret, Vincent Dupret, Vincent ERC-2020-ADG 101019613 ERC-2020-ADG 101019613 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page phylogeny fylogeni palaeogeography paleogeografi Devonian devon stratigraphy stratigrafi systematics systematik (biologi) The current data set refers to the study of fossil fish material from Southwest Ireland (Placodermi, Antiarchi; Givetian of the Iveragh Peninsula). The data consist of SEM elemental mapping (section 1), CTscan image stacks and subsequent working files (i.e. segmentation, visualisation files, STLs and 3D PDF files; sections 2-5), as well as phylogenetic analyses related to the genus Bothriolepis studied in the article (section 6). * Zoobank LSID for article: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F * Zoobank LSID for taxon Bothriolepis dairbhrensis: urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E The dataset corresponding to the article Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. In Press. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE. with the LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F and the species Bothriolepis dairbhrensis Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Gzegorz Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg with the LSID urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E is composed of the following files: 1. Elemental analysis (SEM) equipment: Hitachi S–3600N Scanning Electron Microscope (SEM); JPGS are original output. 2. CT-scans datasets In London, the material was CT-scanned with a Nikon HMX ST 225 system, Nikon Metrology, Leuven, Belgium, with a tungsten reflection target. Detailed settings files were adjusted for each specimen and are given in associated documentation "S2 Table-scan properties.xlsx". Two specimens required stitching performed with an in-house NHM script written in Octave. In Oslo, the scanning was carried out with a Nikon Metrology XT H 225 ST microfocus CT instrument at the Natural History Museum, University of Oslo, at 160-220 kV, 1 s exposure time, 3016 projections, and with tin filters of varying thickness. Voxel resolution was 75 µm or better. Detailed settings are given in in associated documentation "S2 Table-scan properties.xlsx". 3. Drishti and Mimics files (segmentation) 4. STL files 5. 3D pdfs In Mimics, each individual structure corresponding to a mask was used to generate a high quality 3D object, itself transformed into an STL file. Each 3D object was duplicated and relocated in the 3D space; once again STLs were generated. The STL files were then imported into Materialise 3-matic (v. 15.0) and were reorganised into anatomical ensembles (head, fin, etc.) in both original and correct positions. Each STL surface was then simplified and corrected using the following functions: Filter Sharp Triangles with filter distance 0.01; Filter Small Edges with filter distance 0.01; Improve Mesh with shape quality high/medium, maximum geometrical error 0.07, and maximal edge length 20.0. A 3D pdf file was finally generated and open in Adobe Acrobat to take pictures used in figures of the current article. for the following specimens a. NMING:F35203-UU210ab_HQ Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Incomplete lateral plate and fragment of indeterminate plate. Segmentation in Mimics, treatment of STLS and 3d PDF exportation in 3-matic. The scale of the reference cube edges is 10 mm. Please note that within the Mimics project files for this specimen µm is incorrectly given as a base of measurement when it should be mm (millimeters). All other processing has been performed treating the source data as being scaled in millimeters. b. NMING:F35229-CH003 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Assemblage of indeterminate plate and indeterminate scavenging gastropods. Segmentation in Mimics, treatment of STLS and 3d PDF exportation in 3-matic. The scale of the reference cube edges is 10 mm. c. NMING:F35216-UU SFB001 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Proximal segment of the pectoral fin, with AVL and articular condyle. [ORG] corresponds to plates in original position; [RELOC] corresponds to plates relocated in life position. Segmentation in Mimics, treatment of STLS and 3d PDF exportation in 3-matic. The scale of the reference cube edges is 10 mm. d. NHM P 59677 (complete, ORG end RELOC files) Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Incomplete head (and endocranial processes), ventral body armour and proximal segment of the pectoral fin. [ORG] corresponds to plates in original position; [RELOC] corresponds to plates relocated in life position. Segmentation in Mimics, treatment of STLS and 3d PDF exportation in 3-matic. The scale of the reference cube edges is 10 mm. e. NHM P 59678 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Incomplete lateral and indeterminate plates of an adult individual. The scale of the reference cube edges is 10 mm. f. NHM P 59679 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Two indeterminate fragments. The scale of the reference cube edges is 10 mm. g. NHM P 59687 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Indeterminate fragments and burrows. The scale of the reference cube edges is 10 mm. 6. taxon*character matrices with different sets of analyses (readible in MESQUITE) **LINKS TO PREVIOUSLY MENTIONED SOLUTIONS** MESQUITE (construction of data matrix, visualisation): https://www.mesquiteproject.org/ https://github.com/MesquiteProject/ Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2021. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 3.70 http://www.mesquiteproject.org ZEPHYR (Mesquite package for interacting with external phylogeny inference programs) http://zephyr.mesquiteproject.org/ Maddison, D.R., & W.P. Maddison. 2021. Zephyr: a Mesquite package for interacting with external phylogeny inference programs. Version 3.20. http://zephyr.mesquiteproject.org TNT (phylogenetic analysis) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x Goloboff, P.A., Farris, J.S. and Nixon, K.C. (2008), TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24: 774-786. https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentation, 3D modelling): https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite DRISHTI (3D visualisation): https://github.com/nci/drishti Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Datasetet hänger samman med en studie av fossilt fiskmaterial från sydvästra Irland (Placodermi, Antiarchi; Givetian på Iveragh-halvön). Data består av SEM-elementkartläggning (avsnitt 1), datortomografiska bildstaplar och efterföljande arbetsfiler (dvs. segmentering, visualiseringsfiler, STL-filer och 3D PDF-filer; avsnitt 2-5), samt fylogenetiska analyser relaterade till släktet Bothriolepis som studerats i artikeln (avsnitt 6). * Zoobank LSID för artikeln: urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F * Zoobank LSID för taxon Bothriolepis dairbhrensis: urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E Data som motsvarar artikeln Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. In Press. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE. med LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F och arten Bothriolepis dairbhrensis Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Gzegorz Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg med LSID urn:lsid:zoobank.org:act:B577F075-1EF6-48A5-8C7C-E64E36E2BC4E består av följande filer: 1. Elementaranalys (SEM) utrustning: Hitachi S–3600N svepelektronmikroskop (SEM); JPG-filerna är originalutdata. 2. Dataset från datortomografi I London kördes datortomografi på materialet med ett Nikon HMX ST 225-system (Nikon Metrology, Leuven, Belgien), utrustat med ett reflektionsmål av volfram. Detaljerade inställningsfiler justerades för varje exemplar och finns angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx". Två exemplar krävde sammanfogning med hjälp av ett särskilt framtaget NHM-skript skrivet i Octave. I Oslo utfördes skanningen med ett Nikon Metrology XT H 225 ST mikrofokus CT-instrument vid Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo, med 160-220 kV, 1 s exponeringstid, 3016 projektioner och med tennfilter av varierande tjocklek. Voxelupplösningen var 75 µm eller bättre. Detaljerade inställningar finns även här angivna i den tillhörande dokumentationsfilen "S2 Table-scan properties.xlsx". 3. Materialise Mimics och Drishti-filer (segmentering) 4. STL-filer 5. 3D PDF-filer I Mimics användes varje enskild struktur som motsvarar en mask för att generera ett högkvalitativt 3D-objekt, som i sig omvandlades till en STL-fil. Varje 3D-objekt duplicerades och positionerades om i 3D, och STL-filer genererades åter. STL-filerna importerades sedan till Materialise 3-matic (v. 15.0) och omorganiserades till anatomiska ensembler (huvud, fena, etc.) i både ursprungliga och korrekta positioner. Varje STL-yta förenklades sedan och korrigerades med hjälp av följande funktioner: "Filter Sharp Triangles" med filter distance 0,01; "Filter Small Edges" med filter distance 0,01; "Improve Mesh" med shape quality high/medium, maximum geometrical error 0,07 och maximal edge length 20,0. En 3D PDF-fil genererades till slut och öppnades i Adobe Acrobat för att ta bilder som används i figurer i den relaterade artikeln. för följande exemplar a. NMING:F35203-UU210ab_HQ Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständig lateralplatta och fragment av obestämd platta. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm. Notera att i Mimics-projektfilerna för detta exemplar är µm av misstag angivet som måttreferens när det skall vara mm (millimeter). All annan bearbetning har skett med förutsättningarna att måttreferensen är i millimeter. b. NMING:F35229-CH003 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Sammansättning av obestämd platta och obestämda asätande gastropoder. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm. c. NMING:F35216-UU SFB001 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Proximalt segment av bröstfenan, med AVL och ledkondyl. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm. d. NHM P 59677 (komplett, ORG-slut RELOC-filer) Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständigt huvud (och endokraniella processer), ventralt kroppspansar och proximalt segment av bröstfenan. [ORG] motsvarar plattor i ursprunglig position; [RELOC] motsvarar plattor som flyttats till livsläge. Segmentering i Mimics, behandling av STL-filer och 3D PDF-export i 3-matic. Referenskubens kanter är 10 mm. e. NHM P 59678 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Ofullständiga laterala och obestämda plattor av en vuxen individ. Referenskubens kanter är 10 mm. f. NHM P 59679 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Två obestämda fragment. Referenskubens kanter är 10 mm. g. NHM P 59687 Bothriolepis dairbhrensis sp. nov. Obestämda fragment och hålor. Referenskubens kanter är 10 mm. 6. taxon*karaktär-matriser med olika uppsättningar av analyser (läsbara i MESQUITE) **LÄNKAR TILL ANVÄNDA VERKTYG** MESQUITE (konstruktion av datamatris, visualisering) https://www.mesquiteproject.org/ https://github.com/MesquiteProject/ Maddison, W. P. and D.R. Maddison. 2021. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 3.70 http://www.mesquiteproject.org ZEPHYR (Mesquite-paket för interaktion med externa fylogeni-inferensprogram) http://zephyr.mesquiteproject.org/ Maddison, D.R., & W.P. Maddison. 2021. Zephyr: a Mesquite package for interacting with external phylogeny inference programs. Version 3.20. http://zephyr.mesquiteproject.org TNT (fylogenetisk analys) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x Goloboff, P.A., Farris, J.S. and Nixon, K.C. (2008), TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics, 24: 774-786. https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2008.00217.x MATERIALISE MIMICS and 3-MATIC (segmentering, 3D-modellering): https://www.materialise.com/en/healthcare/mimics-innovation-suite DRISHTI (3D-visualisering): https://github.com/nci/drishti Ajay Limaye; Drishti: a volume exploration and presentation tool. Proc. SPIE 8506, Developments in X-Ray Tomography VIII, 85060X (October 17, 2012) Numeric Text Still image 3D Other Access to data through SND. Data are freely accessible. Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. openAccess Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. 2023. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE. 18(2): e0280208. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0280208 LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F Dupret, Byrne, Castro, Hammer, Higgs, Long, Niedźwiedzki, Qvarnström, Stössel & Ahlberg. 2023. The Bothriolepis (Placodermi, Antiarcha) material from the Valentia Slate Formation of the Iveragh Peninsula (middle Givetian, Ireland): morphology, evolutionary and systematic considerations, phylogenetic and palaeogeographic implications. PLOS ONE. 18(2): e0280208. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0280208 LSID urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F 10.1371/journal.pone.0280208 urn:lsid:zoobank.org:pub:0438B3D4-AEAA-4000-A1CB-B5DA0ECA466F 2023