Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress 2022-252-1-2 SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2 https://doi.org/10.5878/17te-jg54 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress 2022-252-1-2 SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2 https://doi.org/10.5878/17te-jg54 Demes, Elsa Demes, Elsa Verger, Stéphane Verger, Stéphane 2020-03974 2020-03974 KAW 2016.0352 KAW 2016.0352 KAW 2016.0341 KAW 2016.0341 2016-00504 2016-00504 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page The data set contains Tiff Z-stacks from light-grown hypocotyls and cotyledons of cortical microtubule (CMT) reporter lines either with few or no ablated cells from a time series experiment. This data set was analyzed with a new semi-automated image analysis workflow we have developed to quantify CMTs reorganization in individual cells following an ablation (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). The dataset in the zip file was analyzed using the scripts on GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). A step by step describes and explains all the scripts of the image analysis procedure. The intermediate data generated by the analysis method can be found on zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075). The documentation file Example_2D_Image.tif gives a visual representation from a typical z-stack. Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack. Still image 3D Confocal microscope time series images of hypocotyls (every 20 minutes during 4 hours) were taken on microtubules reporter linesConfocal microscope time series images of hypocotyls (every 20 minutes during 4 hours) were taken on microtubules reporter lines Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjerKonfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer RecordingRecording InspelningInspelning Access to data through SND. Data are freely accessible. Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. openAccess