NMR-spektra av rotexudat från raps (Brassica napus) NMR spectra of oilseed rape (Brassica napus) root exudates 2023-258-1 SLU.molsci.2023.IÄ.4.4-13 https://doi.org/10.5878/8t82-d090 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page NMR-spektra av rotexudat från raps (Brassica napus) NMR spectra of oilseed rape (Brassica napus) root exudates 2023-258-1 SLU.molsci.2023.IÄ.4.4-13 https://doi.org/10.5878/8t82-d090 10.1007/s11306-023-02073-z Alexandersson, Elin Alexandersson, Elin Eriksson Röhnisch, Hanna Eriksson Röhnisch, Hanna Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page rapeseed raps metabolic products metaboliter NMR spectroscopy NMR-spektroskopi The dataset contains 1D and 2D NMR spectra of root exudates from various varieties of oilseed rape (Brassica napus). A Bruker Avance III 600 MHz spectrometer connected to Topspin version 3.5 was used to record the spectra. Included are 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG, and 1D-diffusion spectra of intact root exudates as well as 1D-1H spectra of a sample treated with ultrafiltration and solid phase extraction (SPE), respectively. The dataset further includes spectra from a spike-in experiment where different concentrations of five metabolites were added to a pooled root exudate sample as well as a blank sample. All samples have been freeze-dried and dissolved in D2O. The data was used to develop an automated targeted metabolomics workflow called extended AQuA. Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5. För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O. Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik. 2021-03 2022-05 Numeric Interactive resource Surface sterilised oilseed rape seeds were germinated 3-5 days on petri dishes containing 0.5× Murashige-Skoog medium (including vitamins) and 0.6% bacto agar. Plantlets (n = 8) were then transferred to 50 ml plastic tubes filled with autoclaved MilliQ water, so that the seedling roots were immersed into the water (see photo). Root exudates were then collected for four days after which they were freeze dried. Blank samples did not contain any seedlings but were otherwise treated the same. Lyophilised root exudate samples were dissolved in a few millilitres of MilliQ water, transferred to 15 ml plastic tubes, and dried in a vacuum centrifuge. NMR samples were prepared by adding 750 μl KH2PO4 buffer in D2O (45 mM, pD 7.0 (apparent pH 6.6)+DSS-d6 to each sample. The samples were then centrifuged for 10 min at 17000xg. For each sample, 600 µl supernatant was added to a 5 mm NMR tube. NMR experiments: - 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG, and 1D-diffusion NMR spectra were recorded of intact root exudates. - 1D-1H spectra of a sample treated with ultrafiltration and solid phase extraction (SPE), respectively. - 1D-1H spectra from a spike-in experiment where different concentrations of five metabolites were added to a pooled root exudate sample as well as a blank sample.Surface sterilised oilseed rape seeds were germinated 3-5 days on petri dishes containing 0.5× Murashige-Skoog medium (including vitamins) and 0.6% bacto agar. Plantlets (n = 8) were then transferred to 50 ml plastic tubes filled with autoclaved MilliQ water, so that the seedling roots were immersed into the water (see photo). Root exudates were then collected for four days after which they were freeze dried. Blank samples did not contain any seedlings but were otherwise treated the same. Lyophilised root exudate samples were dissolved in a few millilitres of MilliQ water, transferred to 15 ml plastic tubes, and dried in a vacuum centrifuge. NMR samples were prepared by adding 750 μl KH2PO4 buffer in D2O (45 mM, pD 7.0 (apparent pH 6.6)+DSS-d6 to each sample. The samples were then centrifuged for 10 min at 17000xg. For each sample, 600 µl supernatant was added to a 5 mm NMR tube. NMR experiments: - 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG, and 1D-diffusion NMR spectra were recorded of intact root exudates. - 1D-1H spectra of a sample treated with ultrafiltration and solid phase extraction (SPE), respectively. - 1D-1H spectra from a spike-in experiment where different concentrations of five metabolites were added to a pooled root exudate sample as well as a blank sample. Ytsteriliserade rapsfrön fick gro 3-5 dagar i petriskålar med 0.5× Murashige-Skoog-medium (inkl. vitaminer) och 0,6 % bacto agar. Därefter fästes skotten på 50 ml plaströr fyllda med autoklaverat MilliQ-vatten så att skottens rötter hamnade i vattnet (se foton), 8 skott till varje rör. Rotexudat samlades sedan in under fyra dagar varefter de frystorkades. Blankprover behandlades på samma sätt men utan några växtskott. Frystorkade rotexudat löstes upp i några milliliter MilliQ-vatten, fördes över till 15 ml plaströr och torkades i en vakuumcentrifug. NMR-prover bereddes genom att tillsätta 750 μl KH2PO4 buffer i D2O (45 mM, pD 7.0 (avläst pH 6.6)+DSS-d6 till varje rör. Proverna centrifugerades sedan 10 min vid 17000xg. För varje prov fördes 600 µl supernatant över till ett 5 mm NMR-rör. NMR-experiment: - 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra för intakta rotexudat. - 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion) - 1D-1H-spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov.Ytsteriliserade rapsfrön fick gro 3-5 dagar i petriskålar med 0.5× Murashige-Skoog-medium (inkl. vitaminer) och 0,6 % bacto agar. Därefter fästes skotten på 50 ml plaströr fyllda med autoklaverat MilliQ-vatten så att skottens rötter hamnade i vattnet (se foton), 8 skott till varje rör. Rotexudat samlades sedan in under fyra dagar varefter de frystorkades. Blankprover behandlades på samma sätt men utan några växtskott. Frystorkade rotexudat löstes upp i några milliliter MilliQ-vatten, fördes över till 15 ml plaströr och torkades i en vakuumcentrifug. NMR-prover bereddes genom att tillsätta 750 μl KH2PO4 buffer i D2O (45 mM, pD 7.0 (avläst pH 6.6)+DSS-d6 till varje rör. Proverna centrifugerades sedan 10 min vid 17000xg. För varje prov fördes 600 µl supernatant över till ett 5 mm NMR-rör. NMR-experiment: - 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra för intakta rotexudat. - 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion) - 1D-1H-spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Laboratory experimentLaboratory experiment LaboratorieexperimentLaboratorieexperiment Access to data through SND. Data are freely accessible. Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. openAccess Alexandersson, E., Sandström, C., Meijer, J., Nestor, G., Broberg, A. & Röhnisch, H.E. (2024). Extended automated quantification algorithm (AQuA) for targeted 1H NMR metabolomics of highly complex samples: application to plant root exudates. Metabolomics, 20 (1), 11. Alexandersson, E., Sandström, C., Meijer, J., Nestor, G., Broberg, A. & Röhnisch, H.E. (2024). Extended automated quantification algorithm (AQuA) for targeted 1H NMR metabolomics of highly complex samples: application to plant root exudates. Metabolomics, 20 (1), 11. 10.1007/s11306-023-02073-z 2023