DNA-sekvenseringsdata för "Stabilt klonalt bidrag från härstamningsbegränsade stamceller till mänsklig hematopoies" DNA sequencing data for "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis" 2024-129-1 https://doi.org/10.48723/313d-dd68 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page DNA-sekvenseringsdata för "Stabilt klonalt bidrag från härstamningsbegränsade stamceller till mänsklig hematopoies" DNA sequencing data for "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis" 2024-129-1 https://doi.org/10.48723/313d-dd68 oai:swepub.ki.se:1076513 10.1038/s41588-025-02405-w Yoshizato, Tetsuichi Yoshizato, Tetsuichi Jacobsen, Sten Eirik Jacobsen, Sten Eirik KAW 2016.0105, 2015.0195 KAW 2016.0105, 2015.0195 4-1122/2014 4-1122/2014 613/06 613/06 538-2013-8995, 2015-03561 538-2013-8995, 2015-03561 MC_UU_12009/5 22 2178 Pj 22 2178 Pj 224132, 244282 224132, 244282 2021-00087 2021-00087 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Hematopoietic Stem Cells Blodstamceller Sequence Analysis, DNA DNA-sekvensanalys Klonal hematopoes av obestämd potential (CHIP) Klonal hematopoes av obestämd potential (CHIP) (Fördjupningskod) This dataset contains three types of DNA sequencing data. -Error-corrected DNA capture sequencing (ECTS) -Bulk whole-exome sequencing (WES) -Single-colony whole-genome sequencing (WGS) All sequencing was performed on an Illumina NovaSeq 6000 at the National Genomics Infrastructure in Stockholm, using paired-end sequencing mode. ECTS Bone marrow mononuclear cells isolated from all 93 healthy donors were subjected to ECTS for identification of somatic mutations targeted to 23 genes encompassing the most recurrently mutated genes reported in clonal hematopoiesis. WES BM MNC DNA isolated from the first visit from 20 healthy donors above 71 years was subjected bulk WES. Paired buccal swab DNA was used for normal controls. Single colony WGS DNA extracted from 333 genotyped single colonies and 10 control buccal swabs from 10 donors was subjected to WGS. The dataset consists of three folders: scWGS contains 343 files in CRAM format, totaling approximately 16.3 TiB (17.9 TB). WES contains 40 files in CRAM format, totaling approximately 650 GiB (710 GB). ECTS contains 117 files in CRAM format, totaling approximately 18 GiB (20 GB). Detta dataset innehåller tre typer av DNA-sekvenseringsdata. -Error-corrected DNA capture sequencing (ECTS) -Bulk whole-exome sequencing (WES) -Single-colony whole-genome sequencing (WGS) All sekvensering utfördes på en Illumina NovaSeq 6000 vid National Genomics Infrastructure i Stockholm, med hjälp av "paired-end sequencing mode". ECTS Mononukleära benmärgsceller isolerade från alla 93 friska donatorer utsattes för ECTS för identifiering av somatiska mutationer riktade mot 23 gener som omfattar de mest återkommande muterade generna som rapporterats i klonal hematopoes. WES BM MNC-DNA isolerat från det första besöket från 20 friska donatorer över 71 år utsattes för WES i bulk. Parat buckalt swab-DNA användes för normala kontroller. Enkelkoloni WGS DNA extraherat från 333 genotypade enskilda kolonier och 10 kontroll-buckala pinnprover från 10 donatorer genomgick WGS. Datasetet består av tre mappar: scWGS innehåller 343 filer i format CRAM totalt cirka 16.3 TiB (17.9 TB). WES innehåller 40 filer i format CRAM totalt cirka 650 GiB (710 GB). ECTS innehåller 117 filer i format CRAM totalt cirka 18 GiB (20 GB). Sweden Sverige Healthy individuals with rigorous inclusion criteria ensuring the absence of current or previous blood disorders or cancer and without ongoing treatment with immunosuppressive or other drugs likely to affect hematopoiesis. Friska individer med rigorösa inklusionskriterier som säkerställer frånvaron av nuvarande eller tidigare blodsjukdomar eller cancer och utan pågående behandling med immunsuppressiva eller andra läkemedel som sannolikt påverkar hematopoesen. Other LongitudinalLongitudinal LongitudinellLongitudinell Non-probabilityNon-probability Icke-sannolikhetsurvalIcke-sannolikhetsurval Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F., Högstrand, K., Mazzi, S., Winroth, A., Lehander, M., Barbosa, I., Waldin, G., Mortera-Blanco, T., Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F., Högstrand, K., Mazzi, S., Winroth, A., Lehander, M., Barbosa, I., Waldin, G., & Mortera-Blanco, T. (2025). Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis. In NATURE GENETICS. https://doi.org/10.1038/s41588-025-02405-w Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F., Högstrand, K., Mazzi, S., Winroth, A., Lehander, M., Barbosa, I., Waldin, G., Mortera-Blanco, T., Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F., Högstrand, K., Mazzi, S., Winroth, A., Lehander, M., Barbosa, I., Waldin, G., & Mortera-Blanco, T. (2025). Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis. In NATURE GENETICS. https://doi.org/10.1038/s41588-025-02405-w 10.1038/s41588-025-02405-w oai:swepub.ki.se:1076513 2025 oai:swepub.ki.se:1076513