Data för Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring to detect rare, indicator and invasive species Data for Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring to detect rare, indicator and invasive species 2024-452-1 FP2018/20 https://doi.org/10.5878/68mj-8k45 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Data för Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring to detect rare, indicator and invasive species Data for Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring to detect rare, indicator and invasive species 2024-452-1 FP2018/20 https://doi.org/10.5878/68mj-8k45 10.1016/j.scitotenv.2024.177763 Leidenberger, Sonja Leidenberger, Sonja Wiese, Vollrath Wiese, Vollrath Schaumann, Finja Schaumann, Finja Pleiss, Felix Pleiss, Felix Langen, Kathrin Langen, Kathrin Bourlat, Sarah J. Bourlat, Sarah J. 2018-01003_Formas 2018-01003_Formas Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page FRESHWATER ECOSYSTEMS Bio-geographical regions Biogeografiska regioner Habitats and biotopes Naturtyper och biotoper Species distribution Arters utbredning Biota Biologi och ekologi The data belongs to the study Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring methods to detect rare, indicator and invasive species. Tables and figures represent in detail the sample localities of 15 Swedish lakes and rivers. The study was focusing on Plankton samples and two kind of sediment samples (Kick-net and M42 method) at two sampling times (spring and autumn). Species were found through a) classical morphological studies where freshwater molluscs were determined by hand with a stereoscopic microscope; b) with barcoding by the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and c) through eDNA metabarcoding analysis (Illumina sequencing). The main focus was on pea clams, but even other benthic freshwater molluscs and organisms could be detected. COI barcode data were analyzed for a Barcode Tree with MEGA version 11.0.13 (https://www.megasoftware.net/) (Stecher et al., 2020). Metabarcoding data were analyzed with the Apscale pipeline (https://github.com/DominikBuchner/apscale, Buchner et al., 2022). Uppgifterna tillhör studien Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring methods to detect rare, indicator and invasive species. Tabeller och figurer representerar i detalj resultat från provorterna för 15 svenska sjöar och älvar. Studien fokuserade på planktonprover och två sorters sedimentprover (Kick-net och M42 metoden) vid två provtagningstillfällen (vår och höst). Arter hittades genom a) klassiska morfologiska studier där sötvattensmollusker bestämdes för hand med ett stereolupe; b) med streckkodning av cytochrome c oxidase subunit I (COI) och c) genom eDNA metabarcoding analys (Illumina sekvensering). Huvudfokus låg på ärtmusslor, men även andra bentiska sötvattensmollusker och organismer kunde påvisas. COI streckkodsdata analyserades för ett streckkodsträd med software MEGA version 11.0.13 (https://www.megasoftware.net/) (Stecher et al., 2020). Metabarcoding data analyserades med software Apscale pipeline (https://github.com/DominikBuchner/apscale, Buchner et al., 2022). 2019-09 2021-07 Sweden Sverige Numeric Text Geospatial The material was collected by using three different methods along a 50 m line transect at each aquatic habitat: 1) Plankton net: zooplankton net, 200 um size, drawn in a semi-circle at 0, 25 and 50 meters 2) Kick net: Wildcon D net, 500 um, vertical in front of the collector's feet, at 0, 25 and 50 meters 3) Swedish M42 method for monitoring bottom fauna in lakes' littorals and rivers - independent selection Version 1:2, 2016-11-01 (Swedish Agency for Marine and Water Management), with 30 sub-samples along the transect. The samples were stored in a 500ml LDPE bottle (VWR) filled with 96% ethanol in a cool box in field and then transferred to a -20°C freezer in the lab until DNA extraction was carried out.The material was collected by using three different methods along a 50 m line transect at each aquatic habitat: 1) Plankton net: zooplankton net, 200 um size, drawn in a semi-circle at 0, 25 and 50 meters 2) Kick net: Wildcon D net, 500 um, vertical in front of the collector's feet, at 0, 25 and 50 meters 3) Swedish M42 method for monitoring bottom fauna in lakes' littorals and rivers - independent selection Version 1:2, 2016-11-01 (Swedish Agency for Marine and Water Management), with 30 sub-samples along the transect. The samples were stored in a 500ml LDPE bottle (VWR) filled with 96% ethanol in a cool box in field and then transferred to a -20°C freezer in the lab until DNA extraction was carried out. Materialet samlades in med hjälp av tre olika metoder längs med en 50 m linjetransekt vid varje vattendrag: 1) Plankton nät: zooplankton nät, 200 um storlek, dragen i en halv cirkel vid 0, 25 och 50 meter 2) Kick-nät: Wildcon D-nät, 500 um, vertikal framför insamlares fötter, vid 0, 25 och 50 meter 3) Svensk M42 metoden för övervakning av Bottenfauna i sjöars littoral och vattendrag - oberoende urval Version 1:2, 2016-11-01 (Havs- och Vattenmyndigheten), med 30 delprover längs med transeketen. Proverna förvarades i en 500ml LDPE flaskan (VWR) med 96% etanol i en kylbox i fält och sen förvarat i en -20 °C frys i labbet tills DNA extraktion genomfördes.Materialet samlades in med hjälp av tre olika metoder längs med en 50 m linjetransekt vid varje vattendrag: 1) Plankton nät: zooplankton nät, 200 um storlek, dragen i en halv cirkel vid 0, 25 och 50 meter 2) Kick-nät: Wildcon D-nät, 500 um, vertikal framför insamlares fötter, vid 0, 25 och 50 meter 3) Svensk M42 metoden för övervakning av Bottenfauna i sjöars littoral och vattendrag - oberoende urval Version 1:2, 2016-11-01 (Havs- och Vattenmyndigheten), med 30 delprover längs med transeketen. Proverna förvarades i en 500ml LDPE flaskan (VWR) med 96% etanol i en kylbox i fält och sen förvarat i en -20 °C frys i labbet tills DNA extraktion genomfördes. Field/Intervention experimentField/Intervention experiment FältexperimentFältexperiment Access to data through SND. Data are freely accessible. Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. openAccess Authors: Sonja Leidenberger, Vollrath Wiese, Finja Schaumann, Felix Pleiss, Kathrin Langen, Sarah J. Bourlat Journal: Science of the Total Environment accepted Authors: Sonja Leidenberger, Vollrath Wiese, Finja Schaumann, Felix Pleiss, Kathrin Langen, Sarah J. Bourlat Journal: Science of the Total Environment accepted 10.1016/j.scitotenv.2024.177763 2024