Data för: Tumörevolution och dynamik i den immuna mikromiljön vid primär och recidiverad mantelcelllymfon (MCL) scRNAseq and WGS data of primary and relapse MCL Data for: Tumor evolution and immune microenvironment dynamics in primary and relapsed mantle cell lymphoma 2024-497-1 https://doi.org/10.48723/kfy8-5r05 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Data för: Tumörevolution och dynamik i den immuna mikromiljön vid primär och recidiverad mantelcelllymfon (MCL) scRNAseq and WGS data of primary and relapse MCL Data for: Tumor evolution and immune microenvironment dynamics in primary and relapsed mantle cell lymphoma 2024-497-1 https://doi.org/10.48723/kfy8-5r05 oai:swepub.ki.se:1056080 10.1016/j.xcrm.2025.102318 Wan, Hui Wan, Hui Pan-Hammarström, Qiang Pan-Hammarström, Qiang 2019-01302_VR 2019-01302_VR Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Sequence Analysis, RNA RNA-sekvensanalys Single-Cell Analysis Singelcellanalys Mantle cell lymphoma Mantelcellslymfom Data availability This dataset can only be shared within Sweden due to legal restrictions. Abstract: Mantle cell lymphoma (MCL) is a rare but often aggressive type of B-cell lymphoma with a high risk of relapse. To understand the mechanisms driving disease relapse, we employed single-cell RNA sequencing (scRNAseq) in 20 samples from diagnosed/untreated (primary, n = 11) and/or relapsed tumors (n = 9) from 11 MCL patients. Whole-genome sequencing was also performed on the available samples. The total size of the deposited data is approximately 1.3 TB. It contains 70 GNU zipped fastq files with raw data and one documentation file in xlsx format. All fastq file names are included in the documentation file metadata.xlsx. Tillgänglighet för data Datasetet kan endast delas inom Sverige på grund av juridiska restriktioner. Sammanfattning: Mantelcelllymfom (MCL) är en ovanlig men ofta aggressiv typ av B-cellslymfom med hög risk för återfall. För att förstå mekanismerna bakom sjukdomsrelaps använde vi single-cell RNA-sekvensering (scRNAseq) på 20 prover från diagnostiserade/obehandlade (primära, n = 11) och/eller återfallna tumörer (n = 9) från 11 MCL-patienter. Helt genomsekvensering (WGS) utfördes också på tillgängliga prover. Den totala storleken på den inlagda datan är cirka 1,3 TB. Den innehåller 70 GNU-zippade fastq-filer med rådata och en dokumentationsfil i xlsx-format. Alla fastq-filnamn finns inkluderade i metadatafilen documentation file metadata.xlsx. Sweden Sverige The population under study consists of patients diagnosed with mantle cell lymphoma. The results of the analysis will refer to this specific group of individuals. Den studerade populationen består av patienter diagnostiserade med mantelcellslymfom. Analysens resultat kommer att hänvisa till denna specifika grupp av individer. Numeric Text LongitudinalLongitudinal LongitudinellLongitudinell Sample processing for scRNA-seq samples: Mononuclear cells were isolated from bone marrow samples by standard density centrifugation using Lymphoprep (Axis-Shield) following the manufacturer’s instructions. Intestinal, tonsillar, and lymphoid tissues were processed into single-cell suspensions using mechanical dissociation and then filtered through 70 μm containers. Single cells were cryopreserved in fetal bovine serum (FBS) supplemented with 10% dimethyl sulfoxide (DMSO) and stored in liquid nitrogen before use. Cell sorting for scRNAseq samples: The cells used for flow cytometry were thawed in RPMI 1640 cell medium (Gibco). The cells were blocked with human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) for 10 min and subsequently stained with anti-CD19 BV421 and anti-CD235a FITC in FACS buffer (PBS with 2% FBS) for 20 min on ice. Immediately before sorting, the cells were briefly incubated with propidium iodide staining solution. For the MCL samples, live CD235a- cells, CD235a-CD19+ cells, and CD235a-CD19- cells were sorted in FACS buffer using a BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Live CD235a- cells were used for single-cell sequencing, while live CD235a- CD19+ and CD235a- CD19- cells were used to extract DNA for tumor and germline WGS, respectively. For the control sample, live CD19- cells and live CD19+ cells were sorted separately and then mixed at a 3:7 ratio for single-cell sequencing. scRNA-seq sequencing and data analysis: Using the Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics), the cells were loaded onto separate lanes of the Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) for encapsulation (target recovery of 10,000 cells for each sample). Single-cell gene expression (GEX) libraries were constructed following the manufacturer’s protocols. WGS sequencing: For fresh-frozen tissue samples, genomic DNA from tumors and matched blood samples was extracted separately by using a DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). For the single-cell suspension MCL samples, FACS (CD19+/CD19-) or an EasySep human B-cell enrichment kit was used to separate B cells and non-B cells to represent the tumor samples and nontumor (germline) controls, respectively. Genomic DNA from the sorted cells was extracted using the DNeasy Tissue and Blood Kit.Sample processing for scRNA-seq samples: Mononuclear cells were isolated from bone marrow samples by standard density centrifugation using Lymphoprep (Axis-Shield) following the manufacturer’s instructions. Intestinal, tonsillar, and lymphoid tissues were processed into single-cell suspensions using mechanical dissociation and then filtered through 70 μm containers. Single cells were cryopreserved in fetal bovine serum (FBS) supplemented with 10% dimethyl sulfoxide (DMSO) and stored in liquid nitrogen before use. Cell sorting for scRNAseq samples: The cells used for flow cytometry were thawed in RPMI 1640 cell medium (Gibco). The cells were blocked with human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) for 10 min and subsequently stained with anti-CD19 BV421 and anti-CD235a FITC in FACS buffer (PBS with 2% FBS) for 20 min on ice. Immediately before sorting, the cells were briefly incubated with propidium iodide staining solution. For the MCL samples, live CD235a- cells, CD235a-CD19+ cells, and CD235a-CD19- cells were sorted in FACS buffer using a BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Live CD235a- cells were used for single-cell sequencing, while live CD235a- CD19+ and CD235a- CD19- cells were used to extract DNA for tumor and germline WGS, respectively. For the control sample, live CD19- cells and live CD19+ cells were sorted separately and then mixed at a 3:7 ratio for single-cell sequencing. scRNA-seq sequencing and data analysis: Using the Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics), the cells were loaded onto separate lanes of the Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) for encapsulation (target recovery of 10,000 cells for each sample). Single-cell gene expression (GEX) libraries were constructed following the manufacturer’s protocols. WGS sequencing: For fresh-frozen tissue samples, genomic DNA from tumors and matched blood samples was extracted separately by using a DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). For the single-cell suspension MCL samples, FACS (CD19+/CD19-) or an EasySep human B-cell enrichment kit was used to separate B cells and non-B cells to represent the tumor samples and nontumor (germline) controls, respectively. Genomic DNA from the sorted cells was extracted using the DNeasy Tissue and Blood Kit. Provsbearbetning för scRNA-seq-prover: Mononukleära celler isolerades från benmärgsprover med standard densitetscentrifugering med hjälp av Lymphoprep (Axis-Shield) enligt tillverkarens instruktioner. Tarm-, tonsill- och lymfoida vävnader bearbetades till enkelcellsuppslamning genom mekanisk dissociation och filtrerades sedan genom 70 μm-silar. Enkelceller frystes ned i fosterbuffrad serum (FBS) kompletterat med 10 % dimetylsulfoxid (DMSO) och förvarades i flytande kväve före användning. Cellsortering för scRNAseq-prover: Cellerna som användes för flödescytometri tinades i RPMI 1640-cellmedium (Gibco). Cellernas Fc-receptorer blockerades med human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) i 10 minuter och därefter färgades de med anti-CD19 BV421 och anti-CD235a FITC i FACS-buffert (PBS med 2 % FBS) i 20 minuter på is. Omedelbart före sortering inkuberades cellerna kort med propidiumjodid-färgning. För MCL-proverna sorterades levande CD235a- celler, CD235a- CD19+ celler och CD235a- CD19- celler i FACS-buffert med en BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Levande CD235a- celler användes för enkelcellssekvensering medan levande CD235a- CD19+ och CD235a- CD19- celler användes för att extrahera DNA för tumör- respektive germlinje-WGS. För kontrollprovet sorterades levande CD19- och levande CD19+ celler separat och blandades sedan i förhållandet 3:7 för enkelcellssekvensering. scRNA-sekvensering och dataanalys: Med hjälp av Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics) lastades cellerna på separata banor i Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) för kapsling (med målet att återvinna 10 000 celler per prov). Enkelcells-gene-expressionsbibliotek (GEX) konstruerades enligt tillverkarens protokoll. WGS-sekvensering: För färskfrysta vävnadsprover extraherades genomiskt DNA från tumörer och matchande blodprover separat med DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). För enkelcellsuppslamningsprover från MCL separerades B-celler och icke-B-celler med FACS (CD19+/CD19-) eller EasySep human B-cell enrichment kit för att representera tumörprover respektive icke-tumör (germline) kontroller. Genomiskt DNA från sorterade celler extraherades med DNeasy Tissue and Blood Kit.Provsbearbetning för scRNA-seq-prover: Mononukleära celler isolerades från benmärgsprover med standard densitetscentrifugering med hjälp av Lymphoprep (Axis-Shield) enligt tillverkarens instruktioner. Tarm-, tonsill- och lymfoida vävnader bearbetades till enkelcellsuppslamning genom mekanisk dissociation och filtrerades sedan genom 70 μm-silar. Enkelceller frystes ned i fosterbuffrad serum (FBS) kompletterat med 10 % dimetylsulfoxid (DMSO) och förvarades i flytande kväve före användning. Cellsortering för scRNAseq-prover: Cellerna som användes för flödescytometri tinades i RPMI 1640-cellmedium (Gibco). Cellernas Fc-receptorer blockerades med human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) i 10 minuter och därefter färgades de med anti-CD19 BV421 och anti-CD235a FITC i FACS-buffert (PBS med 2 % FBS) i 20 minuter på is. Omedelbart före sortering inkuberades cellerna kort med propidiumjodid-färgning. För MCL-proverna sorterades levande CD235a- celler, CD235a- CD19+ celler och CD235a- CD19- celler i FACS-buffert med en BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Levande CD235a- celler användes för enkelcellssekvensering medan levande CD235a- CD19+ och CD235a- CD19- celler användes för att extrahera DNA för tumör- respektive germlinje-WGS. För kontrollprovet sorterades levande CD19- och levande CD19+ celler separat och blandades sedan i förhållandet 3:7 för enkelcellssekvensering. scRNA-sekvensering och dataanalys: Med hjälp av Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics) lastades cellerna på separata banor i Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) för kapsling (med målet att återvinna 10 000 celler per prov). Enkelcells-gene-expressionsbibliotek (GEX) konstruerades enligt tillverkarens protokoll. WGS-sekvensering: För färskfrysta vävnadsprover extraherades genomiskt DNA från tumörer och matchande blodprover separat med DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). För enkelcellsuppslamningsprover från MCL separerades B-celler och icke-B-celler med FACS (CD19+/CD19-) eller EasySep human B-cell enrichment kit för att representera tumörprover respektive icke-tumör (germline) kontroller. Genomiskt DNA från sorterade celler extraherades med DNeasy Tissue and Blood Kit. Non-probabilityNon-probability Icke-sannolikhetsurvalIcke-sannolikhetsurval Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Wan, H., Ren, W., Yang, M., Nie, M., Wasik, A., Du, L., de, C.-M. L., Sun, R., Bai, Z., & Enninful, A. (2025). Tumor evolution and immune microenvironment dynamics in primary and relapsed mantle cell lymphoma. In CELL REPORTS MEDICINE (Vol. 6, Issue 9, pp. 102318–102318). https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2025.102318 Wan, H., Ren, W., Yang, M., Nie, M., Wasik, A., Du, L., de, C.-M. L., Sun, R., Bai, Z., & Enninful, A. (2025). Tumor evolution and immune microenvironment dynamics in primary and relapsed mantle cell lymphoma. In CELL REPORTS MEDICINE (Vol. 6, Issue 9, pp. 102318–102318). https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2025.102318 10.1016/j.xcrm.2025.102318 oai:swepub.ki.se:1056080 2025 oai:swepub.ki.se:1056080