Transkriptomikdata på humana PSC odlade under olika förhållanden Transcriptomics profiling of human PSC cultured under different conditions 2024-505-1 https://doi.org/10.48723/fr58-f782 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Transkriptomikdata på humana PSC odlade under olika förhållanden Transcriptomics profiling of human PSC cultured under different conditions 2024-505-1 https://doi.org/10.48723/fr58-f782 10.1038/s42003-025-07658-z Falk, Anna Falk, Anna 2017-03407_VR 2017-03407_VR 2019-01498_VR 2019-01498_VR FO2019-0246 FO2019-0246 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Gene Expression Genuttryck Calcium Signaling Kalciumsignalering Pluripotent Stem Cells Pluripotenta stamceller cell culture cellodling stem cells stamceller gene expression genuttryck This study has used transcriptome data derived for quality testing of pluripotent stem cells to investigate how different culture conditions affect gene expression. All pluripotent stem cells in the study have passed pluritest testing. Data contains transcriptomics signatures of pluripotent stem cell lines originating from human donors, measured with Illumina Gene Expression HT12 Direct Hybridization assay (Illumina HT 12v.4). Human induced pluripotent stem cells (iPSCs) and embryonic stem cells (ESCs) were cultured under either undefined culture conditions or defined and xenofree culture conditions, or transferred from the undefined to defined condition. These are labeled as feeder, laminin and transfer in the sample table, respectively. Skin biopsy samples were collected with informed consent from donors for creating models for studying human development. Donor samples were reprogrammed to iPSC and transcriptome analyses were performed for quality testing of the pluripotent cells. The dataset consists of 115 files in IDAT format and one in CSV format. The total size of the dataset is approximately 335 MB. Den här studien har använt transkkriptomikdata från kvalitetstestning av pluripotenta stamceller för att undersöka hur olika odlingsförhållanden påverkar genuttryck. Alla pluripotenta stamceller i studien har klarat test av pluripotens. Data innehåller transkriptomiska signaturer av pluripotenta stamcell-linjer från humana donatorer, uppmätta med Illumina Gene Expression HT12 Direct Hybridization assay (Illumina HT 12v.4). Humana inducerade pluripotenta stamceller (iPSC) och embryonala stamceller (ESC) odlades under antingen odefinierad eller definierad och xenofri kultur, eller överförd från odefinierade till definierade kultur. Dessa benämns som feeder, laminin och transfer tabellen över proverna, respektive. Hudbiopsier samlades in efter samtycke från donatorer för modellering av tidig human utveckling. Donatorproverna omprogrammerades till iPCS och transkriptomanalyser utfördes för att kvalitetstesta de pluripotenta stamcellerna. Datasetet består av 115 filer i IDAT-format och en i CSV-format. Datasetets totala storlek är ungefär 335 MB. Donors of skin cells come from cohorts of patients in neurology, ASD, rare diseases, neurodevelopmental disorders, and healthy donors. The cells used in the study come from donor material collected from 2012 onwards from cohorts of 100-400 individuals collected in Sweden. Skin biopsies are collected from donors after informed consent for research on modeling early human development. Donatorer av hudceller kommer från kohorter av patienter inom neurologi, ASD, rare diseases, neurodevelopmental disorders, och friska donatorer. Cellerna som användes i studien kommer donatormaterial insamlat från 2012 och framåt från kohorter med 100-400 individer insamlade i Sverige. Hudbiopsier är insamlade från donatorer efter samtycke till forskning om modellering av tidig human utveckling. Numeric Not all donated cells were used for reprogramming because the process takes a long time and is very expensive. The selection of which donor cells were used for iPSC establishment was random and depended on available resources in terms of time and money. Data comes from men and women of different ages and this selection was also random and dependent on when we had resources. The data consists of 113 transcriptomes from 70 donors.Not all donated cells were used for reprogramming because the process takes a long time and is very expensive. The selection of which donor cells were used for iPSC establishment was random and depended on available resources in terms of time and money. Data comes from men and women of different ages and this selection was also random and dependent on when we had resources. The data consists of 113 transcriptomes from 70 donors. Alla donerade celler användes inte för omprogrammering eftersom processen tar lång tid och är mycket dyr. Urvalet av vilka donatorceller som användes för etablering av iPSC var slumpmässigt och berodde på tillgängliga resurser i form av tid och pengar. Data kommer från män och kvinnor i olika åldrar och detta urval var också slumpmässigt och beroende av när vi hade resurser. Data består av 113 transkriptom från 70 donatorer.Alla donerade celler användes inte för omprogrammering eftersom processen tar lång tid och är mycket dyr. Urvalet av vilka donatorceller som användes för etablering av iPSC var slumpmässigt och berodde på tillgängliga resurser i form av tid och pengar. Data kommer från män och kvinnor i olika åldrar och detta urval var också slumpmässigt och beroende av när vi hade resurser. Data består av 113 transkriptom från 70 donatorer. Non-probability: AvailabilityNon-probability: Availability Icke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurvalIcke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurval Non-probability: PurposiveNon-probability: Purposive Icke-sannolikhetsurval: syftesurvalIcke-sannolikhetsurval: syftesurval Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Eidhof, I., Ulfenborg, B., Kele, M., Shahsavani, M., Winn, D., Uhlen, P., Falk, A., Eidhof, I., Ulfenborg, B., Kele, M., Shahsavani, M., Winn, D., Uhlen, P., & Falk, A. (2025). Defined culture conditions robustly maintain human stem cell pluripotency, highlighting a role for Ca2+ signaling. In COMMUNICATIONS BIOLOGY (Vol. 8, Issue 1). https://doi.org/10.1038/s42003-025-07658-z Eidhof, I., Ulfenborg, B., Kele, M., Shahsavani, M., Winn, D., Uhlen, P., Falk, A., Eidhof, I., Ulfenborg, B., Kele, M., Shahsavani, M., Winn, D., Uhlen, P., & Falk, A. (2025). Defined culture conditions robustly maintain human stem cell pluripotency, highlighting a role for Ca2+ signaling. In COMMUNICATIONS BIOLOGY (Vol. 8, Issue 1). https://doi.org/10.1038/s42003-025-07658-z 10.1038/s42003-025-07658-z 2025