Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells 2025-125-1 https://doi.org/10.48723/ya3w-an36 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells 2025-125-1 https://doi.org/10.48723/ya3w-an36 oai:swepub.ki.se:1090001 10.1186/s13048-025-01932-8 Deligiannis, Spyridon Panagiotis Deligiannis, Spyridon Panagiotis Li, Tianyi Li, Tianyi Moussaud-Lamodière, Elisabeth Moussaud-Lamodière, Elisabeth Végvári, Akos Végvári, Akos Damdimopoulos, Anastasios Damdimopoulos, Anastasios Lavogina, Darja Lavogina, Darja Damdimopoulou, Kiriaki Damdimopoulou, Kiriaki Zubarev, Roman Zubarev, Roman Acharya, Ganesh Acharya, Ganesh Velthut-Meikas, Agne Velthut-Meikas, Agne Damdimopoulou, Pauliina Damdimopoulou, Pauliina Salumets, Andres Salumets, Andres Di Nisio, Valentina Di Nisio, Valentina 2024-02530_VR 2024-02530_VR Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page FERTILITY (HUMAN) FRUKTSAMHET TOXICOLOGY TOXIKOLOGI Ovary Äggstock X-Rays Röntgenstrålning Transcriptome Transkriptom The data repository is connected to a study that investigates the impact of X-ray treatment on primary ovarian cells (POCs) derived from cortex (cPOCs) and medulla (mPOCs) during in vitro culture. In total 50 samples collected from 5 patients were sequenced and 5 groups (i.e.,control_t1, control_t24, irradiated_t1, irradiated_t4, irradiated_t24) were included in the study. RNA extraction was performed using the RNeasy Micro Kit (Qiagen, Germany) following the manufacturer’s instructions. Libraries were prepared using the Illumina Stranded mRNA Prep Ligation protocol (Illumina, USA) according to the manufacturer’s instruction, with 10 ng of RNA used as input. The dataset contains 100 fastq files from paired-end RNA sequencing, compressed with GNUzip (gzip). The dataset also contains one metadata file in xlsx format and one md5sum file in txt format. The total size of the dataset is approximately 300 GB. Fastq files were trimmed using TrimGalore (version 0.6.1) to remove the low-quality reads before mapping. STAR aligner (version 2.7.11a) was used to map the trimmed fastq files to human genome hg38. The bam files were aligned using featureCount function in subread package (version 2.0.3) and annotated using UCSC gtf file. Processed data is deposited in GEO (GSE291604). Datalagret är kopplat till en studie som undersöker röntgenbehandlingens inverkan på primära äggstocksceller (POC) som härrör från cortex (cPOC) och medulla (mPOC) under in vitro-odling. Totalt sekvenserades 50 prover som samlats in från 5 patienter och 5 grupper (dvs. kontroll_t1, kontroll_t24, bestrålad_t1, bestrålad_t4, bestrålad_t24) ingick i studien. RNA-extraktion utfördes med hjälp av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland) enligt tillverkarens anvisningar. Biblioteken framställdes med hjälp av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokollet (Illumina, USA) enligt tillverkarens anvisningar, med 10 ng RNA som ingångsdata. Datasetet innehåller 100 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en metadatafil i xlsx-format och md5sum-fil i txt-format. Datasetets totala storlek är ca 300 GB. Fastq-filer trimmades med TrimGalore (version 0.6.1) för att ta bort avläsningar av låg kvalitet före mappning. STAR aligner (version 2.7.11a) användes för att mappa de trimmade fastq-filerna till det mänskliga genomet hg38. bam-filerna justerades med hjälp av featureCount-funktionen i subread-paketet (version 2.0.3) och annoterades med hjälp av UCSC gtf-filen. Processade data finns deponerade i GEO (GSE291604). Sweden Sverige The samples were obtained from patients undergoing elective abdominal surgery recruited from Karolinska University Hospital, Huddinge, Sweden. Proverna togs från patienter som genomgår elektiv bukkirurgi rekryterade från Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge, Sverige. Other The samples were collected from random patients undergoing elective abdominal surgery and consent to give ovarian tissues to research.The samples were collected from random patients undergoing elective abdominal surgery and consent to give ovarian tissues to research. Proverna samlades in från slumpmässigt vald patienter som genomgick planerad bukkirurgi och som samtyckte till att lämna äggstocksvävnad till forskning.Proverna samlades in från slumpmässigt vald patienter som genomgick planerad bukkirurgi och som samtyckte till att lämna äggstocksvävnad till forskning. OtherOther ÖvrigtÖvrigt Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Deligiannis, S., Li, T., Moussaud-Lamodière, E., Végvári, A., Damdimopoulos, A., Lavogina, D., Papaikonomou, K., Zubarev, R., Acharya, G., & Velthut-Meikas, A. (2026). Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells. In JOURNAL OF OVARIAN RESEARCH. https://doi.org/10.1186/s13048-025-01932-8 Deligiannis, S., Li, T., Moussaud-Lamodière, E., Végvári, A., Damdimopoulos, A., Lavogina, D., Papaikonomou, K., Zubarev, R., Acharya, G., & Velthut-Meikas, A. (2026). Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells. In JOURNAL OF OVARIAN RESEARCH. https://doi.org/10.1186/s13048-025-01932-8 10.1186/s13048-025-01932-8 oai:swepub.ki.se:1090001 2026 oai:swepub.ki.se:1090001