Data for: "Spatial evidence for carcinoma in situ (CIS) as an entity in human papillomavirus (HPV)-associated tonsillar squamous cell carcinoma (TSCC)"
Data för: "Spatial evidence for carcinoma in situ (CIS) as an entity in human papillomavirus (HPV)-associated tonsillar squamous cell carcinoma (TSCC)"
Human papillomavirus (HPV)-associated tonsillar squamous cell carcinoma (TSCC) is suggested to arise in tonsillar crypts. They also constitute a rare exception in the literature of carcinoma development, as carcinoma in situ (CIS) is not a recognized entity and dysplastic stages are not evident. Here we used spatial transcriptomics (10x Visium) on HPV-associated TSCC, cervical and HPV-independent oral cancer cases on morphological normal, dysplastic and invasive epithelium. Files included were: - histpopathological annotations - spatial data/images as a zip-file - filtered_feautre_bc_matrix.h5-file per sample
Humant papillomvirus (HPV) associerade tonsillkarcinom anses ha sitt ursprung från tonsillkryptor och utgör ett undantag i cancerutvecklingsmodellerna, eftersom de inte anses företrädas av in-situförändringar. Här använder vi oss av spatialtranskriptomik (10X Visium) på HPV-associerade tonsill- cervix och HPV-oberoende orala karcinom och undersöker morfologiskt normala, dysplastiska och invasiva epitelceller. Filer som inkluderas i analysen är: - histopatologiska annoteringar - spatialdata/bilder i zip-format - filtered_feautre_bc_matrix.h5 per prov
Anders Näsman
Sequence Analysis
Sekvensanalys
Human papillomavirus 16
Humant papillomvirus 16
Carcinoma in situ of oral cavity oesophagus and stomach
Cancer in situ i munhåla, esofagus och magsäck
Carcinoma in situ: Lip oral cavity and pharynx
Cancer in situ i läpp (munhåla och svalg)
Landing page for the dataset
Landningssida för datasetet
Karolinska Institutet