Analys av diversitet, relativ abundans och artsammansättning av ektomykorrhizal svamp i tallskogarna vid Effaråsen: Effekter av hänsynsnivå, trädavstånd och kronstorlek. Analysis of Ectomycorrhizal Fungal Diversity, Relative Abundance, and Community Data in Effaråsen Scots Pine Forests: Effects of Tree Retention Level, Tree Distance, and Size. 2025-160-1 SLU.ess.2025.4.2.IÄ-2 https://doi.org/10.5878/vf2y-k398 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Analys av diversitet, relativ abundans och artsammansättning av ektomykorrhizal svamp i tallskogarna vid Effaråsen: Effekter av hänsynsnivå, trädavstånd och kronstorlek. Analysis of Ectomycorrhizal Fungal Diversity, Relative Abundance, and Community Data in Effaråsen Scots Pine Forests: Effects of Tree Retention Level, Tree Distance, and Size. 2025-160-1 SLU.ess.2025.4.2.IÄ-2 https://doi.org/10.5878/vf2y-k398 10.1016/j.foreco.2025.123186 Lariviere, Delphine Lariviere, Delphine Djupström, Line Djupström, Line Lindahl, Björn Lindahl, Björn Dahlberg, Anders Dahlberg, Anders Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page pine forest sustainable forestry boreal forest DNA sequence analysis forest inventory ectomycorrhiza conservation management Land use Markanvändning Soil Mark Environment Miljö This dataset comprises ecological and taxonomic data collected in 2017 from Scots pine forest stands in Effaråsen, Sweden, focusing on ectomycorrhizal (ECM) fungi diversity and SCATA counts. It includes three data files: (1) ECM2017.csv, the raw data, containing relative abundance data for ECM fungi across 245 soil samples with associated retention level categories; (2) stand_leveldata.csv, the aggregated data to the stand level, providing ecological data for the 25 forest stands ; and (3) tax_2017.csv, which lists species taxonomy, SCATA groups, genus, and functional group classifications for the species present in the study. The data were processed using SCATA or standardized taxonomic grouping. An accompanying R script (R_code_clean.R) performs data cleaning, diversity estimation using iNEXT, multivariate ordination (NMDS), correlation analyses, and visualization. This script requires specific R packages listed in the R file, and assumes data files are stored in a relative ./data directory. The dataset supports ecological and mycological research by providing detailed community composition and environmental variables relevant to Scots pine forest fungal diversity in northern Sweden. Dessa data består av ekologiska och taxonomiska data insamlade 2017 från tallskogar i Effaråsen, Sverige, med fokus på diversitet i form av SCATA-räkningar för ektomykorrhizasvampar (ECM). Den innehåller tre datafiler: (1) ECM2017.csv, rådata med relativ abundansdata för ECM-svampar från 245 jordprover med tillhörande retentionnivå-kategorier; (2) stand_leveldata.csv, aggregerade data på beståndsnivå som innehåller ekologiska data för 25 skogsbestånd; och (3) tax_2017.csv, som listar artens taxonomi, SCATA-grupper, släkte samt funktionella gruppindelningar för de arter som förekommer i studien. Data har bearbetats med hjälp av SCATA eller standardiserad taxonomisk gruppering för att underlätta statistiska analyser. Ett medföljande R-skript (R_code_clean.R) utför datarengöring, uppskattning av diversitet med iNEXT, multivariat ordination (NMDS), korrelationsanalyser och visualiseringar. Detta skript kräver specifika R-paket som anges i R-filen och förutsätter att datafilerna finns i en relativ mapp ./data. Datasetet stöder ekologisk och mykologisk forskning genom att tillhandahålla detaljerad information om artsammansättning och miljövariabler som är relevanta för ECM-svampars mångfald i tallskogar i norra Sverige. 2017-10-17 2017-10-18 Sweden Sverige Numeric Text In autumn 2017, 4.5 years post-logging, 10 composite soil samples were systematically collected from each of the 25 stands along 90-meter transects. Each composite sample consisted of three soil cores (3 cm diameter) pooled together. Composite samples were taken at 10-meter intervals, and GPS coordinates were recorded for each location. Only the organic mor layer was retained, with living mosses and mineral soil removed. Tree distances were measured using tape, and tree crown area (>2m height within a 15m buffer) was calculated using 2022 Swedish laser scanning data and ArcGIS Pro. The molecular protocols for DNA extraction and sequencing followed standard methodologies to accurately assess fungal community composition. This was done in close collaboration with the Department of Forest Mycology and Plant Pathology (Uppsala). Soil samples were collected in plastic tubes, promptly frozen, and processed by freeze-drying and grinding. DNA was extracted using the NucleoSpin Soil Genomic DNA extraction kit (Macherey-Nagel), and the ITS2 region of the ribosome-coding operon was amplified with tagged primers (gITS7 and ITS4). Sequencing was conducted on the Sequel I platform (Pacific Biosciences) at the National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala. Sequence filtering, clustering, and taxonomic identification were performed using established pipelines and databases, including SCATA and UNITE. Detailed protocols and methodologies are available in Lindahl et al. (2021).In autumn 2017, 4.5 years post-logging, 10 composite soil samples were systematically collected from each of the 25 stands along 90-meter transects. Each composite sample consisted of three soil cores (3 cm diameter) pooled together. Composite samples were taken at 10-meter intervals, and GPS coordinates were recorded for each location. Only the organic mor layer was retained, with living mosses and mineral soil removed. Tree distances were measured using tape, and tree crown area (>2m height within a 15m buffer) was calculated using 2022 Swedish laser scanning data and ArcGIS Pro. The molecular protocols for DNA extraction and sequencing followed standard methodologies to accurately assess fungal community composition. This was done in close collaboration with the Department of Forest Mycology and Plant Pathology (Uppsala). Soil samples were collected in plastic tubes, promptly frozen, and processed by freeze-drying and grinding. DNA was extracted using the NucleoSpin Soil Genomic DNA extraction kit (Macherey-Nagel), and the ITS2 region of the ribosome-coding operon was amplified with tagged primers (gITS7 and ITS4). Sequencing was conducted on the Sequel I platform (Pacific Biosciences) at the National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala. Sequence filtering, clustering, and taxonomic identification were performed using established pipelines and databases, including SCATA and UNITE. Detailed protocols and methodologies are available in Lindahl et al. (2021). I höst 2017, 4,5 år efter avverkning, samlades 10 sammansatta jordprover systematiskt in från vart och ett av de 25 bestånden längs 90-meters transekter. Varje sammansatt prov bestod av tre jordkärnor (3 cm i diameter) som kombinerades. Sammansatta prover togs med 10-meters intervall, och GPS-koordinater registrerades för varje plats. Endast det organiska morlagret behölls, medan levande mossor och mineralsjord avlägsnades. Avstånd till närmaste träd mättes med måttband, och trädkronans area (>2 m höjd inom en 15-meters buffert) beräknades med hjälp av 2022 års svenska laserskanningsdata och ArcGIS Pro. De molekylära protokollen för DNA-extraktion och sekvensering följde standardmetoder för att noggrant bedöma sammansättningen av svampsamhällen. Detta genomfördes i nära samarbete med Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi (Uppsala). Jordprover samlades i plasttuber, frystes omedelbart och bearbetades genom frystorkning och malning. DNA extraherades med hjälp av NucleoSpin Soil Genomic DNA-extraktionskit (Macherey-Nagel), och ITS2-regionen av ribosomkodande operon amplifierades med taggade primers (gITS7 och ITS4). Sekvensering utfördes på Sequel I-plattformen (Pacific Biosciences) vid National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala. Sekvensfiltrering, klustring och taxonomisk identifiering genomfördes med etablerade pipelines och databaser, inklusive SCATA och UNITE. Detaljerade protokoll och metoder finns beskrivna i Lindahl et al. (2021).I höst 2017, 4,5 år efter avverkning, samlades 10 sammansatta jordprover systematiskt in från vart och ett av de 25 bestånden längs 90-meters transekter. Varje sammansatt prov bestod av tre jordkärnor (3 cm i diameter) som kombinerades. Sammansatta prover togs med 10-meters intervall, och GPS-koordinater registrerades för varje plats. Endast det organiska morlagret behölls, medan levande mossor och mineralsjord avlägsnades. Avstånd till närmaste träd mättes med måttband, och trädkronans area (>2 m höjd inom en 15-meters buffert) beräknades med hjälp av 2022 års svenska laserskanningsdata och ArcGIS Pro. De molekylära protokollen för DNA-extraktion och sekvensering följde standardmetoder för att noggrant bedöma sammansättningen av svampsamhällen. Detta genomfördes i nära samarbete med Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi (Uppsala). Jordprover samlades i plasttuber, frystes omedelbart och bearbetades genom frystorkning och malning. DNA extraherades med hjälp av NucleoSpin Soil Genomic DNA-extraktionskit (Macherey-Nagel), och ITS2-regionen av ribosomkodande operon amplifierades med taggade primers (gITS7 och ITS4). Sekvensering utfördes på Sequel I-plattformen (Pacific Biosciences) vid National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala. Sekvensfiltrering, klustring och taxonomisk identifiering genomfördes med etablerade pipelines och databaser, inklusive SCATA och UNITE. Detaljerade protokoll och metoder finns beskrivna i Lindahl et al. (2021). Field/Intervention experimentField/Intervention experiment FältexperimentFältexperiment Access to data through SND. Data are freely accessible. Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. openAccess Lariviere, D., Djupström, L., Lindahl, B.D., Dahlberg, A. (2025). Tree retention levels and prescribed burning effects on ectomycorrhizal fungal communities in a boreal Scots pine forest. Forest Ecology and Management. 598 (2025), 123186. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.123186 Lariviere, D., Djupström, L., Lindahl, B.D., Dahlberg, A. (2025). Tree retention levels and prescribed burning effects on ectomycorrhizal fungal communities in a boreal Scots pine forest. Forest Ecology and Management. 598 (2025), 123186. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.123186 10.1016/j.foreco.2025.123186 2025