Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture 2025-223-1 https://doi.org/10.48723/hnvh-aq19 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture 2025-223-1 https://doi.org/10.48723/hnvh-aq19 10.1016/j.rbmo.2026.105918 Li, Tianyi Li, Tianyi Wehrli, Lydia Wehrli, Lydia Antonouli, Sevastiani Antonouli, Sevastiani Panagiotou, Eleftheria Maria Panagiotou, Eleftheria Maria Deligiannis, Spyridon Panagiotis Deligiannis, Spyridon Panagiotis Liu, Xinchen Liu, Xinchen Hassan, Jasmin Hassan, Jasmin Moussaud-Lamodière, Elisabeth Moussaud-Lamodière, Elisabeth Arnelo, Catarina Arnelo, Catarina Pettersson, Karin Pettersson, Karin Papaikonomou, Kiriaki Papaikonomou, Kiriaki Salumets, Andres Salumets, Andres Damdimopoulou, Pauliina Damdimopoulou, Pauliina Di Nisio, Valentina Di Nisio, Valentina Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page CULTURE KULTUR TOXICOLOGY TOXIKOLOGI Ovary Äggstock Transcriptome Transkriptom The overall aim of this study is to investigate the effects of in vitro culture on human ovarian tissue, and to optimize the culture system to study the reproductive toxicity of chemicals in the laboratory. The dataset is connected to a study that investigates the impact of in vitro culture on ovarian cortical fragments. In total 5 samples (i.e., 3 samples in the fresh group and 2 samples in the cultured group) collected from 3 patients were sequenced in this study. Ovarian tissues were dissociated into single-cell suspension using mechanical and enzymatic methods and used for library preparation. Single cell RNAseq libraries were prepared using Chromium Next GEM Single Cell 3’ Reagent Kits v3.1 (10X genomics). The dataset contains 36 fastq files from paired-end RNA sequencing, compressed with GNUzip (gzip). The dataset also contains one md5sum file in txt format to validate data integrity and a metadata file. The approximate total size of the dataset is 96 GB. Det övergripande syftet med denna studie är att undersöka effekterna av in vitro-odling på mänsklig äggstocksvävnad och att optimera odlingssystemet för att studera kemikaliers reproduktionstoxicitet i laboratoriet. Datasetet är kopplat till en studie som undersöker effekten av in vitro-odling på fragment av äggstockskortex. Totalt sekvenserades 5 prover (dvs. 3 prover i den färska gruppen och 2 prover i den odlade gruppen) som samlats in från 3 patienter i denna studie. Äggstocksvävnaderna dissocierades till encellssuspension med hjälp av mekaniska och enzymatiska metoder och användes för bibliotekspreparering. Enkelcells-RNAseq-bibliotek förbereddes med hjälp av Chromium Next GEM Single Cell 3’ Reagent Kits v3.1 (10X genomics). Datasetet innehåller 36 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en md5sum-fil i txt-format för att validera dataintegriteten. Datasetets totala storlek är ungefär 96 GB. 2020 2024 Sweden Sverige The samples were obtained from patients undergoing elective abdominal surgery recruited from Karolinska University Hospital, Huddinge, Sweden. Proverna togs från patienter som genomgår elektiv bukkirurgi rekryterade från Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge, Sverige. Other The samples were collected from random patients undergoing elective abdominal surgery and consent to give ovarian tissues to research.The samples were collected from random patients undergoing elective abdominal surgery and consent to give ovarian tissues to research. Proverna samlades in från slumpmässigt vald patienter som genomgick planerad bukkirurgi och som samtyckte till att lämna äggstocksvävnad till forskning.Proverna samlades in från slumpmässigt vald patienter som genomgick planerad bukkirurgi och som samtyckte till att lämna äggstocksvävnad till forskning. OtherOther ÖvrigtÖvrigt Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Li, T., Wehrli, L., Antonouli, S., Panagiotou, E.M., Deligiannis, S.P., Liu, X., Hassan, J., Moussaud-Lamodière, E., Arnelo, C., Pettersson, K., Papaikonomou, K., Salumets, A., Damdimopoulou, P., Nisio, V.D., 2026. Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture. Reproductive BioMedicine Online 105918. https://doi.org/10.1016/j.rbmo.2026.105918 Li, T., Wehrli, L., Antonouli, S., Panagiotou, E.M., Deligiannis, S.P., Liu, X., Hassan, J., Moussaud-Lamodière, E., Arnelo, C., Pettersson, K., Papaikonomou, K., Salumets, A., Damdimopoulou, P., Nisio, V.D., 2026. Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture. Reproductive BioMedicine Online 105918. https://doi.org/10.1016/j.rbmo.2026.105918 10.1016/j.rbmo.2026.105918 2026