PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population) PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population) 2025-344-1 KI Dnr: 00-140 KI Dnr: 02-475 https://doi.org/10.48723/w4s4-6r54 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population) PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population) 2025-344-1 KI Dnr: 00-140 KI Dnr: 02-475 https://doi.org/10.48723/w4s4-6r54 oai:swepub.ki.se:571668 10.1128/AEM.02223-06 10.1101/2025.06.25.25330258 10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x Bergström, Anna Bergström, Anna Pershagen, Göran Pershagen, Göran Fyhrquist, Nanna Fyhrquist, Nanna Dühr, Hendrik Dühr, Hendrik QLRT 1999 01391 QLRT 1999 01391 Institute of Environmental Medicine (Karolinska Institutet) strategic grants for pilot collaboration projects Institute of Environmental Medicine (Karolinska Institutet) strategic grants for pilot collaboration projects Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Environment and Public Health Miljö och folkhälsa Gastrointestinal Microbiome Tarmflora HEALTH HÄLSA Public health Folkhälsa To better understand the lifestyle and environmental drivers of the microbiome and resistome we analyzed 74 stool samples from the cross-sectional PARSIFAL study (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x) using paired-end shotgun metagenomic sequencing. The study population consisted of children aged 5-13 years living in the Uppsala and Järna regions (Sweden) and entailed participants living on farms, children with anthroposophic lifestyles and two reference groups of children living in the same areas but not following these lifestyles. For this study, all 74 fecal samples of the Swedish part of the PARSIFAL study were obtained. Samples were taken by the parents, first stored at –20 °C, and finally stored at –80 °C before DNA extraction, as described by Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). The participant data and samples that were used for the analyses in this study were collected between October 2000 and May 2002. A questionnaire was completed by the parents and has previously been reported in detail by Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x). The dataset consists of 170 files with a total size of approximately 504 GB. För att bättre förstå livsstils- och miljöfaktorer som påverkar mikrobiomet och resistomet analyserade vi 74 avföringsprover från den tvärsnittliga PARSIFAL-studien (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x) med hjälp av parendad shotgun-metagenomsekvensering. Studiepopulationen bestod av barn i åldrarna 5–13 år som bodde i regionerna Uppsala och Järna (Sverige) och inkluderade deltagare som bodde på gårdar, barn med antroposofiska livsstilar samt två referensgrupper av barn som bodde i samma områden men inte följde dessa livsstilar. För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Prover togs av föräldrarna, först förvarade vid –20 °C och slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivningen av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagardata och prover som användes i analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x). Datasetet består av 170 filer med en total storlek på ca 504 GB. Sweden Sverige IndividualIndividual IndividIndivid The Swedish portion of the study population was recruited in Uppsala and Järna (Sweden) and consists of four distinct lifestyle groups: 1. A farm group of children living on farms (N = 37). 2. A farm reference group, consisting of children living in the farmers’ area, but not growing up on farms (N = 11). 3. A group of anthroposophs (N = 19; recruited at Steiner schools and called ‘Steiner’ throughout the text). 4. A Steiner reference group, consisting of children living in the same area but not following the anthroposophic lifestyle (N = 7). Den svenska delen av studiepopulationen rekryterades i Uppsala och Järna (Sverige) och består av fyra tydligt avgränsade livsstilsgrupper: 1. En grupp gårdsbarn som bor på gårdar (N = 37). 2. En referensgrupp för gårdsbarn, bestående av barn som bor i lantbrukarnas område men inte växer upp på gårdar (N = 11). 3. En grupp antroposofer (N = 19; rekryterade vid Steinerskolor och benämnda ”Steiner” i hela texten). 4. En Steiner-referensgrupp, bestående av barn som bor i samma område men inte följer den antroposofiska livsstilen (N = 7). Other Cross-sectionCross-section TvärsnittTvärsnitt For this study, all 74 fecal samples of the Swedish part of the PARSIFAL study were obtained. Samples were taken by the parents, first stored at –20 °C, and finally stored at –80 °C before DNA extraction, as described by Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). The participant data and samples that were used for the analyses in this study were collected between October 2000 and May 2002. A questionnaire was completed by the parents and has previously been reported in detail by Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x).For this study, all 74 fecal samples of the Swedish part of the PARSIFAL study were obtained. Samples were taken by the parents, first stored at –20 °C, and finally stored at –80 °C before DNA extraction, as described by Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). The participant data and samples that were used for the analyses in this study were collected between October 2000 and May 2002. A questionnaire was completed by the parents and has previously been reported in detail by Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x). För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Proverna togs av föräldrarna, förvarades först vid –20 °C och förvarades slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivning av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagaruppgifterna och proverna som användes för analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x).För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Proverna togs av föräldrarna, förvarades först vid –20 °C och förvarades slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivning av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagaruppgifterna och proverna som användes för analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x). Mixed probability and non-probabilityMixed probability and non-probability Blandat sannolikhets- och icke-sannolikhetsurvalBlandat sannolikhets- och icke-sannolikhetsurval Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., Braun-Fahrlander, C., Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., … Braun-Fahrlander, C. (2007). Molecular fingerprinting of the fecal microbiota of children raised according to different lifestyles. In APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (Vol. 73, Issue 7, pp. 2284–2289). https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06 Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., Braun-Fahrlander, C., Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., … Braun-Fahrlander, C. (2007). Molecular fingerprinting of the fecal microbiota of children raised according to different lifestyles. In APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (Vol. 73, Issue 7, pp. 2284–2289). https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06 10.1128/AEM.02223-06 oai:swepub.ki.se:571668 2007 oai:swepub.ki.se:571668 Dühr, H., Pärnänen, K., Kucháriková, N., Werner, P., Pershagen, G., Lahti, L., Alenius, H., Bergström, A., Ruuskanen, M. O., & Fyhrquist, N. (2025). Lifestyle associates with unique resistome and microbiome signatures in children (p. 2025.06.25.25330258). medRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.06.25.25330258 Dühr, H., Pärnänen, K., Kucháriková, N., Werner, P., Pershagen, G., Lahti, L., Alenius, H., Bergström, A., Ruuskanen, M. O., & Fyhrquist, N. (2025). Lifestyle associates with unique resistome and microbiome signatures in children (p. 2025.06.25.25330258). medRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.06.25.25330258 10.1101/2025.06.25.25330258 2025 Alfvén, T., Braun-Fahrländer, C., Brunekreef, B., von Mutius, E., Riedler, J., Scheynius, A., van Hage, M., Wickman, M., Benz, M. R., Budde, J., Michels, K. B., Schram, D., Üblagger, E., Waser, M., Pershagen, G., & the PARSIFAL study group. (2006). Allergic diseases and atopic sensitization in children related to farming and anthroposophic lifestyle – the PARSIFAL study. Allergy, 61(4), 414–421. https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x Alfvén, T., Braun-Fahrländer, C., Brunekreef, B., von Mutius, E., Riedler, J., Scheynius, A., van Hage, M., Wickman, M., Benz, M. R., Budde, J., Michels, K. B., Schram, D., Üblagger, E., Waser, M., Pershagen, G., & the PARSIFAL study group. (2006). Allergic diseases and atopic sensitization in children related to farming and anthroposophic lifestyle – the PARSIFAL study. Allergy, 61(4), 414–421. https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x 10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x 2006