Data from immunocompromised individuals vaccinated with SARS-CoV2 vaccines: antibody titers, B cell receptor repertoire sequencing, and B cell immunophenotyping - Hellgren, Fredrika; Arcoverde Cerveira da Silva, Rodrigo; Lore, Karin; Karolinska Institutet (Karolinska Institutet, 2026)
The dataset contains B cell receptor (BCR) sequencing data. Two types of data are included:

Antigen-specific BCR sequences obtained by sorting B cells (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) followed by PCR and Sanger sequencing for SARS-CoV-2. Sequences are provided per individual and also as a combined dataset.

Bulk BCR repertoire sequencing for IgM and IgG, with one FASTQ file per individual and sample.

All sequences are provided as FASTQ or FASTA files. Users will need to realign and re-annotate VDJ segments using their preferred reference database and software.

More details on the experimental design and sorting strategy can be found in the published paper: DOI 10.1002/cti2.70077

No direct identifiers are included; sample IDs are pseudonymized. The size of the dataset is approximately 30 GB.

Datasetet innehåller B-cellsreceptor (BCR) sekvenseringsdata. Två typer av data ingår:

Antigenspecifika BCR-sekvenser framtagna genom sortering av B-celler (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) följt av PCR och Sanger-sekvensering för SARS-CoV-2. Sekvenserna tillhandahålls per individ samt som en kombinerad dataset.

Bulk BCR-repertoire sekvensering för IgM och IgG, med en FASTQ-fil per individ och prov.

Alla sekvenser tillhandahålls som FASTQ- eller FASTA-filer. Användare behöver realignera och reannotera VDJ-segment med sitt val av referensdatabas och programvara.

Mer information om experimentell design och sorteringsstrategi finns i den publicerade artikeln: DOI 10.1002/cti2.70077


Inga direkta identifierare ingår; prov-ID är pseudonymiserade. Datasetets storlek är ca 30 GB.
Data från immunosupprimerade individer vaccinerade med SARS-CoV-2-vacciner: antikroppstitrar, sekvensering av B-cellsreceptorrepertoar och immunfenotypning av B-celler
Keywords: Receptors, Antigen, B-Cell; Receptorer, antigen, B-celler; Hematopoietic Stem Cell Transplantation; Blodstamcellstransplantation; Nucleic Acid-Based Vaccines; Nukleinsyrebaserade vaccin; Specific diseases, disorders and medical conditions; Specifika sjukdomar, störningar och medicinska tillstånd; General health and well-being; Allmän hälsa och välbefinnande; Bioinformatics (Computational Biology); Bioinformatik (beräkningsbiologi); Immunology; Immunologi; Microbiology; Mikrobiologi; Genetics and Genomics; Genetik och genomik; Bioinformatics and Computational Biology; Bioinformatik och beräkningsbiologi; Molecular Biology; Molekylärbiologi