Data från immunosupprimerade individer vaccinerade med SARS-CoV-2-vacciner: antikroppstitrar, sekvensering av B-cellsreceptorrepertoar och immunfenotypning av B-celler Data from immunocompromised individuals vaccinated with SARS-CoV2 vaccines: antibody titers, B cell receptor repertoire sequencing, and B cell immunophenotyping 2025-371-1 https://doi.org/10.48723/bbag-t656 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Data från immunosupprimerade individer vaccinerade med SARS-CoV-2-vacciner: antikroppstitrar, sekvensering av B-cellsreceptorrepertoar och immunfenotypning av B-celler Data from immunocompromised individuals vaccinated with SARS-CoV2 vaccines: antibody titers, B cell receptor repertoire sequencing, and B cell immunophenotyping 2025-371-1 https://doi.org/10.48723/bbag-t656 10.1002/cti2.70077 Hellgren, Fredrika Hellgren, Fredrika Arcoverde Cerveira da Silva, Rodrigo Arcoverde Cerveira da Silva, Rodrigo Lore, Karin Lore, Karin Karolinska Institutet Karolinska Institutet 2021-04779_VR 2021-04779_VR 2021-0017 2021-0017 21 1728 Pj 21 1728 Pj Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Receptors, Antigen, B-Cell Receptorer, antigen, B-celler Hematopoietic Stem Cell Transplantation Blodstamcellstransplantation Nucleic Acid-Based Vaccines Nukleinsyrebaserade vaccin Specific diseases, disorders and medical conditions Specifika sjukdomar, störningar och medicinska tillstånd General health and well-being Allmän hälsa och välbefinnande The dataset contains B cell receptor (BCR) sequencing data. Two types of data are included: Antigen-specific BCR sequences obtained by sorting B cells (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) followed by PCR and Sanger sequencing for SARS-CoV-2. Sequences are provided per individual and also as a combined dataset. Bulk BCR repertoire sequencing for IgM and IgG, with one FASTQ file per individual and sample. All sequences are provided as FASTQ or FASTA files. Users will need to realign and re-annotate VDJ segments using their preferred reference database and software. More details on the experimental design and sorting strategy can be found in the published paper: DOI 10.1002/cti2.70077 No direct identifiers are included; sample IDs are pseudonymized. The size of the dataset is approximately 30 GB. Datasetet innehåller B-cellsreceptor (BCR) sekvenseringsdata. Två typer av data ingår: Antigenspecifika BCR-sekvenser framtagna genom sortering av B-celler (CD19+, CD20+, IgG+, IgM-, Spike+) följt av PCR och Sanger-sekvensering för SARS-CoV-2. Sekvenserna tillhandahålls per individ samt som en kombinerad dataset. Bulk BCR-repertoire sekvensering för IgM och IgG, med en FASTQ-fil per individ och prov. Alla sekvenser tillhandahålls som FASTQ- eller FASTA-filer. Användare behöver realignera och reannotera VDJ-segment med sitt val av referensdatabas och programvara. Mer information om experimentell design och sorteringsstrategi finns i den publicerade artikeln: DOI 10.1002/cti2.70077 Inga direkta identifierare ingår; prov-ID är pseudonymiserade. Datasetets storlek är ca 30 GB. Sweden Sverige GroupGroup GruppGrupp IndividualIndividual IndividIndivid Time unitTime unit TidsenhetTidsenhet Intervention/TreatmentIntervention/Treatment Intervention/behandlingIntervention/behandling The dataset includes samples from participants of the COVAXID clinical trial (EudraCT 2021-000175-37; NCT04780659), a prospective study of SARS-CoV-2 mRNA vaccination in alloHCT recipients. Both male and female participants were included. Participants who had pre-existing immunity, a positive PCR at baseline, or COVID-19 infection between Day 0 and Day 35 were excluded from analyses of vaccine-induced responses, except for one participant included in overall IGH repertoire analysis. Subgroups for BCR sequencing were selected based on cGVHD status (cGVHD+ vs cGVHD-) and sample availability. Sex distribution was reasonably balanced, although not always exactly 50-50 due to sample selection. Datasetet inkluderar prover från deltagare i COVAXID-kliniska studien (EudraCT 2021-000175-37; NCT04780659), en prospektiv studie av SARS-CoV-2 mRNA-vaccination hos alloHCT-mottagare. Både manliga och kvinnliga deltagare ingick. Deltagare med befintlig immunitet, positiv PCR vid start eller COVID-19-infektion mellan dag 0 och dag 35 exkluderades från analyser av vaccininducerade svar, med undantag för en deltagare som inkluderades i den övergripande IGH-repertoaranalysen. Undergrupper för BCR-sekvensering valdes baserat på cGVHD-status (cGVHD+ vs cGVHD-) och tillgång på prover. Könsfördelningen var relativt balanserad, även om den inte alltid var exakt 50-50 på grund av urvalet av prover. Numeric Text Longitudinal: Cohort/Event-basedLongitudinal: Cohort/Event-based Longitudinell: Kohort/HändelsebaseradLongitudinell: Kohort/Händelsebaserad Samples were collected from participants at Day 0 and Day 35 after two mRNA SARS-CoV-2 vaccinations. PBMCs were isolated and cryopreserved, and B cell receptor sequences were obtained either from antigen-specific B cells or bulk IgM/IgG repertoires. FASTQ/FASTA files are provided per sample. Detailed sampling and processing procedures are described in Hellgren et al. (DOI: 10.1002/cti2.70077).Samples were collected from participants at Day 0 and Day 35 after two mRNA SARS-CoV-2 vaccinations. PBMCs were isolated and cryopreserved, and B cell receptor sequences were obtained either from antigen-specific B cells or bulk IgM/IgG repertoires. FASTQ/FASTA files are provided per sample. Detailed sampling and processing procedures are described in Hellgren et al. (DOI: 10.1002/cti2.70077). Prover samlades in vid Dag 0 och Dag 35 efter två mRNA SARS-CoV-2-vaccinationer. PBMC isolerades och kryopreserverades, och B-cellreceptorsekvenser erhölls från antigen-specifika B-celler eller bulk IgM/IgG-repertoarer. FASTQ/FASTA-filer finns per prov. Detaljerad information om provtagning och bearbetning finns i Hellgren et al. (DOI: 10.1002/cti2.70077).Prover samlades in vid Dag 0 och Dag 35 efter två mRNA SARS-CoV-2-vaccinationer. PBMC isolerades och kryopreserverades, och B-cellreceptorsekvenser erhölls från antigen-specifika B-celler eller bulk IgM/IgG-repertoarer. FASTQ/FASTA-filer finns per prov. Detaljerad information om provtagning och bearbetning finns i Hellgren et al. (DOI: 10.1002/cti2.70077). Non-probability: AvailabilityNon-probability: Availability Icke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurvalIcke-sannolikhetsurval: tillgänglighetsurval Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Hellgren F, Arcoverde Cerveira R, Lindgren G, Chen P, Lenart K, Ols S, Cagigi A, Valentini D, Rocavert Barranco M, Shaloom Vitus E, Corcoran M, Gwon Y-D, Forsell MNE, Evander M, COVAXID study group, Bergman P, Buggert M, Ljunggren H-G, Aleman S, Karlsson Hedestam GB, Björklund A, Nordlander A, Ljungman P, Mielke S*, Loré K*. The Impact of B Cell Reconstitution on mRNA Vaccine Responses in Allogeneic Stem Cell Transplant Recipients. Clinical & Translational Immunology. 2026. Hellgren F, Arcoverde Cerveira R, Lindgren G, Chen P, Lenart K, Ols S, Cagigi A, Valentini D, Rocavert Barranco M, Shaloom Vitus E, Corcoran M, Gwon Y-D, Forsell MNE, Evander M, COVAXID study group, Bergman P, Buggert M, Ljunggren H-G, Aleman S, Karlsson Hedestam GB, Björklund A, Nordlander A, Ljungman P, Mielke S*, Loré K*. The Impact of B Cell Reconstitution on mRNA Vaccine Responses in Allogeneic Stem Cell Transplant Recipients. Clinical & Translational Immunology. 2026. 10.1002/cti2.70077 2026