Data (bilder) för: Nya streckkoder för Svenska kiselalger från sötvatten FRESHBAR diatom images Data (images) for: New barcodes of freshwater diatoms from Sweden 2025-373-1 SLU.ma.2025.4.2.IÄ-7 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Data (bilder) för: Nya streckkoder för Svenska kiselalger från sötvatten FRESHBAR diatom images Data (images) for: New barcodes of freshwater diatoms from Sweden 2025-373-1 SLU.ma.2025.4.2.IÄ-7 Kahlert, Maria Kahlert, Maria Mora, Demetrio Mora, Demetrio Kusber, Wolf-Henning Kusber, Wolf-Henning Abarca, Nélida Abarca, Nélida Zimmermann, Jonas Zimmermann, Jonas 18/171 18/171 18/171 18/171 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst bacillariophyceae species richness freshwater sötvatten diatoms microscopes mikroskop DNA barcodes dna-streckkoder photographs fotografier reference libraries referensbibliotek bacillariophyta The published data are images of freshwater diatoms, taken within the national barcoding project FRESHBAR (2019-2023), a research project focusing on the development of DNA methods for national environmental monitoring. The project was financed by the Environmental Protection Agency’s environmental research grant in collaboration with the Swedish Agency for Marine and Water Management. The aim of the project was to establish as many diatom cultures as possible, to generate their barcodes, to identify them to the lowest taxonomical level possible, and to make all results, data and material publicly available for further research and usage within environmental monitoring. FRESHBAR represents the first large-scale effort to generate barcode reference sequences for Nordic freshwater benthic diatoms. The images are part of the results. Images of living and prepared strains are stored with open access (license: CC0) in the e-archive of the Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), available under the permanent link https://hdl.handle.net/20.500.12703/6968. Images are stored in different subfolders, grouped by taxon. Information on storage is found when searching in the menu “By subject”, where the metadata are found under “FRESHBAR images” in the file “FRESHBAR picture images SLU archive.xlsx”. Images taken with LM are stored in the subfolder https://hdl.handle.net/20.500.12703/6822, SEM images in the subfolder https://hdl.handle.net/20.500.12703/6823. Metadata are stored in the subfolder https://hdl.handle.net/20.500.12703/6825. In order to find a specific image item, you can locate the handle in the provided mapfiles.txt, and then go to https://hdl.handle.net/[handle], e.g. for https://hdl.handle.net/20.500.12703/6885 for SEM 1C11. De publicerade data är bilder av sötvattenskiselalger tagna inom forskningsprojektet FRESHBAR. FRESHBAR var ett av åtta forskningsprojekt med fokus på utveckling av DNA-metoder för nationell miljöövervakning. Projektet har finansierats med medel från Naturvårdsverkets miljöforskningsanslag som finansierar forskning till stöd för Naturvårdsverkets och Havs- och vattenmyndighetens kunskapsbehov. Se vidare under den engelska beskrivningen för mera info. 2020 2021 Sweden Sverige Still image Diatoms were isolated from fresh samples taken in coordination with the Swedish national monitoring program in 2019 and 2020. Those samples were taken following the European standard EN 13946:2025 Water quality - Guidance standard for the routine sampling and preparation of benthic diatoms from rivers and lakes. In total, 273 monoclonal cultures were established from single cells using the micropipette method. Cultures were grown in WC (Guillard and Lorenzen 1972), PM (Stosch and Fecher 1979), or L16 (Lindström 1991) medium at room temperature. Photographs were taken from each living culture if possible. The cultures were subsequently harvested and sequenced, and in parallel identified using morphological characters using light microscopy in a first step. Selected cultures were also studied and pictures taken using scanning electronic microscopy. The clones were harvested when the biomass was sufficient for all further project relevant analysis steps, which included DNA barcode sequencing for rbcL and 18SV4.Diatoms were isolated from fresh samples taken in coordination with the Swedish national monitoring program in 2019 and 2020. Those samples were taken following the European standard EN 13946:2025 Water quality - Guidance standard for the routine sampling and preparation of benthic diatoms from rivers and lakes. In total, 273 monoclonal cultures were established from single cells using the micropipette method. Cultures were grown in WC (Guillard and Lorenzen 1972), PM (Stosch and Fecher 1979), or L16 (Lindström 1991) medium at room temperature. Photographs were taken from each living culture if possible. The cultures were subsequently harvested and sequenced, and in parallel identified using morphological characters using light microscopy in a first step. Selected cultures were also studied and pictures taken using scanning electronic microscopy. The clones were harvested when the biomass was sufficient for all further project relevant analysis steps, which included DNA barcode sequencing for rbcL and 18SV4. Kiselalger isolerades från färska prover tagna i samordning med det svenska nationella övervakningsprogrammet under 2019 och 2020. Dessa prover togs enligt den europeiska standarden EN 13946:2025 Vattenundersökningar - Vägledning för provtagning och förbehandling av bentiska kiselalger i vattendrag. Totalt etablerades 273 monoklonala kulturer från enskilda celler med hjälp av mikropipettmetoden. Kulturerna odlades i WC (Guillard och Lorenzen 1972), PM (Stosch och Fecher 1979) eller L16 (Lindström 1991) medium vid rumstemperatur. Fotografier togs från varje levande kultur om möjligt. Kulturerna skördades och sekvenserades därefter, och identifierades parallellt med hjälp av morfologiska karaktärer med hjälp av ljusmikroskopi i ett första steg. Utvalda kulturer studerades också och bilder togs med elektronmikroskopi. Klonerna skördades när biomassan var tillräcklig för alla ytterligare projektrelevanta analyssteg, vilket inkluderade DNA-streckkodssekvensering för rbcL och 18SV4.Kiselalger isolerades från färska prover tagna i samordning med det svenska nationella övervakningsprogrammet under 2019 och 2020. Dessa prover togs enligt den europeiska standarden EN 13946:2025 Vattenundersökningar - Vägledning för provtagning och förbehandling av bentiska kiselalger i vattendrag. Totalt etablerades 273 monoklonala kulturer från enskilda celler med hjälp av mikropipettmetoden. Kulturerna odlades i WC (Guillard och Lorenzen 1972), PM (Stosch och Fecher 1979) eller L16 (Lindström 1991) medium vid rumstemperatur. Fotografier togs från varje levande kultur om möjligt. Kulturerna skördades och sekvenserades därefter, och identifierades parallellt med hjälp av morfologiska karaktärer med hjälp av ljusmikroskopi i ett första steg. Utvalda kulturer studerades också och bilder togs med elektronmikroskopi. Klonerna skördades när biomassan var tillräcklig för alla ytterligare projektrelevanta analyssteg, vilket inkluderade DNA-streckkodssekvensering för rbcL och 18SV4. Biological testsBiological tests Biologiska provtagningarBiologiska provtagningar Access to data through an external actor. Data are freely accessible. Åtkomst till data via extern aktör. Data är fritt tillgängliga. openAccess