Smart-seq3xpress scRNA-seq-data från mänsklig hud från 4 donatorer och 4 kroppslokaler Smart-seq3xpress scRNA-seq data from human skin across 4 donors and 4 body sites 2026-203-1 https://doi.org/10.48723/y92n-w439 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Smart-seq3xpress scRNA-seq-data från mänsklig hud från 4 donatorer och 4 kroppslokaler Smart-seq3xpress scRNA-seq data from human skin across 4 donors and 4 body sites 2026-203-1 https://doi.org/10.48723/y92n-w439 Yuan, Hao Yuan, Hao Annusver, Karl Annusver, Karl Kasper, Maria Kasper, Maria LF-OC-19-000225 LF-OC-19-000225 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page SKIN HUD Atlas Atlas [Publikationstyp] Single-Cell Gene Expression Analysis Analys av genuttryck i enskilda celler Smart-seq3xpress scRNA-seq datasets from 4 donors, covering 4 bodysites each. Healthy human skin biopsies were obtained from four adult donors, including two female and two male donors aged 30–45 years. From each donor, biopsies were collected from four anatomical sites: upper back, occipital scalp, plantar skin and inner upper arm. Skin samples were collected using a 4 mm punch biopsy. Next, tissue was dissociated with Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit and these isolated cells were sorted (only live cell) into separate wells in 384-well lysis plates (28 or 32 plates per donor) for Smart-Seq3Xpress library preparation and subsequent sequencing. Prepared libraries were sequenced using BGI DNBSEQ-T7 and BGI DNBSEQ-G400 platforms. Sequencing reads were aligned to the human GRCh38 reference genome and processed using zUMIs. The dataset contains 64 sequencing files at a total of 2.5 TB Smart-seq3xpress scRNA-seq-dataset från 4 donatorer, med 4 kroppslokaler per donator. Friska humana hudbiopsier erhölls från fyra vuxna donatorer, inklusive två kvinnliga och två manliga donatorer i åldern 30–45 år. Från varje donator samlades biopsier in från fyra anatomiska lokaler: övre delen av ryggen, occipital hårbotten, plantar hud och insidan av överarmen. Hudproverna samlades in med 4 mm stansbiopsi. Därefter dissocierades vävnaden med Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit, och de isolerade cellerna sorterades, endast levande celler, till separata brunnar i 384-brunnars lyseringsplattor, 28 eller 32 plattor per donator, för Smart-Seq3Xpress-bibliotekspreparation och efterföljande sekvensering. De färdigställda biblioteken sekvenserades med BGI DNBSEQ-T7- och BGI DNBSEQ-G400-plattformar. Sekvenseringsläsningarna alignerades mot det humana GRCh38-referensgenomet och processades med zUMIs. Datasetet består av 64 sekvensieringsfiler totalt ca 2.5 TB 2021-09-29 2021-11-10 Sweden Sverige IndividualIndividual IndividIndivid CellsCells CellerCeller Healthy adult human skin donors, 2 female, 2 male, aged 30–45 years, from whom skin biopsies were collected from multiple anatomical body sites. Friska vuxna humana huddonatorer, 2 kvinnor och 2 män, i åldern 30–45 år, från vilka hudbiopsier samlades in från flera anatomiska kroppslokaler. Other Cross-sectionCross-section TvärsnittTvärsnitt Skin biopsies were collected from four healthy adult donors selected according to study inclusion criteria. Sampling was non-random and criterion-based. From each donor, biopsies were collected from four predefined anatomical body sites: upper back, occipital scalp, plantar skin and inner upper arm.Skin biopsies were collected from four healthy adult donors selected according to study inclusion criteria. Sampling was non-random and criterion-based. From each donor, biopsies were collected from four predefined anatomical body sites: upper back, occipital scalp, plantar skin and inner upper arm. Hudbiopsier samlades in från fyra friska vuxna donatorer som valdes ut enligt studiens inklusionskriterier. Urvalet var icke-slumpmässigt och kriteriebaserat. Från varje donator samlades biopsier in från fyra fördefinierade anatomiska kroppslokaler: övre delen av ryggen, occipital hårbotten, plantar hud och insidan av överarmen.Hudbiopsier samlades in från fyra friska vuxna donatorer som valdes ut enligt studiens inklusionskriterier. Urvalet var icke-slumpmässigt och kriteriebaserat. Från varje donator samlades biopsier in från fyra fördefinierade anatomiska kroppslokaler: övre delen av ryggen, occipital hårbotten, plantar hud och insidan av överarmen. Non-probabilityNon-probability Icke-sannolikhetsurvalIcke-sannolikhetsurval Non-probability: PurposiveNon-probability: Purposive Icke-sannolikhetsurval: syftesurvalIcke-sannolikhetsurval: syftesurval Skin biopsies from four anatomical body sites were collected using 4 mm punch biopsies and kept in PBS on ice. The biopsies were then dissociated using the Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit (Miltenyi Biotec, 130-101-540) with a GentleMACS Dissociator to obtain single-cell suspensions. Live cells were sorted by flow cytometry using a BD FACSAria Fusion (BD Biosciences) into individual wells of 384-well Smart-seq3xpress lysis plates. Prepared libraries were sequenced using BGI DNBSEQ-T7 and BGI DNBSEQ-G400 platforms (MGI Tech Co., Ltd., Shenzhen, China).Skin biopsies from four anatomical body sites were collected using 4 mm punch biopsies and kept in PBS on ice. The biopsies were then dissociated using the Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit (Miltenyi Biotec, 130-101-540) with a GentleMACS Dissociator to obtain single-cell suspensions. Live cells were sorted by flow cytometry using a BD FACSAria Fusion (BD Biosciences) into individual wells of 384-well Smart-seq3xpress lysis plates. Prepared libraries were sequenced using BGI DNBSEQ-T7 and BGI DNBSEQ-G400 platforms (MGI Tech Co., Ltd., Shenzhen, China). Hudbiopsier från fyra anatomiska kroppslokaler samlades in med 4 mm stansbiopsi och förvarades i PBS på is. Biopsierna dissocierades därefter med Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit (Miltenyi Biotec, 130-101-540) med hjälp av en GentleMACS Dissociator för att erhålla encellssuspensioner. Levande celler sorterades med flödescytometri med en BD FACSAria Fusion (BD Biosciences) till enskilda brunnar i 384-brunnars Smart-seq3xpress-lyseringsplattor. De färdigställda biblioteken sekvenserades med BGI DNBSEQ-T7- och BGI DNBSEQ-G400-plattformar (MGI Tech Co., Ltd., Shenzhen, China).Hudbiopsier från fyra anatomiska kroppslokaler samlades in med 4 mm stansbiopsi och förvarades i PBS på is. Biopsierna dissocierades därefter med Miltenyi Whole Skin Dissociation Kit (Miltenyi Biotec, 130-101-540) med hjälp av en GentleMACS Dissociator för att erhålla encellssuspensioner. Levande celler sorterades med flödescytometri med en BD FACSAria Fusion (BD Biosciences) till enskilda brunnar i 384-brunnars Smart-seq3xpress-lyseringsplattor. De färdigställda biblioteken sekvenserades med BGI DNBSEQ-T7- och BGI DNBSEQ-G400-plattformar (MGI Tech Co., Ltd., Shenzhen, China). Biological testsBiological tests Biologiska provtagningarBiologiska provtagningar Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess