Data for: Cellular origin and characterization of autoantibodies against type I IFNs in COVID-19 and APS-1 Data for: Cellular origin and characterization of autoantibodies against type I IFNs in COVID-19 and APS-1 2026-253-1 https://doi.org/10.48723/hqay-t924 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Data for: Cellular origin and characterization of autoantibodies against type I IFNs in COVID-19 and APS-1 Data for: Cellular origin and characterization of autoantibodies against type I IFNs in COVID-19 and APS-1 2026-253-1 https://doi.org/10.48723/hqay-t924 Sun, Rui Sun, Rui Pan-Hammarström, Qiang Pan-Hammarström, Qiang KAW2020.0102 KAW2020.0102 2019-01302 2020-06116 ATAC, 101003650 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Autoimmune Diseases Autoimmuna sjukdomar B-Lymphocytes B-lymfocyter COVID-19 Covid-19 Abs - Autoantibodies autoantikropp Biotechnology Bioteknik Autoantibodies (autoAbs) against type I interferons (IFNs) can severely compromise antiviral defense in a broad range of severe viral infections. To investigate the mechanisms underlying autoantibody development, we performed paired scRNA-seq and scBCR-seq on sorted IFN-α2-positive and IFN-α2-negative B cells, together with scRNA-seq of other non-B immune cells. PBMCs were obtained from eight aIFN⁺ patients with severe COVID-19, five aIFN⁻ patients with severe COVID-19, five patients with APS-1, and ten healthy donors. The dataset is comprised of about 150 files and a total size of 810 GB. Autoantikroppar (autoAbs) mot typ I-interferoner (IFN) kan kraftigt försämra det antivirala immunförsvaret vid ett brett spektrum av svåra virusinfektioner. För att undersöka de mekanismer som ligger bakom utvecklingen av dessa autoantikroppar utförde vi kombinerad scRNA-sekvensering (scRNA-seq) och scBCR-sekvensering (scBCR-seq) på sorterade IFN-α2-positiva och IFN-α2-negativa B-celler, tillsammans med scRNA-seq av andra icke-B-immunceller. PBMC:er isolerades från åtta aIFN⁺-patienter med svår covid-19, fem aIFN⁻-patienter med svår covid-19, fem patienter med APS-1 och tio friska donatorer. Det deponerade datasetet omfattar ungefär 150 filer och en total storlek på 810 GB. Sweden Sverige Italy Italien Populations of the study includes eight patients with aIFN+ severe COVID-19. five aIFN- severe COVID-19 patients, five APS-1 patients, and ten healthy donors controls. The results of the analysis will refer to this specific group of individuals. Studiepopulationen består av åtta patienter med aIFN⁺ svår covid-19, fem patienter med aIFN⁻ svår covid-19, fem patienter med APS-1 samt tio friska kontroller. Resultaten från analyserna gäller denna specifika studiepopulation. Numeric Text Cross-sectionCross-section TvärsnittTvärsnitt The samples used for the deposited scRNA-seq dataset were collected in Sweden and Italy under the relevant ethical approvals Dnr 2020-01558, Pavia Ethics Committee approval P-20200029440, and Dnr 2023-02698-02. The Italian samples were collected within the ATAC consortium at Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italy) and transferred to Karolinska Institutet under a Material Transfer Agreement between Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo and Karolinska Institutet. The approved Italian protocol includes Karolinska Institutet as a collaborating partner and permits anonymized samples to be analyzed by consortium partners. scRNA-seq data were generated at Karolinska Institutet from samples originating from both Sweden and Italy. The deposited dataset contains no direct personal identifiers.The samples used for the deposited scRNA-seq dataset were collected in Sweden and Italy under the relevant ethical approvals Dnr 2020-01558, Pavia Ethics Committee approval P-20200029440, and Dnr 2023-02698-02. The Italian samples were collected within the ATAC consortium at Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italy) and transferred to Karolinska Institutet under a Material Transfer Agreement between Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo and Karolinska Institutet. The approved Italian protocol includes Karolinska Institutet as a collaborating partner and permits anonymized samples to be analyzed by consortium partners. scRNA-seq data were generated at Karolinska Institutet from samples originating from both Sweden and Italy. The deposited dataset contains no direct personal identifiers. De prover som användes för den deponerade scRNA-seq-datamängden samlades in i Sverige och Italien i enlighet med relevanta etiska godkännanden: Dnr 2020-01558, Pavia Ethics Committee approval P-20200029440 och Dnr 2023-02698-02. De italienska proverna samlades in inom ATAC-konsortiet vid Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italien) och överfördes till Karolinska Institutet enligt ett Material Transfer Agreement mellan Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo och Karolinska Institutet. Det godkända italienska protokollet inkluderar Karolinska Institutet som samarbetspartner och tillåter att anonymiserade prover analyseras av konsortiets samarbetspartner. scRNA-seq-data genererades vid Karolinska Institutet från prover med ursprung i både Sverige och Italien. Den deponerade datamängden innehåller inga direkta personidentifierande uppgifter.De prover som användes för den deponerade scRNA-seq-datamängden samlades in i Sverige och Italien i enlighet med relevanta etiska godkännanden: Dnr 2020-01558, Pavia Ethics Committee approval P-20200029440 och Dnr 2023-02698-02. De italienska proverna samlades in inom ATAC-konsortiet vid Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italien) och överfördes till Karolinska Institutet enligt ett Material Transfer Agreement mellan Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo och Karolinska Institutet. Det godkända italienska protokollet inkluderar Karolinska Institutet som samarbetspartner och tillåter att anonymiserade prover analyseras av konsortiets samarbetspartner. scRNA-seq-data genererades vid Karolinska Institutet från prover med ursprung i både Sverige och Italien. Den deponerade datamängden innehåller inga direkta personidentifierande uppgifter. Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess