Longitudinell proteomik och enkelcells-transkriptomdata från P. falciparum-malaria-infekterade resenärer Longitudinal proteomics and single-cell transcriptomic data of P. falciparum malaria-infected travellers 2026-4-1 https://doi.org/10.48723/cmgs-aj72 Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Longitudinell proteomik och enkelcells-transkriptomdata från P. falciparum-malaria-infekterade resenärer Longitudinal proteomics and single-cell transcriptomic data of P. falciparum malaria-infected travellers 2026-4-1 https://doi.org/10.48723/cmgs-aj72 oai:DiVA.org:kth-369057 10.1016/j.immuni.2025.06.014 Lautenbach, Maximilian Julius Lautenbach, Maximilian Julius Sundling, Christopher Sundling, Christopher Färnert, Anna Färnert, Anna Swedish National Data Service Svensk nationell datatjänst Landing page Malaria, Falciparum Falciparummalaria Plasmodium falciparum malaria Malaria orsakad av Plasmodium falciparum Specific diseases, disorders and medical conditions Specifika sjukdomar, störningar och medicinska tillstånd Comprehensive plasma proteomics and targeted single‑cell multi‑omics were generated from a longitudinal cohort of returning travelers treated for Plasmodium falciparum malaria. Plasma and peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were collected from symptomatic patients at Karolinska University Hospital after informed consent and followed with repeated sampling from acute disease up to one year post‑treatment in the absence of reinfection. Plasma protein profiling was performed in collaboration with the Human Protein Atlas using next‑generation affinity proteomics based on Proximity Extension Assay with NGS readout (Olink Explore 1536). Protein abundance was reported as Normalized Protein eXpression (NPX, log2 scale) after bridge normalization across batches. Proteins below the limit of detection in more than 70% of samples were excluded, resulting in a final dataset of 1,427 plasma proteins. To infer potential cellular sources and targets of circulating proteins, targeted single‑cell multi‑omics profiling was performed on PBMCs from a subset of donors with overlapping time points. Gene expression of 399 immune‑related genes and 29 cell‑surface proteins was assessed using BD Rhapsody with AbSeq. Libraries were sequenced on a NovaSeq 6000 platform and processed using the BD Targeted Analysis Pipeline, and downstream analyses were conducted in R using Seurat. In addition, a publicly available scRNA‑seq dataset from an independent malaria cohort was reanalyzed to validate and extend the findings. Integrated proteomic and single‑cell analyses were used to stratify patients into subgroups associated with malaria disease severity. The dataset consists of two data modalities: Plasma proteomics: Olink NPX values for 132 samples across 1,427 proteins PBMC single‑cell multi‑omics: targeted gene expression and AbSeq protein data from 12 samples Parts of the plasma proteomics data are available in aggregated form through the Human Protein Atlas Disease Atlas. An interactive Shiny application accompanies the associated publication (Lautenbach et al., Immunity, 2025) to enable exploratory data analysis. The dataset consists of 2 files: Part1: Plasma proteomics (Olink PEA with NGS readout - Explore 1536) File: Plasma_proteomics/Explore1536_tidy_long.rds (709 kB) Part2: Targeted single-cell transcriptomics data (BD Rhapsody scRNA‑seq + AbSeq) - Seurat object File: MalariaTraveler_RhapsodyAbSeq_Cell_Calling_qc_cca_wnn_clustering_annotated_clean.rds (507.2 MB) Omfattande plasmaproteomik och riktad single‑cell multi‑omics genererades från en longitudinell kohort av återvändande resenärer behandlade för Plasmodium falciparum-malaria. Plasma och perifera mononukleära blodceller (PBMC) samlades in från symtomatiska patienter vid Karolinska Universitetssjukhuset efter informerat samtycke och följdes med upprepade provtagningar från akut sjukdom upp till ett år efter avslutad behandling i frånvaro av reinfektion. Plasmaproteinprofilering utfördes i samarbete med Human Protein Atlas med hjälp av nästa generations affinitetsproteomik baserad på Proximity Extension Assay med NGS‑avläsning (Olink Explore 1536). Proteinmängder rapporterades som Normalized Protein eXpression (NPX, log2‑skala) efter bryggnormalisering mellan batcher. Proteiner under detektionsgränsen i mer än 70 % av proverna exkluderades, vilket resulterade i ett slutligt dataset med 1 427 plasmaproteiner. För att identifiera potentiella cellulära källor och mål för cirkulerande proteiner utfördes riktad single‑cell multi‑omics‑profilering på PBMC från ett urval av donatorer med överlappande tidpunkter. Genuttryck av 399 immunrelaterade gener samt 29 cellyteproteiner analyserades med BD Rhapsody och AbSeq. Bibliotek sekvenserades på en NovaSeq 6000‑plattform och bearbetades med BD Targeted Analysis Pipeline, och nedströmsanalyser genomfördes i R med Seurat. Dessutom återanalyserades ett publikt tillgängligt scRNA‑seq‑dataset från en oberoende malariakohort för att validera och utvidga resultaten. Integrerade analyser av proteomik‑ och single‑cell‑data användes för att stratifiera patienter i undergrupper associerade med sjukdomens svårighetsgrad. Datasetet består av två datamodaliteter: Plasmaproteomik: Olink‑NPX‑värden för 132 prover över 1 427 proteiner PBMC single‑cell multi‑omics: riktade genuttrycks‑ och AbSeq‑proteindata från 12 prover Delar av plasmaproteomikdatan finns tillgängliga i aggregerad form via Human Protein Atlas (Disease Atlas). En interaktiv Shiny‑applikation åtföljer den tillhörande publikationen (Lautenbach et al., Immunity, 2025) och möjliggör utforskande dataanalys. Datasetet består av 2 filer: Del1: Plasma proteomics (Olink PEA with NGS readout - Explore 1536) Fil: Plasma_proteomics/Explore1536_tidy_long.rds (709 kB) Del 2: Targeted single-cell transcriptomics data (BD Rhapsody scRNA‑seq + AbSeq) - Seurat object Fil: MalariaTraveler_RhapsodyAbSeq_Cell_Calling_qc_cca_wnn_clustering_annotated_clean.rds (507.2 MB) Sweden Sverige IndividualIndividual IndividIndivid CellsCells CellerCeller The Malaria Immunology Traveler Cohort is an ongoing, prospective study of adults diagnosed with acute Plasmodium falciparum malaria after returning from travel to malaria‑endemic regions. Participants are enrolled at the time of diagnosis and followed longitudinally, with repeated sampling from the acute phase through up to one year of recovery. In the present analysis, 72 returning travelers were included; this group represents a substantial subset of the larger, continuously expanding cohort. Malaria Immunology Traveler Cohort är en pågående, prospektiv studie av vuxna som diagnostiserats med akut Plasmodium falciparum-malaria efter återkomst från resor till malariaendemiska områden. Deltagarna inkluderas vid diagnos och följs longitudinellt, med upprepade provtagningar från den akuta fasen och upp till ett år efter insjuknandet. I den aktuella analysen ingick 72 återvändande resenärer; denna grupp utgör en betydande del av den större, kontinuerligt växande kohorten. Numeric Text LongitudinalLongitudinal LongitudinellLongitudinell Measurements and testsMeasurements and tests Mätningar och testerMätningar och tester Access to data through SND. Access to data is restricted. Åtkomst till data via SND. Tillgång till data är begränsad. restrictedAccess Lautenbach, M. J., Wyss, K., Yman, V., Foroogh, F., Satarvandi, D., Mousavian, Z., Sondén, K., Wang, J., Alvez, M. B., Bergström, S., Nilsson, P., Edfors, F., Brodin, P., Uhlén, M., Sundling, C., & Färnert, A. (2025). Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity. In Immunity. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2025.06.014 Lautenbach, M. J., Wyss, K., Yman, V., Foroogh, F., Satarvandi, D., Mousavian, Z., Sondén, K., Wang, J., Alvez, M. B., Bergström, S., Nilsson, P., Edfors, F., Brodin, P., Uhlén, M., Sundling, C., & Färnert, A. (2025). Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity. In Immunity. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2025.06.014 10.1016/j.immuni.2025.06.014 oai:DiVA.org:kth-369057 2025 oai:DiVA.org:kth-369057