https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv Översikt Denna datauppsättning innehåller råa och bearbetade transkriptomiska profileringsdata genererade från en modell av sympatoadrenal (SA) härstamningsdifferentiering baserad på människainducerade pluripotenta stamceller (iPSC). Studien undersöker rollen av ALK R1275Q-mutationen i neuroblastominitiering. Datauppsättningen inkluderar encellig RNA-sekvensering (scRNA-seq) och bulk-RNA-sekvenseringsdata härledda från friska kontroll-iPSC:er och patienthärledda iPSC:er som bär germline-mutationen ALK R1275Q. Datagenerering och metoder Humana iPSC:er (kontrolllinjer: Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14; patientlinjer: NB1, NB2, NB4) differentierades till stamceller i neural crest (tNCC), sympatoadrenala progenitorceller (SAP) och mogna sympatoadrenala celler (SAM). Encellig RNA-sekvensering (scRNA-seq): Plattform: 10x Genomics Single Cell 3' v3.1. Sekvensering: Utförd på MGI DNBSEQ PE100. Prover: Insamlade vid fyra utvecklingsstadier: tNCC, SAP, dag 8 (D8) och dag 12 (D12) från Ctrl10, NB1, NB2 och NB4. Bulk-RNA-sekvensering: Plattform: Illumina PE150-sekvensering. Prover: Insamlade vid sex utvecklingsstadier: tNCC, SAP, dag 6, dag 8, dag 10 och dag 12 från Ctrl7, Ctrl10, Ctrl14, NB1, NB2 och NB4 Filinnehåll och organisation Datasetet består av följande filtyper: Råsekvenseringsdata (FASTQ): Obearbetade sekvenseringsläsningar i .fastq.gz-format. För scRNA-seq: Parade ändar (t.ex. R1 som innehåller cellstreckkoder/UMI, R2 som innehåller transkriptinsatsen). För Bulk RNA-sekvensering: Parade ändar (R1/R2). Filnamn anger vanligtvis prov-ID, bibliotek (GE eller HTO), filnummer och läsriktning (t.ex. SampleID_GE/HTO_L001_R1_001.fastq.gz). Bearbetade data: Genuttrycksmatriser: Räknematriser (t.ex. .mtx, .tsv) genererade av Cell Ranger (för scRNA-sekvensering) eller Salmon (för bulk RNA-sekvensering). Metadata: Tabeller som innehåller provinformation och differentieringstidpunkter. Tue, 08 Sep 2026 13:20:51 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2026-7 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2026-7 Karolinska Institutet Mingzhi Liu Margareta Wilhelm