https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv Datalagret är kopplat till en studie som undersöker röntgenbehandlingens inverkan på primära äggstocksceller (POC) som härrör från cortex (cPOC) och medulla (mPOC) under in vitro-odling. Totalt sekvenserades 50 prover som samlats in från 5 patienter och 5 grupper (dvs. kontroll_t1, kontroll_t24, bestrålad_t1, bestrålad_t4, bestrålad_t24) ingick i studien. RNA-extraktion utfördes med hjälp av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland) enligt tillverkarens anvisningar. Biblioteken framställdes med hjälp av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokollet (Illumina, USA) enligt tillverkarens anvisningar, med 10 ng RNA som ingångsdata. Datasetet innehåller 100 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en metadatafil i xlsx-format och md5sum-fil i txt-format. Datasetets totala storlek är ca 300 GB. Fastq-filer trimmades med TrimGalore (version 0.6.1) för att ta bort avläsningar av låg kvalitet före mappning. STAR aligner (version 2.7.11a) användes för att mappa de trimmade fastq-filerna till det mänskliga genomet hg38. bam-filerna justerades med hjälp av featureCount-funktionen i subread-paketet (version 2.0.3) och annoterades med hjälp av UCSC gtf-filen. Processade data finns deponerade i GEO (GSE291604). Wed, 10 Dec 2025 15:36:59 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-125 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-125 Karolinska Institutet Spyridon Panagiotis Deligiannis Tianyi Li Elisabeth Moussaud-Lamodière Akos Végvári Anastasios Damdimopoulos Darja Lavogina Kiriaki Damdimopoulou Roman Zubarev Ganesh Acharya Agne Velthut-Meikas Pauliina Damdimopoulou Andres Salumets Valentina Di Nisio