https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv Confocal microscopy, electron microscopy and atomic force microscopy images of Arabidopsis thaliana roots, both in wild plants and mutant plants or plants under chemical treatment. The images show cell division phenotypes in pericycle cells, mainly stained with the specific cellulose dye calcofluor white. These results are part of an investigation that seeks to dissect the molecular bases that regulate the regeneration response in Arabidopsis roots after mechanical damage. Mechanical damage by herbivory or abiotic stress is common in nature in plants. Faced with this, plants have developed a rapid regeneration response that allows replacing damaged cells with new cells. In this study we demonstrate that the composition of the cell wall is important to optimize the regeneration response. Particularly, pectin plays a key role in cell-cell adhesion and cell proliferation after wounding. The microscopy images are provided as TIFF files along with metadata tables. The atomic force microscopy data also includes force maps created in JPK NanoWizard. Thu, 13 Feb 2025 15:02:19 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2024-612 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2024-612 Sveriges lantbruksuniversitet Luciano Di Fino Peter Marhavy Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack. Wed, 10 May 2023 10:49:17 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-252-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-252-1 Sveriges lantbruksuniversitet Elsa Demes Stéphane Verger