https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv Data tillhörande studie var syfte var att undersöka hur läget för den polära övergången (mellan alfa- och betahav) och för det mellanliggande vattnets läge påverkas av flytkraftsflödet på ytan. För mer detaljerad information se engelsk beskrivning nedan. Wed, 27 Mar 2024 12:18:43 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-280 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-280 Göteborgs universitet Romain Caneill Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is an aggressive kidney cancer subtype frequently associated with poor prognosis. Most ccRCC cases are asymptomatic in early stages and symptomatic mostly in advanced stages. Furthermore, the heterogeneity of ccRCC presents a challenge to design new treatments. In this study, using proximity extension assay (PEA), we analyzed blood samples from 134 patients with ccRCC and from 111 age- and gender-matched healthy donors. We identified a panel of seven proteins (ANXA1, ESM1, FGFBP1, MDK, METAP2, SDC1, and TFPI2) that are associated with clinicopathological parameters and patient survival. These biomarkers can differentiate patients with ccRCC from the control individuals with high diagnostic sensitivity and specificity. Moreover, by studying protein expression in solid tumors from the same ccRCC patients, we revealed associations between the panel biomarkers and proteins in the TGF-β and VHL-HIF signaling pathways. We found that most tumor promoting biomarkers were positively associated with TGF-β signaling and HIF-2α, and negatively associated with pVHL and HIF-1α. We also found that most tumor suppressing biomarkers were positively associated with pVHL and HIF-1α and negatively associated with TGF-β signaling and HIF-2α. For ccRCC patients, the blood protein biomarkers that were connected to poor prognosis and TGF-β/HIF-2α signaling, as identified in this study, are potentially important assets in personalized medicine. We used an Olink panel to measure protein levels in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) patients (N=134) and healthy controls (N=111). 92 oncology-related protein levels are measured across all samples (Supplementary Data 1), and the dataset is corrected for patient age (Supplementary Data 2). 80 proteins are significantly altered in ccRCC patients compared to controls (Supplementary Data 3). Using the top 50 most significantly altered proteins, we trained a random forest (RF) model, with cross-validation (Supplementary Data 4 and 5). The top seven significantly altered proteins are sufficient to perfectly (AUC=1) classify patients and healthy controls (Supplementary Data 6). We further trained an elastic-net penalized logistic regression (ENLR) model using the top seven proteins, which also resulted in a perfect classifier. Use of random sets of seven proteins and their combinations are not as significant (Supplementary Data 7-10). We explored the correlations between transforming growth factor-β (TGF-β), VHL, and hypoxia signaling pathway protein expressions (TGFBR1-Full length receptor (FL), TGFBR1-intracellular domain (ICD), HIF-1A, HIF-2A, pVHL, pSMAD2/3) in solid tumors and the plasma protein levels from the same cohort (Supplementary Data 11-12). The names and accession numbers (UniProt) for the Olink proteins are listed in Supplementary Data 13. Levels of the TGFB and VHL pathway proteins in solid tumors are given in Supplementary Data 14 and the antibodies used in immunoblotting (IB) are listed in Supplementary Data 15. Lists of protein names measured in solid tumor samples vs protein names measured in plasma are in Supplementary Data 16. Mon, 18 Aug 2025 00:00:00 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17044-scilifelab-28711088 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17044-scilifelab-28711088 Umeå universitet Cemal Erdem Pramod Mallikarjuna Ruben Beorlegui Anders Larsson Börje Ljungberg Masood Kamali-Moghaddam Maréne Landström Data published here is the basis for the manuscript for Spectrochimica Acta Part A with the title: The structure of amyloid-beta(1-42) oligomers in membrane-mimetic environments. Here, we demonstrate that Aβ42 oligomers preserve their β-sheet structure in aqueous solution and in a membrane-mimicking environment consisting of either anionic or zwitterionic membranes. Structure and Aβ42 aggregation kinetics were hardly affected by the presence of lipids, showing only slight effects observed during the initial oligomer formation at low temperatures. Our isotope-edited infrared experiments reveal that the backbone carbonyl of V18 residue is located in β-sheets in the presence and in the absence of lipids. Such insensitivity of Aβ42 to the presence of lipid vesicles suggests a distinct aggregation behaviour of Aβ42, compared to Aβ40. The data is in .DPT format, which can be viewed using any text editing program. Tue, 02 Sep 2025 00:00:00 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17045-sthlmuni-29910311 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17045-sthlmuni-29910311 Stockholms universitet Oleksandra Kurysheva Nina Mann Uliana Afonina Andreas Barth Vetenskaplig studie om hur bete och brand påverkar överlevnad och tillväxt av trädplantor av fem vanliga Europeiska arter. Innehåller en fil med överlevnad och höjdtillväxt på träden, samt en fil med förklaringar till variablerna. Thu, 16 Sep 2021 15:27:01 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-193-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-193-1 Sveriges lantbruksuniversitet Karin Amsten Joris P. G. M. Cromsigt Dries P. J. Kuijper Jenny M. Loberg Mats Niklasson Studien undersöker betalningsviljan för TBE vaccin, vaccinationsgrad, vilka som vaccinerar sig vid gällande marknadspriser och effekten av en möjlig vaccinsubvention. Syfte: Att undersöka betalningsviljan för TBE vaccin , vaccinationsgrad, vilka som vaccinerar sig vid gällande marknadspriser och effekten av en möjlig vaccinsubvention. Datasetet innehåller de variabler som använts i studien "The Willingness to Pay for Vaccination against Tick-borne Encephalitis and Implications for Public Health Policy: Evidence from Sweden", som publicerats i PLOS ONE. Enkäten om fästingar, TBE och Borrelia innehåller ytterligare frågor som inte ingår i detta underlag. Data finns tillgängligt för nedladdning i SPSS och - Excel format. Sun, 22 Nov 2015 00:00:00 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd0987-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd0987-1 Göteborgs universitet Daniel Slunge En förlängning av en studie om förhållandet mellan sömnbrist och biomarkörer för Alzheimers sjukdom, i cerebrospinalvätska (CSF). Friska frivilliga (N=13) utsattes för upprepade lumbalpunktioner med tre dagars mellanrum. Vårt mål var att undersöka CSF-dynamik i förhållande till sömnbrist. En oväntad kraftig ökning av biomarkörkoncentrationerna i det andra provet fick oss att misstänka en artefakt och vi upprepade därför experimentet, men utan sömnbegränsning, i fyra ytterligare individer (N=4). Vi kunde då se en liknande ökning i biomarkörnivåer, vilket antyder ett inneboende metodproblem med upprepade lumbalpunktioner. Experiment 1: Upprepade lumbalpunktioner inom 3 dagar utan sömnintervention. Försökspersoner som med kontrollerad normalsömn. Lumbalpunktion med 3 dagars mellanrum. Biomarkörkoncentrationer från varje enskild lumbalpunktion. Experiment 2: Efter sömndeprivering och 3 dagar senare, efter återhämtningssömn. Biomarkörkoncentrationer från varje lumbalpunktion. Första punktion direkt efter sömndeprivering. Andra punktion tre dagar senare, efter återhämtningssömn. Thu, 08 Aug 2024 11:57:31 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd1132-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd1132-1 Göteborgs universitet Martin Olsson Johan Ärlig Jan Hedner Kaj Blennow Henrik Zetterberg This dataset contains genomic TCR beta sequences from single cell DNA samples amplified by multiple displacement amplification (MDA) and subjected to nested PCR targeting the genomic TCR beta locus. The individual files contain raw data representing nucleotide sequences including both productive and non-productive rearrangements of the TCR beta sequence (with dropout in some cases). FASTQ files corresponding to single cell RNAseq data from single CD8+ T cells prepared by the smart-seq2 method. FASTQ files for 25-cell ‘mini-bulk’ RNAseq for CD8+ T cells prepared according to the smart-seq2 protocol. Mon, 12 Jul 2021 00:00:00 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17044-scilifelab-14376104 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/doi-10-17044-scilifelab-14376104 Karolinska Institutet Joanna Hård Jakob Michaelsson Data på antalet hanar av mindre vinbärsbrunmal fångade i fällor betade med olika kandidatsubstanser för artens sexualferomon. Försök utfördes i svartvinbärsodlingar i norra Sverige 2004, 2005 och 2022. Fällfångst av hanar av mindre vinbärsbrunmal för identifiering av artens sexualferomon. Fällor betades med olika kandidatsubstanser producerade av honor och som gav elektrofysiologiska svar i antennerna hos hanarna. Fri, 23 Dec 2022 11:51:33 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-248-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-248-1 Lunds universitet Glenn Svensson Olle Anderbrant Christer Löfstedt Erling Jirle Sven Hellqvist Elisabeth Öberg ZIP-filerna innehåller flera filer med testamenten från Mexiko mellan 1810 och 1910 insamlade för att mäta mexikansk förmögenhetsfördelning under Mexikos första århundrade av självständighet. Huvudfilen är wills_clean.xlsx, som innehåller hela samlingen av testamenten; i den filen hittar du variabler för år, stat och förmögenhet, inte exklusive skulder, skulder och förmögenhet (nettoförmögenhet). Du kan använda den här filen i kombination med do-filen cleaningroutine_for_social_tables för att skapa de detaljerade sociala tabellerna. Resten av filerna består av datafiler med sociala tabeller (för jämförelse) och xlsx-filer med testamenten från huvudfilen dividerat med decennium för att underlätta beräkningar med hjälp av do-filen inequality_analysis_ routine_clean.do från vilken du kommer att kunna reproducera resten av analysen (obalanserat prov och generaliserad beta, lognormal, etc.) Mon, 20 Nov 2023 07:24:26 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-242 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-242 Uppsala universitet Diego Castañeda Garza Den här mappen innehåller data och kod till artikeln ”The potential of semiochemical blends to monitor saproxylic beetle communities” av Viktor Gårdman, Bo Aulin, Mikael A. Molander & Mats Jonsell. Rådatan härstammar från jordbruksverkets övervakning av vedlevande skalbaggar vid Sveriges hamnar. Skalbaggarna samlas in med crosstraps betade med en av tre feromonblandningar. Detta har gjorts mellan 2017-2023 (exklusive 2022) vid tre olika hamnar i södra Sverige: Göteborg (57,7017° N, 11,9479° E), Mönsterås (57,0416° N, 16,4431° E) och Norrköping (58,5877° N, 16,1924° E). Alla registrerade arter av vedlevande vivlar (Curculionidae) (inklusive barkborrar (Scolytinae)), långhorningar (Cerambycidae) och praktbaggar (Buprestidae) har räknats till individantal. Datan anger individantal av varje art per månad, år, hamn, feromonblandning och antal fällor som använts. Datainsamlingen har utförts av Jordbruksverket i syfte att kartlägga den potentiella införseln av vedlevande skadegörare genom timmerimport till svenska hamnar. Identifieringen av skalbaggarna har gjorts av experter vid Sveriges lantbruksuniversitet. Alla datafiler är .csv-filer. Observera att fler typer av feromonblandningar eller andra lockmedel har använts i andra fällor på samma platser, och att fler platser har övervakats under åren. Uppgifterna här är endast från konsekvent använda platser och blandningar mellan 2017-2023. För fullständiga uppgifter om fångster av skalbaggar från alla provtagningslokaler och beten, kontakta Jordbruksverket (https://jordbruksverket.se/). SpeciesMatrix innehåller rådata av individer som provtagits per art och månad, år, hamn och feromonblandning. Antalet fällor som användes vid varje tillfälle anges också. Data kring vilka trädslag arterna lever av (filen ”TreeHost”) hämtades från ArtDatabanken (SLU ArtDatabanken, https://artfakta.se/). Mappen GLMM_Species_Modified innehåller individuella .csv filer för varje art som valts ut för individuella analyser med individalantal för varje kombination av år, månad, hamn och bete. Även information om antalet fällor per fångstillfälle anges. Hamnar, år eller beten med noll fynd för varje art har tagits bort. Syftet med detta är att undvika zero-inflation i modellerna. GLMM_Species_Modified innehåller alltså filerna som används för att köra GLMM-modellerna. SSOS filen innehåller alla vedlevande vivlar, barkborrar, långhorningar och praktbaggar som rapporterats från Artportalen i en 10x10km ruta kring varje hamn mellan 2017-2023 (https://www.artportalen.se/). Alla analyser är utförda i R version 4.4.0 och presenteras via Rmarkdown. Wed, 15 Oct 2025 12:36:17 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-91 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-91 Sveriges lantbruksuniversitet Viktor Gårdman Bo Aulin Mikael Molander Mats Jonsell