https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Basparsvarianter för 935 Pinus sylvestris baserat restriktionsezyms sekvensering på Illumina HiSeq X platform. Textfil i form av gzipped vcf (.vcf.gz). Se "pheno_pop.txt" för information om varje individ. Fri, 29 Jan 2021 07:50:20 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-1 Umeå universitet David Hall I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Text fil enligt vcf format som är komprimerad med GNU zip (.vcf.gz). Se "pheno_pop.txt" för information om varje individ. Fri, 29 Jan 2021 07:50:20 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-2 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-2 Umeå universitet David Hall Syftet med den vetenskapliga studien var att undersöka effekterna av agininfosfat på överlevnad och tillväxt av tall-, gran- och vårtbjörksplantor på tre fallstudier i Sverige. De tre studerade lokalerna finns i södra (S), nordöstra (NÖ) och nordvästra (NV) delarna av Sverige. Skogen på de studerade lokalerna var skördad och markberedning utförts samma år som plantering. Plantor av tall, gran och vårtbjörk planterades i juni 2019 på den nordöstra lokalen och i juni 2020 på de andra lokalerna. På varje lokal var de olika trädslagen planterade både var för sig och blandade ytor, med en yta behandlade med argininfosfat och en yta obehandlade plantor för varje trädslagskombination. Inventering av överlevnad och tillväxt utfördes i augusti-september 2020 på den nordöstra lokalen och 2021 på de andra lokalerna, följande två tillväxtsäsonger i fält. Data består av överlevnad, höjd- och stambasdiametermätningar från inventeringarna. Variablerna är beskrivna i detalj i dokumentationsfilen. Tre datafiler är inkluderade, en fil för varje lokal som alla var analyserade separat: a. effects_APtreatment_data_S_second_season.csv (1132 rader × 11 kolumner) b. effects_APtreatment_data_NE_second_season.csv (1987 rader × 10 kolumner) c. effects_APtreatment_data_NW_second_season.csv (1093 rader × 9 kolumner) Det kommenterade R-skriptet Code_manuscript_SND.R har också inkluderats för reproduktion. Det skall packas upp i samma katalog som datafilerna. PDF-filerna i output_plots.zip innehåller de diagram som genereras av skriptet, och filen Code_manuscript_SND.log.txt innehåller logg från skriptet när det körts med terminalkommandot: Rscript Code_manuscript_SND.R > Code_manuscript_SND.log.txt Tue, 18 Oct 2022 09:18:39 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-163-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2022-163-1 Sveriges lantbruksuniversitet Bodil Häggström I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Fröplantornas skadegrad (Damage) skattades till ett värde mellan 0 (ingen skada) till 6 (död) denna skadegrad normaliserades sedemera med ranknormalisering (DamageN) över alla replikat (Repl). Fri, 29 Jan 2021 07:50:20 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-5 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-5 Umeå universitet David Hall I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Miljövariablerna extraherades för varje population från miljöskikt med hög spatial upplösning, baserat på deras populationerna härkomstslatitud och -longitud. Dessa variabler användes sedan för fenotyp- och genotyp-miljöassociationsanalyser. En beskrivning av alla variabler finns i Tabell S2 i “Document S1. Supplemental methods, Supplemental Figures 1–4, and Supplemental Tables 1–6.”, tillgänglig från doi.org/10.1016/j.xplc.2020.100139 Fri, 29 Jan 2021 07:50:20 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-4 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-4 Umeå universitet David Hall Syftet med datainsamlingen var att undersöka skillnader i biologisk mångfald mellan två olika ålderskategorier av produktionsskogsbestånd. Inventeringarna ufördes mellan 2016-2017 i fyrtio brukade produktionsbestånd i södra Sverige. Bestånden domineras av två olika träslag: tall och gran och tillhör två olika ålderskategorier: 55 (+/- 5) och 80 (+/- 5) år. Totalt finns inventerad data för tio bestånd av varje kategori (trädslag och ålderskategori). Det finns fyra olika dataset med artdata: fåglar, mossor, epifytiska lavar och kärlväxter. Det finns också ett dataset med beståndsstrukturer. De fem dataseten kan analyseras tillsammans genom att använda ett gemensamt bestånds ID som finns i alla filer. Data består av befintlighetsdata (1/0) för de olika bestånden. Totalt innehåller dataseten uppgifter om 26 fågelarter, 84 mossarter, 57 lavarter och 102 kärlväxtarter. Filerna består av 5 separata datamatriser i .csv-format (kommaseparerad). Dataset 'bird.csv' har 40 rader och 29 kolumner. Dataset 'bryophyte.csv' har 40 rader och 87 kolumner. Dataset 'epilichen.csv' har 40 rader och 60 kolumner. Dataset 'vascularpl.csv' har 40 rader och 105 kolumner. Dataset 'stand_structures.csv' har 40 rader och 7 kolumner. Alla data set har en kolumn som heter "stand" och som innehåller bestånds-ID. Dessa kan användas för att koppla ihop de olika datamatriserna. Information om träslag och ålderskategori finns också i datat. Engelska artnamn används till fåglarna. Vetenskapliga namn används för kärlväxter (Dyntaxa 2019), mossor (Hallingbäck 2006) och lavar (Santesson's Checklist of Fennoscandian Lichen-forming and Lichenicolous Fungi 2020). Data samlades in under sommaren 2016 (fåglar, mossor, kärlväxter och skogsdata) och under sommaren 2017 (lavar och skogsdata). Datat innehåller information från fyrtio bestånd. I varje bestånd inventerades mossor och kärlväxter i 10 provytor som var 100m2 stora och tio träd inventerades på lavar (inklusive grenar, upp till 2 m). Fåglar inventerades i fyra provytor per bestånd. Provytornas radie var 40 meter. Förekomst data (1/0) för hela beståndet visas i data setet (alltså vilka arter som hittats i beståndet när alla ytor/träd lagts samman). SKogliga strukturer mättes in i ytor inom 10-15 m radie i tio ytor per bestånd, förutom död ved som mättes in i 100 m2 stora ytor. Datasetet 'stand_structures' visar hektarvärden baserat på medelvärde från de tio ytorna/bestånd. Kolumnnamnens betydelser: 'stand' = bestånds-ID, 'tree' = trädslag, 'age' = beståndsålder, 'basal_area' = grundyta, 'stem_density' = stamantal (stammar > 4 cm diameter) och 'wood' = död ved i m3 (stående, liggande). Kolumnen 'canopy_cover' visar krontäckningens medelvärde beräknat på 10 hemisfäriska foton per bestånd. Stands were selected based on site index (SI 24-29 for Norway spruce) from forest owner management plans. Only stands on till soil with rhyolite or granite bedrock were selected for the study. Mer detaljer om metod, artinventeringar och beståndsurval finns i följande artiklar: *Fåglar* Lindbladh M, Petersson L, Hedwall P-O, Trubins R, Holmström E, Felton A. Consequences for bird diversity from a decrease in a foundation species—replacing Scots pine stands with Norway spruce in southern Sweden. Regional Environmental Change. 2019;19(5):1429-40. doi: 10.1007/s10113-019-01480-0. *Mossor* Petersson L, Nilsson S, Holmström E, Lindbladh M, Felton A. Forest floor bryophyte and lichen diversity in Scots pine and Norway spruce production forests. Forest Ecology and Management. 2021;493:119210. doi: 10.1016/j.foreco.2021.119210. PubMed PMID: WOS:000651205800009. *Lavar* Petersson L, Lariviere D, Holmström E, Fritz Ö, Felton A. Conifer tree species and age as drivers of epiphytic lichen communities in northern European production forests. The Lichenologist. 2022;54(3-4):213-25. Epub 2022/07/29. doi: 10.1017/S0024282922000172. *Kärlväxter* Petersson L, Holmström E, Lindbladh M, Felton A. Tree species impact on understory vegetation: Vascular plant communities of Scots pine and Norway spruce managed stands in northern Europe. Forest Ecology and Management. 2019;448:330-45. Wed, 08 Mar 2023 15:18:15 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-18-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2023-18-1 Sveriges lantbruksuniversitet Lisa Petersson Delphine Lariviere Emma Holmström Matts Lindbladh Adam Felton I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Den uppmätta normaliserade skadegraden hos varje fröplanta efter exponering för köld. Innehåller även populationsnummer och såddnummer. Fri, 29 Jan 2021 07:50:20 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-3 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2020-208-3 Umeå universitet David Hall För att studera växtsuccessionen efter brand och hur den påverkas av successionstadiet när branden inträffade, samlades vegetationsdata in i västmanland fem år efter en stor brand (13 000 hektar boreal skog). I provytor inventerades växtsamhällena i hårt brända bestånd som varierade i ålder (0-123 år) sedan de hade kalhuggits innan brand. Data inkluderar på plot-nivå (50x50 cm provytor): kärlväxter och mossor, död ved, och krontäckets öppenhet (ljustillgänglighet). På beståndsnivå anges medelvärden för arter, viktad egenskapsdata (egenskapsvärden tagna från databaser), och avstånd till brandgränsen. Thu, 25 Feb 2021 13:15:28 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-46-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-46-1 Sveriges lantbruksuniversitet Lena Gustafsson Victor Johansson Alexandro Leverkus Joachim Strengbom Sofie Wikberg Gustaf Granath Syftet med studien var att undersöka effekterna av och interaktionen mellan planteringspunkt, tillförsel av arginin-fosfat vid plantering och lokal på överlevnad och tillväxt av planterad tall i norra Sverige. Studien inkluderar 11 lokaler mellan latituderna 61.1 och 67.1 i norra Sverige där skogen blivit skördad och markberedning utförts 2017. Tallplantorna planterades i maj–juni 2018. På varje lokal planterades plantorna i tre olika planteringspunkter med både tillförsel av arginin-fosfat och utan i varje planteringspunkt. Inventering av överlevnad och tillväxt utfördes hösten 2019. Data består av registrerad överlevnad och tillväxt av årsskott från inventeringen 2019 från de 11 lokalerna samt koordinater, planteringsdatum, datum för inventering och lokalspecifika tillväxtmiljöbeskrivande variabler för varje lokal. Variablerna är beskrivna i detalj i dokumentationsfilen. Analysen har använt sig av SMHI-data, se dokumentationsfil. Två datafiler är inkluderade: a. effects_position_APtreatment_data_leader_length.csv b. effects_position_APtreatment_data_survival.csv Fältinventering utfördes i slutet av den andra tillväxtsäsongen i fält, under augusti och september 2019. Alla plantor som hade gröna barr registrerades som levande, plantor utan gröna barr och saknade plantor registrerades som döda. Längd på årsskotten på varannan levande oskadad planta mättes från de översta grenarnas bas till toppknoppen. På lokaler där många plantor var döda eller skadade i någon planteringspunkt mättes alla kvarvarande plantor i denna planteringspunkt. Mon, 02 Aug 2021 14:16:02 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-116-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2021-116-1 Sveriges lantbruksuniversitet Bodil Häggström Med anledning av planer på en bergtäkt har Riksantikvarieämbetet, UV Mitt, genomfört en arkeologisk utredning inom fastigheten Helgona-Ekeby 1:1 i Helgona socken, Södermanland. Vid utredningen registrerades 21 objekt varav tre var tidigare kända RAÄ-nummer och två objekt var tre lokaler som Ostlänkeninven­teringen pekat ut. Sammantaget utgör objekten fyra gravar, två husgrundsterrasser, en kolningsmiljö med en kolbotten och en rest av kolarkoja, en naturbildning, en sannolikt sentida stensträng och tolv boplatser från äldre stenålder (mesolitisk tid). Ytterligare fyra lägen för förmodade boplatser utredningsgrävdes utan att ge indikationer på förhistorisk verksamhet. De fyra gravarna utgör dels av den tidigare kända RAÄ 248, en liten stenfylld stensättning i bronsålders­läge, dels av tre nyupptäckta stensättningar. Två av de andra gravarna är även de stenfyllda stensättningar men av äldre järnålderstyp. Den tredje graven i samma grupp är en ofylld stensättning med mittsten och kantkedja. Datamaterialet från utredningen sammanställdes och harmoniserades med andra data vid Uppsala universitet under 2014 . Detta skedde på uppdrag av Trafikverket samt Länsstyrelserna i Östergötland, Södermanland och Stockholms län, i ett projekt med syfte att sammanställa arkeologiska undersökningar och utredningar inom den beslutade korridoren för Ostlänken samt den närmsta omgivningen. Syfte: Den övergripande målsättningen vid en arkeologisk särskild utredning är att lokalisera och fastställa fornlämningar. På ett vidare plan syftar utredningen till att underlätta planprocessen så att man kan undvika, alternativt minimera ingreppen i fornlämningarna. Följande mer specifika målsättningar för det aktuella området kunde urskiljas: identifiera stenåldersboplatser samt redovisa för utmarksområden typiska lämning­ar såsom torp, kolmilor och tjärdalar. ZIP-filen innehåller data i form av shape-filer samt en MS Access-databas med information om schakt, anläggningar, eventuella fyndföremål samt annan metadata från den arkeologiska undersökningen. Mon, 11 Aug 2014 00:00:00 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd2374-1 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/snd2374-1 Uppsala universitet