https://researchdata.se/sv/catalogue Search results sv Datalagret är kopplat till en studie som undersöker röntgenbehandlingens inverkan på primära äggstocksceller (POC) som härrör från cortex (cPOC) och medulla (mPOC) under in vitro-odling. Totalt sekvenserades 50 prover som samlats in från 5 patienter och 5 grupper (dvs. kontroll_t1, kontroll_t24, bestrålad_t1, bestrålad_t4, bestrålad_t24) ingick i studien. RNA-extraktion utfördes med hjälp av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland) enligt tillverkarens anvisningar. Biblioteken framställdes med hjälp av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokollet (Illumina, USA) enligt tillverkarens anvisningar, med 10 ng RNA som ingångsdata. Datasetet innehåller 100 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en metadatafil i xlsx-format och md5sum-fil i txt-format. Datasetets totala storlek är ca 300 GB. Fastq-filer trimmades med TrimGalore (version 0.6.1) för att ta bort avläsningar av låg kvalitet före mappning. STAR aligner (version 2.7.11a) användes för att mappa de trimmade fastq-filerna till det mänskliga genomet hg38. bam-filerna justerades med hjälp av featureCount-funktionen i subread-paketet (version 2.0.3) och annoterades med hjälp av UCSC gtf-filen. Processade data finns deponerade i GEO (GSE291604). Wed, 10 Dec 2025 15:36:59 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-125 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-125 Karolinska Institutet Spyridon Panagiotis Deligiannis Tianyi Li Elisabeth Moussaud-Lamodière Akos Végvári Anastasios Damdimopoulos Darja Lavogina Kiriaki Damdimopoulou Roman Zubarev Ganesh Acharya Agne Velthut-Meikas Pauliina Damdimopoulou Andres Salumets Valentina Di Nisio Proverna i datamängden är kopplade till en studie som fokuserar på att studera intratumoral heterogenitet i bröstcancer med användning av rumsliga transkriptomiska data och beräkningspatologi. Datauppsättningen innehåller 14 prover från 3 patienter (en trippelnegativ bröstcancer och två HER2-positiva bröstcancer). Flera regioner av tumören samlades in för analys. Varje prov är en tumörregion från en av patienterna. Bibliotek för rumslig transkriptomik framställdes med användning av Visium rumsliga genuttryckskit (10x genomik). Sekvensering utfördes med hjälp av Illumina NovaSeq 6000-plattformen vid National Genomics Infrastructure, SciLifeLab i Solna, Sverige. Datasetet består av 28 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), från paired-end-RNA-sekvensering (10X Visium spatial transcriptomics). Metadata är beskrivna i filen SND_metadata.xlsx. För validering av dataintegritet finns filen md5sum.txt. Datasetets totala storlek är ungefär 300 GB. Mon, 01 Sep 2025 09:42:18 GMT https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-97 https://researchdata.se/sv/catalogue/dataset/2025-97 Karolinska Institutet Tianyi Li Qiao Yang Balazs Acs Emmanouil G. Sifakis Hosein Toosi Camilla Engblom Kim Thrane Qirong Lin Jeff E. Mold Wenwen Sun Ceren Boyaci Sanna Steen Jonas Frisén Jens Lagergren Joakim Lundeberg Xinsong Chen Johan Hartman