Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.
https://doi.org/10.5878/17te-jg54
Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).
Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075).
Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.
Ladda ner 8 öppna filer (26.86 GiB)
Filer med öppen tillgång (8)
Filer med öppen tillgång (8)
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Åtkomstnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Diarienummer hos huvudman:
- SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2
Data innehåller personuppgifter:
Nej
Citering:
Språk:
Datainsamling - Inspelning
Datainsamling - Inspelning
Insamlingsmetod:
Inspelning
Beskrivning av insamlingsmetod:
Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer
Datakälla:
- Forskningsdata
- Biologiska prover
Tidsupplösning:
20 minut
Prov
Prov
Namn/benämning:
GFP-MBD
Beskrivning av prov:
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Marc et al., 1998) DOI: 10.1105/tpc.10.11.1927
Namn/benämning:
bot1-7 GFP-MBD
Beskrivning av prov:
GFP-MBD line crossed with bot1-7 a katanin mutant with impaired rearrangement of microtubules. (Uyttewaal et al., 2012) DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.048
Namn/benämning:
GFP-TUA6
Beskrivning av prov:
GFP fused to a tubulin subunit. (Ueda et al., 1999) https://doi.org/10.1007/BF01279267
Namn/benämning:
mCit-MBD
Beskrivning av prov:
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Armezzani et al., 2018) DOI: 10.1242/dev.162255
Instrument
Instrument
Namn:
confocal microscope Zeiss LSM800
Beskrivning av instrument:
Upright confocal microscope from Zeiss
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
2020-03974
Projektnamn på ansökan:
Mechanics and dynamics of cell-to-cell adhesion in plants
Information om finansiering:
Mekanik och dynamik av cell till cell adhesion i växter
Finansiär:
- Bio4Energy
Finansiär:
- Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
KAW 2016.0352
Finansiär:
- Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
KAW 2016.0341
Finansiär:
Referensnummer:
2016-00504
Projektnamn på ansökan:
UPSC Centre for Forest Biotechnology
Information om finansiering:
UPSC Centrum för Skogsbioteknik (UPSC)
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Relationer
Relationer
Är härledd från:
Refereras till av:
Versioner
Versioner
Version:
2
Filkonvertering:
Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.Data tillagda:
Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.
Publicerad:
Metadata
Metadata
Versioner
Versioner
Version:
2
Filkonvertering:
Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.Data tillagda:
Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.
Publicerad:
