Läkemedelskänslighet, affinitetsproteomik, samt encellsspatiell ytproteomik från patienter med akut myeloisk leukemi vid diagnos
https://doi.org/10.48723/n3h9-wr71
Detta arkiv innehåller multi-omiska data genererade från patienter med FLT3 mutation och vildtyp AML. Data består av selektiva läkemedelskänslighetsvärden, nivåer av lösliga proteiner samt spatial proteomikdata, tillsammans med annoteringsfiler som länkar patient-ID:n mellan olika dataset och läkemedelsklassificeringar. Databehandlingsmetoder och programvaruberoenden är specificerade för varje dataset.
För mer information se beskrivning på engelska.
Filer med öppen tillgång (1)
Filer med öppen tillgång (1)
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Åtkomstnivå:
Skapare/primärforskare:
- Sören Lehmann – Karolinska Institutet - Institutionen för medicin
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Data innehåller pseudonymiserade identifierare
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Studiepopulationen består av 175 patienter med akut myeloisk leukemi (AML), varav 63 har en FLT3-mutation. Proteomikdatamängderna innehåller endast prover från FLT3-muterade patienter, medan läkemedelstestningsdata omfattar båda grupperna.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Experimentell studie
- Preklinisk studie
Beskrivning av studiedesign:
Funktionell och molekylär multiomikstudie av obehandlade patienter med AML för att länka systembiologi till specifik läkemedelskänslighet.
Beskrivning av urval:
Prover från benmärg eller perifert blod togs i samband med rutindiagnostik. Mononukleära celler isolerades genom gradientcentrifugering och röda blodkroppar lyserades med ACK buffert innan analys.
Tidsperiod(er) som undersökts:
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Nationella akutleukemibiobanken
Typ(er) av prov:
Mononukleära benmärgsceller
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Nationella akutleukemibiobanken
Typ(er) av prov:
Mononukleära benmärgsceller
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Insamlingsmetod:
Biologiska provtagningar
Beskrivning av insamlingsmetod:
Drug sensitivity and resistance testing, FIMM FO5A library, CellTiter Glo
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2018 - 2021
Datainsamlare:
- Karolinska Institutet
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Insamlingsmetod:
Biologiska provtagningar
Beskrivning av insamlingsmetod:
Single cell spatial proteomics kit (Pixelgen, immunology panel I), sequenced using a NovaSeq X Plus system
Datainsamlare:
- Karolinska Institutet
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Datainsamling - Biologiska provtagningar
Insamlingsmetod:
Biologiska provtagningar
Beskrivning av insamlingsmetod:
Olink 96 Immuno-Oncology panel (Olink Proteomics) measured with a BioMarkTM HD System (Fluidigm)
Datainsamlare:
- Karolinska Institutet
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för onkologi-patologi
Medverkande:
- Olli Kallioniemi – Karolinska Institutet
- Sören Lehmann – Karolinska Institutet
- Henrik Gezelius – Uppsala Universitet
- Anders Lundmark – Uppsala Universitet
- Jessica Nordlund – Uppsala Universitet
Uppdragsgivare:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Stockholms etikprövningsnämnd
Diarienummer:
2017/2085-31/2
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Barncancerfonden
Referensnummer:
TJ2021-0080
Finansiär:
- Karolinska Institutet
Referensnummer:
2024-00304, 2020-01091, 2018-02283
Finansiär:
- Stiftelsen för Strategisk Forskning
Referensnummer:
SB16-0058
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Referensnummer:
2017-06095
Finansiär:
- Knut and Alice Wallenberg Stiftelse
Referensnummer:
2015.0291
Projektnamn på ansökan:
Systems Precision Medicine Platform to Optimize Therapies for Cancer Patients: Acute Myeloid Leukemia (AML) and Beyond
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesklassificering enligt CESSDA:
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Struyf, N., Gezelius, H., Lundmark, A. et al. Midostaurin response in AML is shaped by a progenitor-like cell state selectively targeted by SMAC mimetics. npj Precis. Onc. (2026). https://doi.org/10.1038/s41698-026-01363-8
