A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments
https://doi.org/10.5878/jvvj-1688
De flesta proteiner vid plasmamembranet är inte jämnt fördelade men lokaliseras till dynamiska nanodomäner. För att undersöka deras funktionella relevans finns det ett behov av metoder som möjliggör omfattande analys av kompositionerna och rumsliga organisationerna av membranprotein-nanodomäner i cellpopulationer. Här beskriver vi utvecklingen av en icke-mikroskopibaserad metod för ensembleanalys av membranprotein-nanodomäner. Metoden, benämnd NANOscale DEciphEring of membrane Protein nanodomains (NanoDeep), baseras på användningen av DNA-nano assemblies för att översätta information om membranproteinorganisation till en DNA-sekvenseringsavläsning. Med hjälp av NanoDeep karakteriserade vi nano-miljöerna hos Her2, en membranreceptor av kritisk relevans vid cancer. NanoDeep har potential att ge nya insikter om rollerna för sammansättningen och den rumsliga organisationen av proteinnanomiljöer i regleringen av membranproteinfunktionen.
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer).
Mjukvaror för datainsamling:
Biacore T200 System Control software, NextSeq control software
Mjukvaror för dataanalys:
BIAevaluation v3.0, GraphPad Prism v8.2.1, Fiji ImageJ v1.0, Illumina Sequencing Analysis Viewer software, Python v3.8.0.
Datafiler
Datafiler
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Metod och utfall
Metod och utfall
Datainsamling - Mätningar och tester
Datainsamling - Mätningar och tester
Administrativ information
Administrativ information
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Publikationer
Publikationer
Metadata
Metadata
Version 1

Karolinska Institutet