Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

https://doi.org/10.5878/jvvj-1688
De flesta proteiner vid plasmamembranet är inte jämnt fördelade men lokaliseras till dynamiska nanodomäner. För att undersöka deras funktionella relevans finns det ett behov av metoder som möjliggör omfattande analys av kompositionerna och rumsliga organisationerna av membranprotein-nanodomäner i cellpopulationer. Här beskriver vi utvecklingen av en icke-mikroskopibaserad metod för ensembleanalys av membranprotein-nanodomäner. Metoden, benämnd NANOscale DEciphEring of membrane Protein nanodomains (NanoDeep), baseras på användningen av DNA-nano assemblies för att översätta information om membranproteinorganisation till en DNA-sekvenseringsavläsning. Med hjälp av NanoDeep karakteriserade vi nano-miljöerna hos Her2, en membranreceptor av kritisk relevans vid cancer. NanoDeep har potential att ge nya insikter om rollerna för sammansättningen och den rumsliga organisationen av proteinnanomiljöer i regleringen av membranproteinfunktionen. Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer). Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer). Mjukvaror för datainsamling: Biacore T200 System Control software, NextSeq control software Mjukvaror för dataanalys: BIAevaluation v3.0, GraphPad Prism v8.2.1, Fiji ImageJ v1.0, Illumina Sequencing Analysis Viewer software, Python v3.8.0.
Ladda ner 106 filer (31.58 GiB)

Citering och åtkomst

Metod och utfall

Datainsamling Mätningar och tester

Administrativ information

Ämnesområde och nyckelord

Publikationer

Metadata

Version 1
doris
Karolinska Institutet