A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

Elena Ambrosetti

doi:10.5878/jvvj-1688

A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

https://doi.org/10.5878/jvvj-1688

De flesta proteiner vid plasmamembranet är inte jämnt fördelade men lokaliseras till dynamiska nanodomäner. För att undersöka deras funktionella relevans finns det ett behov av metoder som möjliggör omfattande analys av kompositionerna och rumsliga organisationerna av membranprotein-nanodomäner i cellpopulationer. Här beskriver vi utvecklingen av en icke-mikroskopibaserad metod för ensembleanalys av membranprotein-nanodomäner. Metoden, benämnd NANOscale DEciphEring of membrane Protein nanodomains (NanoDeep), baseras på användningen av DNA-nano assemblies för att översätta information om membranproteinorganisation till en DNA-sekvenseringsavläsning. Med hjälp av NanoDeep karakteriserade vi nano-miljöerna hos Her2, en membranreceptor av kritisk relevans vid cancer. NanoDeep har potential att ge nya insikter om rollerna för sammansättningen och den rumsliga organisationen av proteinnanomiljöer i regleringen av membranproteinfunktionen. Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer). Metoden finns beskriven i preprint (se publikationer). Mjukvaror för datainsamling: Biacore T200 System Control software, NextSeq control software Mjukvaror för dataanalys: BIAevaluation v3.0, GraphPad Prism v8.2.1, Fiji ImageJ v1.0, Illumina Sequencing Analysis Viewer software, Python v3.8.0.

Ladda ner 106 filer (31.58 GiB)

Datafiler

ED_Fig.10_aptamers immobilization.blr
27.5 KiB
ED_Fig.10_CD71 binding sck bis.blr
1.8 MiB
ED_Fig.1a_B1 binding.blr
1.57 MiB
ED_Fig.1a_B2 binding.blr
1.44 MiB
ED_Fig.1a_B3 binding.blr
1.44 MiB
ED_Fig.1b_B1.blr
1.37 MiB
ED_Fig.1b_B2.blr
1.62 MiB
ED_Fig.1b_B3.blr
1.37 MiB
ED_Fig.2a_PAGE 1 comassie.png
613.16 KiB
ED_Fig.2a_PAGE 1.png
565.42 KiB
ED_Fig.2a_PAGE 2 comassie.png
1.99 MiB
ED_Fig.2a_PAGE 2.png
2.33 MiB
ED_Fig.2a_PAGE 3 comassie.png
558.16 KiB
ED_Fig.2a_PAGE 3.png
648.25 KiB
ED_Fig.2b_B1 binding.blr
410.5 KiB
ED_Fig.2b_B1 conjug binding.blr
410.5 KiB
ED_Fig.2b_B2 binding.blr
409.5 KiB
ED_Fig.2b_B2 conjug binding.blr
409.5 KiB
ED_Fig.2b_B3 binding.blr
931 KiB
ED_Fig.2b_B3 conjug binding.blr
409.5 KiB
ED_Fig.3_blocking strand_bis.blr
482.5 KiB
ED_Fig.3_blocking strand.blr
1.1 MiB
ED_Fig.3_Invading strand_bis.blr
57 KiB
ED_Fig.3_Invading strand.blr
45 KiB
ED_Fig.3_NC hybridization_bis.blr
1.1 MiB
ED_Fig.3_NC hybridization.blr
1.1 MiB
ED_Fig.4_B1-NC binding sck.blr
2.09 MiB
ED_Fig.4_B3 - B2 - B1 - invading strand.blr
3.31 MiB
ED_Fig.4_immobilization Her2-Her3-EGFR.blr
79 KiB
ED_Fig.5a_PAGE.png
421.29 KiB
ED_Fig.5b_Ambrosetti_SD_Fig.ED5.xlsx
8.76 KiB
ED_Fig.5b_OD in solution.png
1.55 MiB
ED_Fig.6_Ambrosetti_SD_Fig.ED6.xlsx
9.29 KiB
ED_Fig.6a_immobilization Her2-Her3.blr
76 KiB
ED_Fig.6a_NC-B1 binding sck.blr
638 KiB
ED_Fig.6a_NC-B3 binding sck.blr
637.5 KiB
ED_Fig.6b_analysis.pzfx
25.57 KiB
ED_Fig.6b_analysis.xlsx
19.21 KiB
ED_Fig.6c_analysis.xlsx
9.4 KiB
ED_Fig.6c_sample1.fastq
845.87 MiB
ED_Fig.6c_sample2.gz
166.12 MiB
ED_Fig.6d_analysis.xlsx
17.87 KiB
ED_Fig.7a_Ambrosetti_SD_Fig. ED7.xlsx
8.88 KiB
ED_Fig.7a_analysis.xlsx
20.28 KiB
ED_Fig.7b_sample1_SH-SY5Y_1.fastq.gz
3.3 KiB
ED_Fig.7b_sample2_SH-SY5Y_2.fastq.gz
9.21 KiB
ED_Fig.7b_sample3_SKBR3 positive ctrl.fastq.gz
309.63 MiB
ED_Fig.8_PAGE.png
514.09 KiB
ED_Fig.9_aCD63 binding.blr
651 KiB
ED_Fig.9_aCD63-oligo binding.blr
651 KiB
ED_Fig.9_CD63 immobilization NTA chip.blr
30 KiB
ED_Fig.9_PAGE.png
488.58 KiB
Fig.2c_NC_prongs hybridization.blr
1.59 MiB
Fig.2d_PAGE.tif
472.17 KiB
Fig.2e_B1 conjug binding.blr
411 KiB
Fig.2e_ECD-Her2 sck.blr
1.05 MiB
Fig.2f_B1conjugate.blr
1.21 MiB
Fig.2f_NC binding.blr
1.13 MiB
Fig.3a_B1-NC binding.blr
756 KiB
Fig.3a_B3oligo.blr
863 KiB
Fig.3a_invading strand 2.blr
837.5 KiB
Fig.3b_PAGE_comassie.png
588.07 KiB
Fig.3b_Page_SybrGold.png
1.35 MiB
Fig.4b_B3oligo.blr
884.5 KiB
Fig.4b_Her3 immobilization.blr
74 KiB
Fig.4b_NC.blr
907 KiB
Fig.4b_streptavidin.blr
616.5 KiB
Fig.4c_PAGE 1.png
532.1 KiB
Fig.4c_PAGE 2.png
286.67 KiB
Fig.5a_HD_B1-NC binding bis.blr
1.69 MiB
Fig.5a_HD_B1-NC binding sck.blr
2.09 MiB
Fig.5a_HD_B3 - B1 - invading strand.blr
2.55 MiB
Fig.5a_HD_immobilization Her2-Her3.blr
79 KiB
Fig.5a_LD_B1-NC binding bis.blr
1.17 MiB
Fig.5a_LD_B1-NC binding sck.blr
2.09 MiB
Fig.5a_LD_B3 - B1 - invading strand.blr
2.54 MiB
Fig.5a_LD_immobilization Her2-Her3.blr
91.5 KiB
Fig.5b_sample1_bis.fastq
1.81 GiB
Fig.5b_sample1.fastq
1.32 GiB
Fig.5b_sample2.fastq
1.33 GiB
Fig.5b_sample3.fastq
1.36 GiB
Fig.5b_sample4_bis.fastq
2.4 GiB
Fig.5b_sample4.fastq
2.57 GiB
Fig.6a_sample 1.fastq.gz
258.35 MiB
Fig.6a_sample 2.fastq.gz
390.08 MiB
Fig.6a_sample 3.fastq.gz
303.81 MiB
Fig.6b_sample1.fastq.gz
330.05 MiB
Fig.6b_sample2.fastq.gz
277.09 MiB
Fig.6b_sample3.fastq.gz
285.41 MiB
Fig.6b_sample4.fastq.gz
251.6 MiB
Fig.6b_sample5.fastq.gz
303.81 MiB
Fig.6b_sample6.fastq
402.33 MiB
Fig.6c_HRG_sample1.fastq
3.34 GiB
Fig.6c_HRG_sample2.fastq
1.5 GiB
Fig.6c_HRG_sample3.fastq
2.33 GiB
Fig.6c_NoL_sample1.fastq
3.75 GiB
Fig.6c_NoL_sample2.fastq
1.46 GiB
Fig.6c_NoL_sample3.fastq
1.49 GiB
Fig.7_Ambrosetti_SD_Fig. 7.xlsx
9.92 KiB
Fig.7_CD71sample1.fastq
1.17 GiB
Fig.7_CD71sample2.fastq
880.28 MiB
Fig.7_sample1.fastq.gz
286.02 MiB
Fig.7_sample2.fastq.gz
268.22 MiB
Fig.7_sample3.fastq.gz
274.25 MiB
Suppl_Fig.1_PAGE.png
482.42 KiB

Dokumentationsfiler

Citering och åtkomst

Metod och utfall

Datainsamling - Mätningar och tester

Administrativ information

Ämnesområde och nyckelord

Publikationer

Metadata

Version 1

Karolinska Institutet

A DNA-nanoassembly-based approach to map membrane protein nanoenvironments

Datafiler

Dokumentationsfiler

Citering och åtkomst

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Citering:

Tillgänglighetsnivå:

Språk:

Metod och utfall

Population:

Studiedesign:

Dataformat/datastruktur:

Datainsamling - Mätningar och tester

Insamlingsmetod:

Tidsperiod(er) för datainsamling:

Datakälla:

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Publikationer

Citering:

DOI:

Citering:

DOI:

Metadata

Metadata