Katt mikroRNA transkriptom i helblod hos 6 friska katter och hos 6 katter med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati

Mål att karaktärisera differentially expressed miRNAs mellan friska Norska skogkatter och friska huskatter, samt jämföra med katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM). Sex kastrerade friska katter, tre huskatter (DOM) -hanar och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter inkluderades. Varje frisk katt matchades (ras, kön, ålder, kroppsvikt och body condition score) med en katt med HCM. Datasetet innehåller miRDeep2 rapporten, counts för miRNAs, differentially expressed miRNAs för de kontraster som jämförts i DESeq2, human och felina target gener som producerar messenger RNA (mRNA) och gene ontologi analys (GO) för dessa 12 katter. Helblod samlades i PAXgene blod RNA System infryst och lagrat i -20 °C fram till datumet för RNA-extraktion med en median lagringstid på 177 dagar. Total RNA extraherades. Prover med ett RNA-integritetsnummer (RIN)-värde på 7,7 eller högre inkluderades i studien. Bibliotek förbereddes och kvantifierades och normaliserades före sekvensering. Parade sekvensdata genererades. Bioformatisk databearbetning och räkningsgenerering av kända och nya miRNA hos katter identifierades med hjälp av miRDeep2. Mogna miRNA- och prekursorer laddades ner från miRBase med människa som huvudreferens, en mus och hund tilldelas som nära släktingar. Huvudreferens miRNA som identifierats i datamängden klassificerades som förutsagda kända miRNA, och miRNA som tidigare inte beskrivits i huvudreferensen klassificerades som nya miRNA av miRDeep2. Endast nya miRNA med en miRDeep2-score på >5,0 inkluderades i räkningsfilen som genererades för efterföljande olika uttryckta (DE)-analyser. Identifiering av DE miRNA utfördes i DESeq2. Antal variabler 6: breed, age, sex, body-weight, body condition score, healthy or hypertrophic cardiomyopathy. Se engelsk beskrivning eller ReadMeDescription.txt för mer information om de olika ingående datafilerna.