Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Katt mikroRNA transkriptom i helblod hos 6 friska katter och hos 6 katter med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati

https://doi.org/10.5878/ex7j-1q61
Mål att karaktärisera differentially expressed miRNAs mellan friska Norska skogkatter och friska huskatter, samt jämföra med katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM). Sex kastrerade friska katter, tre huskatter (DOM) -hanar och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter inkluderades. Varje frisk katt matchades (ras, kön, ålder, kroppsvikt och body condition score) med en katt med HCM. Datasetet innehåller miRDeep2 rapporten, counts för miRNAs, differentially expressed miRNAs för de kontraster som jämförts i DESeq2, human och felina target gener som producerar messenger RNA (mRNA) och gene ontologi analys (GO) för dessa 12 katter. Helblod samlades i PAXgene blod RNA System infryst och lagrat i -20 °C fram till datumet för RNA-extraktion med en median lagringstid på 177 dagar. Total RNA extraherades. Prover med ett RNA-integritetsnummer (RIN)-värde på 7,7 eller högre inkluderades i studien. Bibliotek förbereddes och kvantifierades och normaliserades före sekvensering. Parade sekvensdata genererades. Bioformatisk databearbetning och räkningsgenerering av kända och nya miRNA hos katter identifierades med hjälp av miRDeep2. Mogna miRNA- och prekursorer laddades ner från miRBase med människa som huvudreferens, en mus och hund tilldelas som nära släktingar. Huvudreferens miRNA som identifierats i datamängden klassificerades som förutsagda kända miRNA, och miRNA som tidigare inte beskrivits i huvudreferensen klassificerades som nya miRNA av miRDeep2. Endast nya miRNA med en miRDeep2-score på >5,0 inkluderades i räkningsfilen som genererades för efterföljande olika uttryckta (DE)-analyser. Identifiering av DE miRNA utfördes i DESeq2. Antal variabler 6: breed, age, sex, body-weight, body condition score, healthy or hypertrophic cardiomyopathy. Se engelsk beskrivning eller ReadMeDescription.txt för mer information om de olika ingående datafilerna.
Ladda ner data och dokumentation (28 filer / 1.72 MiB)

Datafiler

  • miR_Counts.csv
    109.85 KiB
  • miR_DE_Breed_HCM.csv
    19.94 KiB
  • miR_DE_Interaction_HCM_breed.csv
    19.96 KiB
  • miR_DE_Overall_HCM_healthy.csv
    19.99 KiB
  • miR_DE_Sign_breed.csv
    19.97 KiB
  • miR_DE_Sign_HCM_NF.csv
    19.96 KiB
  • miR_Deep2_counts_DEsignmiRNAcontrasts_compiled.xlsx
    364.96 KiB
  • miR_miRDeep2_report.csv
    186.51 KiB
  • miR_miRNAs_in_other_feline_paper.csv
    1.68 KiB
  • Target_feline_miRNA_target_genes.csv
    20.73 KiB
  • Target_feline_novel_miRNA-targets.csv
    196.06 KiB
  • Target_GO-fca-let-7f-5p.csv
    4.05 KiB
  • Target_GO-fca-miR-151a-3p.csv
    2.75 KiB
  • Target_GO-fca-miR-204-5p.csv
    3.23 KiB
  • Target_GO-fca-miR-26b-5p.csv
    5.27 KiB
  • Target_GO-fca-miR-330-5p.csv
    477 Bytes
  • Target_GO-fca-miR-3613-5p.csv
    479 Bytes
  • Target_GO-fca-miR-98-5p.csv
    767 Bytes
  • Target_GO-hsa-let-7f-5p.csv
    24.14 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-151a-3p.csv
    3.01 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-204-5p.csv
    35.86 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-26b-5p.csv
    54.52 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-330-5p.csv
    12.72 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-3613-5p.csv
    3.62 KiB
  • Target_GO-hsa-miR-98-5p.csv
    26.71 KiB
  • Target_human_miRNA_targets.csv
    14.5 KiB
  • Target_HumanGOmiRNA_Feline_GOmiRNA_compiled.xlsx
    590.6 KiB

Dokumentationsfiler

  • ReadMeDescription.txt
    3.96 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.kv.2021.4.4-197

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

12 katter, 2 raser 6 katter av varje ras (norska skogkatter och huskatter), inom varje ras 3 friska och tre katter med hypertrofisk kardiomyopati (HCM)

Studiedesign:

  • Observationsstudie

Beskrivning av studiedesign:

Sex kastrerade friska katter, tre korthåriga huskatter hanar (DSH) och en han- och två norska skogkatter (NF)-honkatter valdes ut och matchades med avseende på ras, kön, ålder och kroppsvikt med en katt med preklinisk hypertrofisk kardiomyopati (HCM). En av de friska DSH-katterna matchades med en långhårig huskatt (DLH), och därför kallas DSH och DLH för domestic (DOM) för katter med HCM. Inklusionskriterier var uppenbarligen friska NF, och DSH-katter, 1–14 år, med normala ekokardiogram inkluderades, liksom katter av dessa två rasgrupper med preklinisk HCM. Diagnos av HCM baserades på karakteristiska fynd på ett ekokardiogram. Inga katter som fick medicinsk behandling fick delta i studien.

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

Totalt RNA extraherades från WB, filtrerades för små RNA och sekvenserades. Identifiering och förutsägelse av miRNA utfördes med miRDeep2. Differentiell uttrycksanalys av miRNA utfördes med DESeq2. Effekten av rasen utvärderades för friska katter. Effekten av preklinisk HCM utvärderades för alla katter och inom rasen. IntaRNA och miRDB användes för målförutsägelse och DAVID för utvärdering av genontologi och genberikning.

Variabler:

6

Antal individer/objekt:

12

Dataformat/datastruktur:

Datainsamling Mätningar och tester

Insamlingsmetod:

Mätningar och tester

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2014-12-04 - 2016-06-13

Datakälla:

  • Forskningsdata

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Institutionen för kliniska vetenskaper

Etikprövning:

Uppsala - C137/13

Finansiering

Finansiär:

  • Agria och SKK Forskningsfond

Referensnummer:

Projektnummer N2013-0025, P2014-0014, P2015-0004 och P2016-0003.

Projektnamn på ansökan:

Felina cirkulerande biomarkörer för hjärtsjukdom hos katt

Finansiär:

  • Svelands forskningsfond

Projektnamn på ansökan:

Cirkulerande biomarkörer hos katter med hjärtsjukdom

Finansiär:

  • Sällskapsdjurens Research Fund

Projektnamn på ansökan:

Cirkulerande biomarkörer hos katter med och utan hjärtsjukdom

Finansiär:

  • Stiftelsen Strömsholms Djursjukvård

Projektnamn på ansökan:

Cirkulerande biomarkörer hos katter med och utan hjärtsjukdom

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Metadata

Version 1
doris
slu
Publicerad: