X-inaktivering under T-cellsutvecklingen i thymus
https://doi.org/10.5878/ayae-p143
Huvudsyftet med studien har varit att studera X-inaktivering under T-cellsutveckling i human thymus. I studien har sex olika utvecklingsstadier av thymocyter isolerats från nio individer och studerats avseende genuttryck. Datamaterialet innehåller data från RNA-sekvensering, DNA-metylering och helexom-sekvensering av DNA.
Datasetet innehåller data från manuskriptet "A landscape of X-inactivation during human T-cell development in the thymus" av Gylemo et al och innehåller resultat från RNA-sekvensering (fastq.gz), analys av DNA-metylering (Grn.idat), Smart-seq2 single-cell RNA sekvensering (fastq.gz) och DNA-exomsekvensering (fastq.gz) av sex olika mognadsstadier av thymocyter från totalt nio individer.
Data är beskrivna på individ- och celltypsnivå i de bifogade tabbseparerade metadatafilerna (.tsv).
Kontrollsummor i MD5-format för datafilerna finns tillgängliga.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Humandata. Data är pseudonymiserade och innhåller ID-nummer som kan kopplas till person via kodnyckel.
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Isolerade thymocyter från nio personer studerades. Försökspersonerna var fyra pojkar och fem flickor, alla under 3 år, som genomgick korrigerande hjärtkirurgi för medfödda hjärtmissbildningar.
Studiedesign:
- Experimentell studie
Urvalsmetod:
Antal individer/objekt:
9
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Biobank Väst 890
Typ(er) av prov:
Thymusvävnad
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för kliniska vetenskaper
Övriga forskningshuvudmän:
Medverkande:
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Göteborgs etikprövningsnämnd
Diarienummer:
217-12
Information om etikprövning:
Projektnamn: Studier av central toleransutveckling i human thymus
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
2018-02752
Projektnamn på ansökan:
Clinical and experimental studies of tolerance mechanisms in the thymus aiming at the development of therapeutic targeting of the thymus in the treatment of autoimmune diseases
Finansiär:
- ALF Västra Götalandsregionen
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
ALFGBG-965795
Projektnamn på ansökan:
Kliniska och experimentella studier av toleransmekanismer i thymus
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Relationer
Relationer
Hemsida:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Björn Gylemo, Maike Bensberg, Viktoria Hennings, Christina Lundqvist, , Alessandro Camponeschi, Dora Goldman, Aida Selimović, Antonio Lentini, Olov Ekwall, Colm E. Nestor (2024). A landscape of X-inactivation during human T-cell development [manuscript, resubmitted after revision].
Versioner
Versioner
Version:
2
Data tillagda:
Efter önskemål från från reviewers har vi i samband med revision av manuskriptet lagt till data från två nya patienter i version 2. Vi har även kompletterat metodologin med att göra single-cell RNA sekvensering på ett patientprov.
Publicerad:
Metadata
Metadata
Versioner
Versioner
Version:
2
Data tillagda:
Efter önskemål från från reviewers har vi i samband med revision av manuskriptet lagt till data från två nya patienter i version 2. Vi har även kompletterat metodologin med att göra single-cell RNA sekvensering på ett patientprov.
Publicerad:
