Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

X-inaktivering under T-cellsutvecklingen i thymus

https://doi.org/10.5878/ayae-p143
Huvudsyftet med studien har varit att studera X-inaktivering under T-cellsutveckling i human thymus. I studien har sex olika utvecklingsstadier av thymocyter isolerats från nio individer och studerats avseende genuttryck. Datamaterialet innehåller data från RNA-sekvensering, DNA-metylering och helexom-sekvensering av DNA. Datasetet innehåller data från manuskriptet "A landscape of X-inactivation during human T-cell development in the thymus" av Gylemo et al och innehåller resultat från RNA-sekvensering (fastq.gz), analys av DNA-metylering (Grn.idat), Smart-seq2 single-cell RNA sekvensering (fastq.gz) och DNA-exomsekvensering (fastq.gz) av sex olika mognadsstadier av thymocyter från totalt nio individer. Data är beskrivna på individ- och celltypsnivå i de bifogade tabbseparerade metadatafilerna (.tsv). Kontrollsummor i MD5-format för datafilerna finns tillgängliga.
Ladda ner dokumentation (6 filer / 187.79 KiB)

Dokumentationsfiler

  • EPIC_methylation_meta.tsv
    2.66 KiB
  • md5sums-2022-112-v2.txt
    101.05 KiB
  • Patient characteristics meta.tsv
    580 Bytes
  • RNaseq_bulk_meta.tsv
    6.32 KiB
  • RNAseq_smartseq2_meta.tsv
    76.61 KiB
  • WES_meta.tsv
    592 Bytes

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Humandata. Data är pseudonymiserade och innhåller ID-nummer som kan kopplas till person via kodnyckel.

Kodnyckel existerar:

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter:

Ja

Citering:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Isolerade thymocyter från nio personer studerades. Försökspersonerna var fyra pojkar och fem flickor, alla under 3 år, som genomgick korrigerande hjärtkirurgi för medfödda hjärtmissbildningar.

Studiedesign:

  • Experimentell studie

Urvalsmetod:

Antal individer/objekt:

9

Dataformat/datastruktur:

Prover/material Nya från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Biobank Väst 890

Typ(er) av prov:

Thymusvävnad

Prover/material Befintliga från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Institutionen för kliniska vetenskaper

Övriga forskningshuvudmän:

Medverkande:

Etikprövning:

Göteborg - 217-12

Projektnamn: Studier av central toleransutveckling i human thymus

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2018-02752

Projektnamn på ansökan:

Clinical and experimental studies of tolerance mechanisms in the thymus aiming at the development of therapeutic targeting of the thymus in the treatment of autoimmune diseases

Finansiär:

Referensnummer:

ALFGBG-965795

Projektnamn på ansökan:

Kliniska och experimentella studier av toleransmekanismer i thymus

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Hemsida:

Publikationer

Citering:

Björn Gylemo, Maike Bensberg, Viktoria Hennings, Christina Lundqvist, , Alessandro Camponeschi, Dora Goldman, Aida Selimović, Antonio Lentini, Olov Ekwall, Colm E. Nestor (2024). A landscape of X-inactivation during human T-cell development [manuscript, resubmitted after revision].

Metadata

Versioner

Version:

2

DOI:

https://doi.org/10.5878/ayae-p143Öppnas i en ny tabb

  • Data tillagda:

    Efter önskemål från från reviewers har vi i samband med revision av manuskriptet lagt till data från två nya patienter i version 2. Vi har även kompletterat metodologin med att göra single-cell RNA sekvensering på ett patientprov.

Publicerad:

Version:

1

DOI:

https://doi.org/10.5878/frw5-wd59Öppnas i en ny tabb

Publicerad:

doris
gu_sv
Publicerad: