T-cells svar vid diagnos av amyotrofisk lateralskleros förutsäger sjukdomsförloppet
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
human RNA-sekvenseringsdata från singel celler
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Deltagarna rekryterades från det större Stockholmsområdet som en del av fallkontrollstudien ALSrisc och StopMS.
Studiedesign:
- Observationsstudie
- Fall-kontrollstudie
Beskrivning av studiedesign:
Mänskligt material: Immunceller isolerade från cerebral spinalvätska (CSF). CSF-prover samlades in från fem patienter med nyligen diagnostiserad ALS och fyra kontroller (två patienter med hydrocefalus med normalt tryck, en patient med cervikal radikulopati och en frisk kontroll). singelcellssekvenseringsplattform: 5' scRNA-seq + V(D)J TCR-repertoarsekvensering med användning av 10x Genomics-plattformen.
Beskrivning av urval:
CSF-prover togs vid diagnostillfället från ALS-patienter och kontroller vid Karolinska Universitetssjukhuset. 16 ml CSF-prov uppsamlades i två 10 ml provrör (Sarstedt) genom lumbalpunktion. Inom ett tidsfönster på 3 timmar transporterades proverna vid 4°C för bearbetning. 1. CSF-prov centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C 2. Supernatanten togs bort förväntas för cirka 500 ul CSF (rör med en synlig blodkontaminering uteslöts från analsyen) 3. När mer än ett provrör användes, kombinerades provet i ett provrör. 4. CSF-prover tvättades med kall PBS + 0,5 % BSA (w/o ETDA) genom att fylla provröret upp till 10 ml. 5. CSF-prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C. 6. Supernatanten avlägsnades, cellen återsuspenderades i 500 ul kall PBS + 0,5 % BSA och överförde provet till ett lågbindande RNA-rör 7. Prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C. 8. supernatanten avlägsnades och celler återsuspenderades cell i den återstående supernatanten (~50 µl) För de återstående stegen följde vi tillverkarens protokoll
Tidsperiod(er) som undersökts:
Antal individer/objekt:
9
Beskrivning av svarsfrekvens/deltagarfrekvens:
Prov samlades in från 9 deltagare vid ett tillfälle.
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutet för miljömedicin
Etikprövning:
Etikprövningsmyndigheten - DNRs 2014/1815-31/4, 2018-1065/31 and DNRs 2009/2107-31/2 and 2021-02060
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2019-01088_VR
Projektnamn på ansökan:
Utredning av samspelet mellan metabolism, mikrobiom och adaptiv immunitet vid amyotrofisk lateralskleros
Information om finansiering:
Amyotrofisk lateralskleros (ALS) är en sällsynt men fruktad neurodegenerativ sjukdom som med nuvarande brist på effektiv behandling oftast leder till döden på bara ett par år. ALS betraktas alltmer som en systemisk sjukdom som inte bara påverkar det centrala nervsystemet utan även andra fysiologiska mekanismer. Vår hypotes är att mikrofloran i tarmen via samspel med sjukdomsspecifik metabolism och adaptiv immunitet kan spela en avgörande roll i patogenesen bakom ALS. Det övergripande syftet med detta projekt är därför att undersöka ett sådant samspel och att utvärdera en intervention som specifikt riktar sig mot de ingående komponenterna. Inom ramen för en populations-baserad fall-kontrollstudie kommer vi att karaktärisera interaktion mellan metabolism, mikrobiom och immunitet via profilering av proteom, metagenomik och immunrespons hos ALS-patienter. Specificiteten i dessa interaktioner kommer att testas via jämförelser med friska kontrollpersoner ur bakgrundspopulationen, med individer med förhöjd risk för ALS (syskon) samt med individer med liknande miljö- och livsstilsfaktorer (makar). Etablerade djurmodeller för ALS kommer sedan att användas för att undersöka om en intervention med högkaloridiet samt fekal mikrobiota-transplantation från friska humana givare kan vara användbart som förebyggande och/eller behandling av sjukdomen. Med syftet att förstå de underliggande mekanismerna kommer mikrobiom- och immunresponsprofiler före och efter interventionen att utvärderas. Det föreslagna projektet är unikt eftersom det på ett innovativt sätt 1) kombinerar molekylära plattformar inom ramen för en väldesignad epidemiologisk studie 2) använder nya strategier för att karaktärisera ALS-fysiologin och 3) ger möjlighet att direkt översätta fynd mellan epidemiologiska studier på människor och experimentella djurstudier. Målet är att denna studie ska bidra med ny och mycket efterfrågad kunskap om sjukdomsmekanismerna bakom ALS, och framförallt att på lång sikt kunna identifiera effektiva förebyggande och terapeutiska åtgärder.
