T-cells svar vid diagnos av amyotrofisk lateralskleros förutsäger sjukdomsförloppet
https://doi.org/10.48723/xjvx-2v24
För att förstå hur T-celler bidrar till sjukdomsförloppet i amyotrofisk lateralskleros (ALS), genomförde vi en kohortstudie med 89 nydiagnostiserade ALS-patienter i Stockholm, Sverige, och använde flödescytometri för att definiera T-cellspopulationer och fenotyper i blod och cerebrospinalvätska (CSF) prover insamlade vid tidpunkten för diagnos. Hög frekvens av CD4+FOXP3- effektor T-celler i blod och CSF var associerad med en försämrad överlevnad medan hög frekvens av aktiverade regulatoriska T-celler (Treg) och hög kvot mellan aktiverade och vilande Treg-celler i blod var associerad med en bättre överlevnad. T-cellsprofiler förutspådde också hur snabbt sjukdomen utvecklade sig. Encellstranskriptomikdata visade att ALS-patienter hade förändrat T-genuttryck i T-celler och förekomsten av klonalt expanderade CD4+ och CD8+ T-celler i CSF. Sammanfattningsvis bidrar T-cellssvar till sjukdomsprogression av ALS, vilket stöder modulering av adaptiv immunitet som ett genomförbart terapeutiskt alternativ.
Data innehåller RNA-sekvenseringsdata från singelceller från 9 individer (5 ALS-fall och 4 kontroller). Immunceller isolerades från CSF. Dessutom studerade vi för varje individ T-cellsreceptorrepertoaren genom att använda V(D)J-sekvensering. Uppladdade filer är i fastq-format.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
- T cell responses at diagnosis of amyotrophic lateral sclerosis predict disease progression - data documentation.pdf100.41 KiB
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
human RNA-sekvenseringsdata från singel celler
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Deltagarna rekryterades från det större Stockholmsområdet som en del av fallkontrollstudien ALSrisc och StopMS.
Studiedesign:
- Observational study
- Case-control study
Beskrivning av studiedesign:
Mänskligt material:
Immunceller isolerade från cerebral spinalvätska (CSF). CSF-prover samlades in från fem patienter med nyligen diagnostiserad ALS och fyra kontroller (två patienter med hydrocefalus med normalt tryck, en patient med cervikal radikulopati och en frisk kontroll).
singelcellssekvenseringsplattform:
5' scRNA-seq + V(D)J TCR-repertoarsekvensering med användning av 10x Genomics-plattformen.
Beskrivning av urval:
CSF-prover togs vid diagnostillfället från ALS-patienter och kontroller vid Karolinska Universitetssjukhuset. 16 ml CSF-prov uppsamlades i två 10 ml provrör (Sarstedt) genom lumbalpunktion. Inom ett tidsfönster på 3 timmar transporterades proverna vid 4°C för bearbetning.
1. CSF-prov centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C
2. Supernatanten togs bort förväntas för cirka 500 ul CSF (rör med en synlig blodkontaminering uteslöts från analsyen)
3. När mer än ett provrör användes, kombinerades provet i ett provrör.
4. CSF-prover tvättades med kall PBS + 0,5 % BSA (w/o ETDA) genom att fylla provröret upp till 10 ml.
5. CSF-prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C.
6. Supernatanten avlägsnades, cellen återsuspenderades i 500 ul kall PBS + 0,5 % BSA och överförde provet till ett lågbindande RNA-rör
7. Prover centrifugerades vid 300 g, 10 min, 4°C.
8. supernatanten avlägsnades och celler återsuspenderades cell i den återstående supernatanten (~50 µl)
För de återstående stegen följde vi tillverkarens protokoll
Tidsperiod(er) som undersökts:
Antal individer/objekt:
9
Beskrivning av svarsfrekvens/deltagarfrekvens:
Prov samlades in från 9 deltagare vid ett tillfälle.
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutet för miljömedicin
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Swedish Ethical Review Authority
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
DNRs 2014/1815-31/4, 2018-1065/31 and DNRs 2009/2107-31/2 and 2021-02060
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Swedish Research Council
Opens a new window at ror.org.
ROR
Referensnummer:
2019-01088_VR
Projektnamn på ansökan:
Unravelling the Interplay between Metabolism, Gut Microbiome and Adaptive Immunity in Amyotrophic Lateral Sclerosis
Information om finansiering:
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is devastating neurodegenerative disorder that in lack of effective treatments leads to death within a few years of diagnosis. ALS is increasingly recognized as a systemic disease affecting not only the nervous system but also other physiological aspects. We hypothesize that there is a disease-specific interplay between metabolism, gut microbiome and adaptive immunity that substantially contributes to the etiology of ALS. Our aim is therefore to explore such interplay, and to assess the effectiveness of a treatment regimen that specifically targets it. Using a population-based case-control study, we will first characterize the complex interactions between metabolism, microbiome, and immunity in ALS, through comprehensive proteomic, metagenomic and immune-response profiling. We will then use established ALS disease models to understand the usefulness of combining a high-caloric diet with a fecal microbiota transplant in disease prevention and treatment. The proposed research is unique as it 1) combines innovative molecular platforms with a high-quality epidemiological study design, 2) uses a novel strategy of investigating multiple aspects of human physiology, and 3) offers a possibility to directly translate findings between human observational and animal experimental studies. The ultimate goal is to advance our knowledge about ALS as a disease, and to identify novel and highly warranted preventive and therapeutic targets for it.
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Relationer
Relationer
Is published in:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Yazdani, S., Seitz, C., Cui, C., Lovik, A., Pan, L., Piehl, F., Pawitan, Y., Klappe, U., Press, R., Samuelsson, K., Yin, L., Vu, T., Joly, A., Westerberg, L., Evertsson, B., Ingre, C., Andersson, J., & Fang, F. (n.d.). T cell responses at diagnosis of amyotrophic lateral sclerosis predict disease progression. In Nature communications (Vol. 13, Issue 1, pp. 6733-). https://doi.org/10.1038/s41467-022-34526-9
