Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.

Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_WorkflowÖppnas i en ny tabb). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_WorkflowÖppnas i en ny tabb). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075Öppnas i en ny tabb). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.