Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress.

https://doi.org/10.5878/17te-jg54
Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_WorkflowÖppnas i en ny tabb). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_WorkflowÖppnas i en ny tabb). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.7436075Öppnas i en ny tabb). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack.
Ladda ner data och dokumentation (8 filer / 26.86 GiB)

Datafiler

  • bot1-7_GFP-MBD.zip
    6.1 GiB
  • GFP-MBD.zip
    6.2 GiB
  • GFP-TUA6.zip
    7.91 GiB
  • mCit-MBD.zip
    5.84 GiB
  • Pavement cells.zip
    834.86 MiB

Dokumentationsfiler

  • Example_2D_Image.tif
    512.22 KiB
  • Read Me.txt
    1.67 KiB
  • ReadMe_Experimental settings.txt
    1.12 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Datainsamling Inspelning

Insamlingsmetod:

Inspelning

Beskrivning av insamlingsmetod:

Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer

Datakälla:

  • Forskningsdata
  • Biologiska prover

Tidsupplösning:

20 minut

Prov

Namn/​benämning:

GFP-MBD

Beskrivning av prov:

Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Marc et al., 1998) DOI: 10.1105/tpc.10.11.1927

Namn/​benämning:

bot1-7 GFP-MBD

Beskrivning av prov:

GFP-MBD line crossed with bot1-7 a katanin mutant with impaired rearrangement of microtubules. (Uyttewaal et al., 2012) DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.048

Namn/​benämning:

GFP-TUA6

Beskrivning av prov:

GFP fused to a tubulin subunit. (Ueda et al., 1999) https://doi.org/10.1007/BF01279267

Namn/​benämning:

mCit-MBD

Beskrivning av prov:

Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Armezzani et al., 2018) DOI: 10.1242/dev.162255

Instrument

Namn:

confocal microscope Zeiss LSM800

Beskrivning av instrument:

Upright confocal microscope from Zeiss

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2020-03974

Projektnamn på ansökan:

Mechanics and dynamics of cell-to-cell adhesion in plants

Information om finansiering:

Mekanik och dynamik av cell till cell adhesion i växter

Finansiär:

  • Bio4Energy

Finansiär:

Referensnummer:

KAW 2016.0352

Finansiär:

Referensnummer:

KAW 2016.0341

Finansiär:

Referensnummer:

2016-00504

Projektnamn på ansökan:

UPSC Centre for Forest Biotechnology

Information om finansiering:

UPSC Centrum för Skogsbioteknik (UPSC)

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Är härledd från:

Link to all the scripts required for the image analysis used on the raw .tif images available in the zip folder.Öppnas i en ny tabb

Refereras till av:

Link to all intermediate data generated by the image analysis from the raw .tif images available in the zip folder.Öppnas i en ny tabb

Är härledd från:

Dataset containing intermediary images processed at each step of the image analysis workflow in imageJÖppnas i en ny tabb

Kontakt

Metadata

Versioner

Version:

2

DOI:

https://doi.org/10.5878/17te-jg54Öppnas i en ny tabb

  • Filkonvertering:

    Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.

  • Data tillagda:

    Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.

Publicerad:

Version:

1

DOI:

https://doi.org/10.5878/62ed-8017Öppnas i en ny tabb

Publicerad:

doris
slu
Publicerad:|Uppdaterad: