Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Smart-seq3 och Smart-seq3xpress singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter

https://doi.org/10.48723/0f0c-p816
Syftet med denna datainsamling var att bedöma flera parametrar om hur benmärgen hos MDS-RS-patienter skiljer sig från den hos friska donatorer. Denna datauppsättning består av Smart-seq3 och Smart-seq3xpress singel-cell RNA sekvensering av benmärgsceller från MDS-RS patienter. Se den engelska beskrivningen för mer information. Datasetet består av 2 mappar: - SS3_FACS_PB-BM_RS - SS3xpress_FACS_HSC_MPP_MEP_EB Mappen SS3_FACS_PB-BM_RS innehåller 1 rds-fil, 3 txt-filer och 1 komprimerad mapp (tar.gz) med fastq-filer. Mappen SS3xpress_FACS_HSC_MPP_MEP_EB innehåller 1 rds fil, 7 txt-filer och 2 GNU-zippade fastq-filer. Dokumentationsfilen File_list_SS3_SS3xpress.txt innehåller en lista över datasetets alla filer.
Ladda ner dokumentation (3 filer / 3.18 KiB)

Dokumentationsfiler

  • File_list_SS3_SS3xpress.txt
    1.56 KiB
  • Readme SS3.txt
    825 Bytes
  • Readme SS3xpress.txt
    830 Bytes

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Genetiska och biologiska data av patienter

Kodnyckel existerar:

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter:

Ja

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Patienter med myelodysplastisk syndrom med ringsideroblaster (MDS-RS)

Studiedesign:

  • Preklinisk studie

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

Bone marrow (BM) and/or peripheral blood (PB) samples were collected from 36 MDS-RS and 3 MDS non-RS patients evaluated at Karolinska University Hospital, Huddinge, Sweden. Diagnostic procedures were performed according to the European LeukemiaNet recommendation and WHO classification for myeloid neoplasms. As the specific purpose was to dissect the pathobiology of SF3B1-mutant MDS-RS, all MDS-RS patients belonged to the SF3B1α category in the IPSS-M risk classification. RS presence was quantified according to standard clinical practice. Additional samples were collected from a total of 40 healthy normal bone marrow (NBM) donors for control purposes. Please note that a deidentified donor and experiment index is provided in the companion publication for this dataset, including clinical and mutational status. All source material was provided with written informed consent for research use, given in accordance with the Declaration of Helsinki.

Dataformat/datastruktur:

Prover/material Befintliga från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Karolinska Institutet MDS biobank

Typ(er) av prov:

Benmärgsceller

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)

Etikprövning:

Stockholm - 2017/1090-31/4

Finansiering

Finansiär:

  • Knut och Alice Wallenbergs stiftelse

Referensnummer:

2017.0359

Finansiär:

  • Vetenskapsrådet

Referensnummer:

211133

Finansiär:

  • Cancerfonden

Referensnummer:

19 0200

Finansiär:

  • Cancerfonden

Referensnummer:

21 0340

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Publikationer

Citering:

Moura PL, Mortera Blanco T, Hofman IJ, Todisco G, Kretzschmar WW, Björklund AC, Creignou M, Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Cabrerizo Granados D, Barbosa I, Walldin G, Jansson M, Ashley N, Mead AJ, Lundin V, Dimitriou M, Yoshizato T, Woll PS, Ogawa S, Sandberg R, Jacobsen SW, Hellström-Lindberg E. Erythroid differentiation enhances RNA mis-splicing in SF3B1-mutant myelodysplastic syndromes with ring sideroblasts. Cancer Res. 2023 Nov 3. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-23-3038.

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
ki
Publicerad:|Uppdaterad: