Integrated genomic and transcriptomic analysis improves disease classification and risk stratification of MDS with ring sideroblasts

Heltranskriptom-sekvensering (RNA-seq) från CD34-uttryckande mononukleära benmärgsceller från patienter med myelodysplastisk syndrom med ringsideroblaster (MDS-RS). CD34-uttryckande celler isolerades från mononukleära benmärgsceller via instrumentet AUTO-MACS med dubbelseparation (Miltenyi Biotec, Germany). RNA extraherades från CD34-uttryckande celler via RNeasy Microkit (Qiagen, Hilden, Germany) och behandlades därefter med DNase i enlighet med tillverkarens instruktion. RNA integritetsnumret uppskattades sedan via Agilent RNA 6000 Pico (Agilent Technologies, Palo Alto, CA) och var högre än 6.5 i alla prover (median 8.2). RNA sekvenseringsbiblioteken sattes upp från allt RNA via SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 Pico Input Mammalian med enzymatisk degradering av ribosomalt RNA (Takara Bio, Japan). RNA-biblioteken sekvenserades sedan på Novaseq 6000 med ”paired-end 150bp” inställning. Slutligen kombinerade vi molekylära och kliniska data i syfte att hitta nya prognostiska markörer och förbättra karaktärisering av sjukdomen hos patienter med MDS. Datasetet består av två filer: - FASTQ_RS.tar.gz: komprimerad mapp innehållande 258 fastq-filer - metadata_RS.xlsx Datasetets totala storlek är ca 1 TB.