RNA-sekvensering av slemproducerande celler som med hjälp av laserbaserad mikrodissektion hämtats från musmagsäckar som är infekterade med Helicobacter pylori-stammen Sydney Strain 1

Denna RNA-sekvenserings (RNAseq)-data kommer från slemproducerande epitelceller i magsäcken från C57/BL6-möss. 5 möss var icke-infekterade kontroller, 5 var infekterade med Helicobacter Pylori-stammen SS1 14 dagar före skörd, och ytterligare 5 var också infekterade med Helicobacter Pylori-stammen SS1 14 dagar före skörd, samt dessutom behandlades dessa sista 5 med oralt R-alfa-Metylhistamin 13, 10 och 7 dagar före skörd. Totalt 15 möss skördades. Ytliga slemproducerande epitelceller samlades in från mössen med laseravskiljning och tryckkatapult (LMPC) med en PALM MicroBeam (Carl Zeiss, Oberkochen, Tyskland) vid CCI (Center för Cellulär Avbildning, Sahlgrenska Akademin, Göteborg, Sverige). Library prep utfördes med kitet SMARTer Total Stranded RNA-seq, Pico input mammalian - V3 (Takara Bio, Kusatsu, Japan). Library prep för provet från en mus i den infekterade/icke-behandlade gruppen misslyckades. De återstående 14 proverna sekvenserades med NovaSeq 6000 (Illumina, San Diego, USA) vid NGI (National Genomics Infrastructure, Solna, Sverige). Fastq-filerna bearbetades med nf-core/rnaseq-analyspipelinen, som kördes av NGI vid UPPMAX (Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science, Uppsala, Sverige). Filerna är packade enligt NGIs standard för distribution, förutom mappstrukturerna 00-Reports/ och 01-RNA-Results/ vilka har blivit packade som zip-filer för att underlätta nedladdning.