Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Startstrukturer och NMR- och simuleringsrelaxationsdata för de strukturella ensemblerna av Dengue-proteas NS2B/NS3pro

https://doi.org/10.5878/5wea-fk76
Dengueproteaset NS2B/NS3pro har rapporterats anta antingen en "öppen" eller en "stängd" konformation. Vi har utvecklat ett konformationsfilter som kombinerar kärnmagnetisk resonans (NMR) med molekylär dynamiska (MD)-simuleringar för att identifiera konformationella ensembler som dominerar i lösning. Experimentella värden härledda från relaxationsparametrar för ryggraden och metylsidokedjorna jämfördes med motsvarande beräknade relaxationsparametrar för olika konformationella ensembler erhållna från fria MD-simuleringar. Våra resultat visar en hög prevalens för den "slutna" konformationsensemblen medan den "öppna" konformationen är frånvarande, vilket indikerar att den senare konformationen troligen beror på kristallkontakter. Omvänt identifierades konformationella ensembler där positioneringen av kofaktorn NS2B resulterar i en "delvis" öppen konformation, som tidigare beskrivits i både MD-simuleringar och röntgenstudier, av vårt konformationsfilter. Sammantaget tror vi att vårt tillvägagångssätt möjliggör entydig identifiering av verkliga konformationella ensembler, ett viktigt steg för tillförlitlig läkemedelsupptäckt.
Ladda ner data och dokumentation (17 filer / 6.5 MiB)

Datafiler

  • amber_input_simulation_parameters.in
    1.43 KiB
  • I.pdb
    297.56 KiB
  • II.pdb
    297.56 KiB
  • III.pdb
    297.56 KiB
  • IV.pdb
    297.48 KiB
  • S135A_G2_Methyl_Fig3.tsv
    20.49 KiB
  • S135A_NS2B_NOE_Fig2.tsv
    3.96 KiB
  • S135A_NS2B_R1_Fig2.tsv
    4.96 KiB
  • S135A_NS2B_R2_Fig2.tsv
    5.31 KiB
  • S135A_NS3_NOE_Fig2.tsv
    14 KiB
  • S135A_NS3_R1_Fig2.tsv
    14.11 KiB
  • S135A_NS3_R2_Fig2.tsv
    15.23 KiB
  • S135A_R1_Methyl_Fig3.tsv
    12.72 KiB

Dokumentationsfiler

  • Agback-T-et-al-2023.pdf
    5.24 MiB
  • MetaData.txt
    1.71 KiB
  • README_dataFig2Fig3.txt
    5.85 KiB
  • README_startingstructures.txt
    384 Bytes

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

  • Peter Agback - Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper

    Öppnar nytt fönster hos orcid.org.

    ORCIDÖppnas i en ny tabb
  • Tatiana Agback - Sveriges lantbruksuniversitet - Inst för molekylära vetensakper
  • Dmitry Lesovoy - Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry RAS - Department of Structural Biology
  • Xiao Han - Karolinska Institute - Department of Medicine
  • Alexander Lomzov - Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS - Laboratory for Structural Biology
  • Renhua Sun - Karolinska Institute - Department of Medicine
  • Tatyana Sandalova - Karolinska Institute - Department of Medicine
  • Vladislav Orekhov - Gothenburg University - Swedish NMR Centre
  • Adnane Achour - Karolinska Institute - Department of Medicine

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.molsci.2023.4.4..IÄ-12

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Språk:

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Datainsamling Experiment

Insamlingsmetod:

Experiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

NMR och MD relaxation studie av NS2B/NS3pro proteas från Dengue

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2018 - 2022

Datainsamlare:

Datakälla:

  • Biologiska prover

Prov

Namn/​benämning:

NS2B/NS3pro

Beskrivning av prov:

proteas från Dengue

Instrument

Namn:

NMR spektrometer

Beskrivning av instrument:

600 och 800MHz spekrometrar

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för molekylära vetenskaper

Övriga forskningshuvudmän:

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

ITM17-0218

Projektnamn på ansökan:

Innovative experimental modelling of dynamic protein states.

Finansiär:

Referensnummer:

2021-05061

Finansiär:

Referensnummer:

21 1605 Pj01H

Finansiär:

Referensnummer:

2019-03561

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Publikationer

Citering:

Agback, T., Lesovoy, D., Han, X., Lomzov, A., Sun, R., Sandalova, T., Yu, V., Adnane Achour, O., Agback, P. (2023). Combined NMR and molecular dynamics conformational filter identifies unambiguously dynamic ensembles of Dengue protease NS2B/NS3pro. Communications Biology 6:1193.

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
slu
Publicerad: