DNA sequencing data in MDS-patients treated with allogeneic transplantation
https://doi.org/10.48723/0k7w-2k05
The deposited data consists of 47 bam files for targeted DNA sequencing and somatic mutation list called by bulk whole-genome sequencing in patients with myelodysplastic syndromes or related myeloid malignancies who received allogeneic stem cell transplantation. The objective of this data collection was to assess whether somatic mutation can be a marker for detecting early relapse. DNA sequencing was performed to identify somatic mutation candidates using samples collected at diagnosis and also performed for the comparison of the sensitivity of detection between digital droplet PCR and next-generation sequencing. We used three different gene panels for targeted DNA sequencing and the gene lists can be found in the cited Blood paper. Read alignment was performed against the GRCh37. In two patients in whom no recurrent driver mutations were identified, whole genome sequencing was performed. After alignment to GRCh37, somatic mutations were called using Genomon2, and identified somatic mutation list was deposited.
The total size of the deposited data is approximately 25 GB (24586652781 bytes).
Files with open access (2)
Files with open access (2)
Citation and access
Citation and access
Access level:
Creator/Principal investigator(s):
Research principal:
Data contains personal data:
Yes
Type of personal data:
Genetic data
Code key exists:
Yes
Sensitive personal data:
Yes
Citation:
License:
Language:
Method and outcome
Method and outcome
Unit of analysis:
Population:
Patients with myelodysplastic syndromes or related myeloid malignancies received allogeneic stem cell transplantation.
Study design:
- Experimentell studie
- Preklinisk studie
Sampling procedure:
Description of sampling:
Patients with myelodysplastic syndromes (MDS) and related myeloid malignancies diagnosed according to World Health Organization (WHO) 2016 classifications that had undergone allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT) at Karolinska University Hospital were included in the study. All samples were collected after informed consent and analyzed according to ethical approval and the Declaration of Helsinki. Patients were grouped into relapses and continuous-complete remission without signs of relapse ≥66 months after allo-HSCT.
Number of individuals/objects:
27
Data format/data structure:
Samples/material - Existing from scientific collection/biobank
Samples/material - Existing from scientific collection/biobank
Name:
Karolinska Institutet MDS biobank
Type(s) of sample:
Bone marrow cells
Administrative information
Administrative information
Responsible department/unit:
Department of Medicine, Huddinge [H7]
Ethical Review
Ethical Review
Reviewer:
- Etikprövningsnämnd
Registration number:
EPN 2017/1090-31/4
Ethical review information:
Ethical review: Studier av ärftliga och förvärvade sjukdomsmekanismer vid myelodysplastiskt och myelodysplastiskt / myeloproliferativt syndrom, MDS-relaterad AML samt angränsande hematologiska tillstånd med behov av förbättrad differentialdiagnostik
Funding
Funding
Funding agency:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Award number:
2023-02061_VR
Award title:
Stamceller i normal och malign blodbildning
Funding information:
Blodets stamceller är sällsynte och finns i benmärgen där de ger upphov till miljontals mogna blodceller varje sekund genom en tidskrävande process där cellerna går igenom flera omogna stadier innan de till slut bildar de olika livsviktiga mogna blodceller som kroppen behöver. Nyligen identifierade vi en ny typ blodstamcell som är dedikerad att snabbt och enbart producera blodplättar och som gör det genom en annan mognadsväg än andra stamceller. I denna studie vill vi undersöka dessa stamcellers roll och deras mognadsväg till mogna blodplättar i normala friska möss och när mössen utsätts för olika behandlingar som minskar antalet blodplättar, såsom cellgift och behandlingar som efterliknar blödning. Målet är att identifiera de mekanismer som snabbt ökar bildandet av blodplättar så att den kunskapen kan användas i kliniken för att behandla olika svåra tillstånd där antalet blodplättar minskar kraftigt såsom vid cellgiftsbehandling och benmärgstransplantation. Vi vill också undersöka till vilken grad blodplättar som bildats från olika typer av stamceller skiljer sig åt funktionellt och om de har olika roller i blodkoagulationen och i immunförsvaret. De samma stamcellerna som är nödvändiga för normal blodbildning kan också vara startpunkten för olika typer av blodcancer genom att bilda såkallade blodcancerstamceller. I denna studie vill vi ta reda på om blodcancerstamcellerna är nödvändiga för att upprätthålla en blodcancer. Om det visar sig vara fallet borde man genom att terapeutisk specifikt eliminera cancerstamcellerna kunna bota sjukdomen.Våra studier kan få klinisk betydelse för vilka strategier man väljer använda för att stimulera olika normala blodstamceller för att snabbt ersätta kritiskt viktiga blodceller när det behövs och för att specifikt och effektivt eliminera deras motsvarighet i blodcancer som ofta selektivt undkommer terapier och därmed agerar som en cellulär källa för återfall.
Topic and keywords
Topic and keywords
Swedish Standard Classification of Research Subjects 2025:
Publications
Publications
Citation:
Dimitriou M, Mortera-Blanco T, Tobiasson M, Mazzi S, Lehander M, Högstrand K, Karimi M, Walldin G, Jansson M, Vonlanthen S, Ljungman P, Langemeijer SMC, Yoshizato T, Hellstrom-Lindberg ES, Woll PS, Jacobsen SEW. Identification and surveillance of rare relapse-initiating stem cells during complete remission post-transplantation. Blood. 2023 Dec 14:blood.2023022851. doi: 10.1182/blood.2023022851.
