Data för: Tumörevolution och dynamik i den immuna mikromiljön vid primär och recidiverad mantelcelllymfon (MCL)

• Hui Wan - Karolinska Institutet - Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik

  Öppnar nytt fönster hos orcid.org.

  ORCIDÖppnas i en ny tabb
• Qiang Pan-Hammarström - Karolinska Institutet - Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik

  Öppnar nytt fönster hos orcid.org.

  ORCIDÖppnas i en ny tabb

• Karolinska Institutet

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  RORÖppnas i en ny tabb

• Tillgång till data är begränsad

• Engelska

Den studerade populationen består av patienter diagnostiserade med mantelcellslymfom. Analysens resultat kommer att hänvisa till denna specifika grupp av individer.

• Longitudinell

• Observationsstudie

• Icke-sannolikhetsurval

Provsbearbetning för scRNA-seq-prover: Mononukleära celler isolerades från benmärgsprover med standard densitetscentrifugering med hjälp av Lymphoprep (Axis-Shield) enligt tillverkarens instruktioner. Tarm-, tonsill- och lymfoida vävnader bearbetades till enkelcellsuppslamning genom mekanisk dissociation och filtrerades sedan genom 70 μm-silar. Enkelceller frystes ned i fosterbuffrad serum (FBS) kompletterat med 10 % dimetylsulfoxid (DMSO) och förvarades i flytande kväve före användning. Cellsortering för scRNAseq-prover: Cellerna som användes för flödescytometri tinades i RPMI 1640-cellmedium (Gibco). Cellernas Fc-receptorer blockerades med human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) i 10 minuter och därefter färgades de med anti-CD19 BV421 och anti-CD235a FITC i FACS-buffert (PBS med 2 % FBS) i 20 minuter på is. Omedelbart före sortering inkuberades cellerna kort med propidiumjodid-färgning. För MCL-proverna sorterades levande CD235a- celler, CD235a- CD19+ celler och CD235a- CD19- celler i FACS-buffert med en BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Levande CD235a- celler användes för enkelcellssekvensering medan levande CD235a- CD19+ och CD235a- CD19- celler användes för att extrahera DNA för tumör- respektive germlinje-WGS. För kontrollprovet sorterades levande CD19- och levande CD19+ celler separat och blandades sedan i förhållandet 3:7 för enkelcellssekvensering. scRNA-sekvensering och dataanalys: Med hjälp av Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics) lastades cellerna på separata banor i Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) för kapsling (med målet att återvinna 10 000 celler per prov). Enkelcells-gene-expressionsbibliotek (GEX) konstruerades enligt tillverkarens protokoll. WGS-sekvensering: För färskfrysta vävnadsprover extraherades genomiskt DNA från tumörer och matchande blodprover separat med DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). För enkelcellsuppslamningsprover från MCL separerades B-celler och icke-B-celler med FACS (CD19+/CD19-) eller EasySep human B-cell enrichment kit för att representera tumörprover respektive icke-tumör (germline) kontroller. Genomiskt DNA från sorterade celler extraherades med DNeasy Tissue and Blood Kit.

11

• Numeriska
• Text

• Sverige

Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik

• Weicheng Ren - Karolinska Institutet - Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik

  Öppnar nytt fönster hos orcid.org.

  ORCIDÖppnas i en ny tabb
• Birgitta Sander - Karolinska Universitetssjukhuset - Institutionen för laboratoriemedicin

  Öppnar nytt fönster hos orcid.org.

  ORCIDÖppnas i en ny tabb

Stockholm - 2015/418-31

Etikprövningsmyndigheten - 2022-02865-02

• Immunologi inom det medicinska området
• Andra medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper
• Hematologi

• Rna-sekvensanalys
• Singelcellanalys
• Mantelcellslymfom

• Helt genomsekvensering