Data för: Tumörevolution och dynamik i den immuna mikromiljön vid primär och recidiverad mantelcelllymfon (MCL)
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Gendata
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Den studerade populationen består av patienter diagnostiserade med mantelcellslymfom. Analysens resultat kommer att hänvisa till denna specifika grupp av individer.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Observationsstudie
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Provsbearbetning för scRNA-seq-prover: Mononukleära celler isolerades från benmärgsprover med standard densitetscentrifugering med hjälp av Lymphoprep (Axis-Shield) enligt tillverkarens instruktioner. Tarm-, tonsill- och lymfoida vävnader bearbetades till enkelcellsuppslamning genom mekanisk dissociation och filtrerades sedan genom 70 μm-silar. Enkelceller frystes ned i fosterbuffrad serum (FBS) kompletterat med 10 % dimetylsulfoxid (DMSO) och förvarades i flytande kväve före användning. Cellsortering för scRNAseq-prover: Cellerna som användes för flödescytometri tinades i RPMI 1640-cellmedium (Gibco). Cellernas Fc-receptorer blockerades med human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) i 10 minuter och därefter färgades de med anti-CD19 BV421 och anti-CD235a FITC i FACS-buffert (PBS med 2 % FBS) i 20 minuter på is. Omedelbart före sortering inkuberades cellerna kort med propidiumjodid-färgning. För MCL-proverna sorterades levande CD235a- celler, CD235a- CD19+ celler och CD235a- CD19- celler i FACS-buffert med en BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Levande CD235a- celler användes för enkelcellssekvensering medan levande CD235a- CD19+ och CD235a- CD19- celler användes för att extrahera DNA för tumör- respektive germlinje-WGS. För kontrollprovet sorterades levande CD19- och levande CD19+ celler separat och blandades sedan i förhållandet 3:7 för enkelcellssekvensering. scRNA-sekvensering och dataanalys: Med hjälp av Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics) lastades cellerna på separata banor i Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) för kapsling (med målet att återvinna 10 000 celler per prov). Enkelcells-gene-expressionsbibliotek (GEX) konstruerades enligt tillverkarens protokoll. WGS-sekvensering: För färskfrysta vävnadsprover extraherades genomiskt DNA från tumörer och matchande blodprover separat med DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). För enkelcellsuppslamningsprover från MCL separerades B-celler och icke-B-celler med FACS (CD19+/CD19-) eller EasySep human B-cell enrichment kit för att representera tumörprover respektive icke-tumör (germline) kontroller. Genomiskt DNA från sorterade celler extraherades med DNeasy Tissue and Blood Kit.
Antal individer/objekt:
11
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Typ(er) av prov:
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik
Medverkande:
Etikprövning 1:
Stockholm - 2015/418-31
Etikprövning 2:
Etikprövningsmyndigheten - 2022-02865-02
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2019-01302_VR
Projektnamn på ansökan:
Reglering av immunoglobulin-gendiversifiering: med relevans för primär immunbrist och lymfoid maligniteter
Information om finansiering:
Syftet med detta projekt är att försöka förstå de komplexa molekylära mekanismerna som är involverade i reglering av immunoglobulin (Ig) -gen-diversifieringsprocesser, dvs V (D) J-rekombination, klasswitch (CSR) och somatisk hypermutation (SHM). Dessutom att analysera hur dessa processer kan leda till immunbrist, genominstabilitet och cancerutveckling hos människor. Vi har tidigare utvecklat en serie av nästa generationens sekvensbaserade strategier för att studera V (D) J rekombinationsprofilen in vivo samt CSR- och SHM-mönster i humana B-celler. In vitro-CSR-analyser, baserade på GFP-uttryck, som möjliggör både kvantitativa och kvalitativa mätningar av substratrekombination, håller också på att utvecklas. Kombinerat med ett CRISPR / Cas9-system (loss of function), planerar vi att studera DNA-reparation och andra faktorer som är viktiga för CSR. Vidare har inducerbara pluripotenta stamceller som omprogrammerats från patienternas fibroblaster genererats och kommer att re-differentieras för att genomgå olika B-cellutvecklingssteg. Singelcell RNA-sekvenseringsteknik kommer också att användas för att identifiera nyckelfaktorer som driver B-cellutvecklingen och defekten/utvecklingsblocket hos patienter med primär immunbrist. Genom att kombinera dessa olika tillvägagångssätt, och utnyttja vår unika samling av prover från patienter med sällsynta former av primär immunbrist, hoppas vi kunna identifiera de komplexa molekylära mekanismerna som är involverade i V (D) J rekombination, CSR och SHM.Slutligen hoppas vi kunna besvara frågan om illegitim CSR- och SHM är förknippade med B-cell genominstabilitet och lymfomagenes. Det somatiska mutationsmönstret i det kodande genomet, de icke kodande reglerande regionerna, de somatiska translokationerna och deras association till mutationer i olika DNA-reparationsgener, B-cell-transkriptomet och kroniska virusinfektioner kommer därvid också att karaktäriseras. Valda prover kommer också att analyseras på encellsnivå för att studera sjukdomsprogression, terapieresistens och tumörheterogenitet.
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Metadata
Metadata
