Transkriptomikdata på humana PSC odlade under olika förhållanden
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Pseudo-anonymiserade ID på biologiska prover, kön
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Donatorer av hudceller kommer från kohorter av patienter inom neurologi, ASD, rare diseases, neurodevelopmental disorders, och friska donatorer. Cellerna som användes i studien kommer donatormaterial insamlat från 2012 och framåt från kohorter med 100-400 individer insamlade i Sverige. Hudbiopsier är insamlade från donatorer efter samtycke till forskning om modellering av tidig human utveckling.
Studiedesign:
- Preklinisk studie
Beskrivning av studiedesign:
Syftet med studien var att se hur mycket av variationen i genuttryck som kan förklaras av odlingsbetingelser därför har jämförelser gjorts mellan så många celler som möjligt från olika ursprung. Donatorproverna omprogrammerades till iPCS och transkriptomanalyser utfördes för att kvalitetstesta de pluripotenta stamcellerna. Etableringen av iPSC har gjorts mellan 2012-2019.
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Alla donerade celler användes inte för omprogrammering eftersom processen tar lång tid och är mycket dyr. Urvalet av vilka donatorceller som användes för etablering av iPSC var slumpmässigt och berodde på tillgängliga resurser i form av tid och pengar. Data kommer från män och kvinnor i olika åldrar och detta urval var också slumpmässigt och beroende av när vi hade resurser. Data består av 113 transkriptom från 70 donatorer.
Dataformat/datastruktur:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för neurovetenskap
Medverkande:
Etikprövning:
Stockholm - 2012/208-31/3
Ethical approval for reprogramming of human cells where all samples have been taken from donors with approved informed consent.
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2017-03407_VR
Projektnamn på ansökan:
Hur neurala stamceller väljer öde och hur valet påverkar psykiatriska sjukdomar
Information om finansiering:
Min forskargrupp bygger cellmodeller av den mänskliga hjärnan med hjälp av den Nobelprisbelönade omprogrammeringstekninken. Denna teknik gör det möjligt att ta till exempel en hudcell från en person och sedan i labbet styra cellen bakåt i utvecklingen (omprogrammera) till att bli som en embryonal stamcell. För att bygga en modell av hjärnan driver vi sedan den omprogrammerade stamcellen till att bli nervceller. Dessa nervceller är exakta kopior av cellerna i hjärnan på den person vi fick hud från och vi kan nu studera och experimentera på dessa hjärnceller. Vi kan i cellodlingskålar studera olika sjukdomar som autism, utvecklingsstörningar och schizofreni. Vi har i våra cellmodeller sett att celler från patienter inte beter sig likadant som omprogrammerade celler från friska individer. Vi har observerat att cell från patienter med neuroutvecklingssjukdomar och psykiatriska sjukdomar inte verkar kunna ta ”rätt” beslut beträffande vilket öde de ska välja. I denna ansökan vill vi studera varför och hur patient cellerna väljer ett annat öde än celler från friska individer. Vi kommer studera hur neurala stamceller väljer att antingen självklona sig eller att mogna ut och bli en nervcell. Vi har preliminära resultat som visar att neurala stamceller från patienter med down syndrom, Lissencefali och PMD har problem att välja ett av dessa öden på samma sätt som friska celler. Vidare har vi i våra studier identifierat att neurala stamceller från personer med autism och down syndrom har problem att välja mellan att bli nervcell eller gliacell i den tidiga utmognaden. Ungefär 1/3 av patientcellerna väljer gliaödet när i princip 100% av de friska cellerna väljer att bli nervceller tidigt i mognaden från neurala stamceller. I detta projekt kommer vi ta reda på varför patientcellerna väljer andra öden än de celler som kommer från friska individer.
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2019-01498_VR
Projektnamn på ansökan:
Neurala stamcellers vägval och kopplingen till psykiatriska sjukdomar
Information om finansiering:
Min forskargrupp bygger cellmodeller av den mänskliga hjärnan med hjälp av den Nobelprisbelönade omprogrammeringstekninken. Denna teknik gör det möjligt att ta till exempel en hudcell från en person och sedan i labbet styra cellen bakåt i utvecklingen (omprogrammera) till att bli som en embryonal stamcell. För att bygga en modell av hjärnan använder vi sedan tillväxtfaktorer för att guida den omprogrammerade stamcellerna till att bli nervceller. Dessa nervceller är kopior av cellerna i hjärnan på den person vi fick hud från och vi kan nu studera och experimentera på dessa hjärnceller. De personer som vi får hud från kan vara friska utan diagnos och på så sätt facit eller från donatorer med en diagnos. Vi kan då i våra cellodlingskålar jämföra celler från friska donatorer med celler från individer med diagnoser så som autism, utvecklingsstörningar, down syndrom och schizofreni. De cellmodeller som vi bygger är antingen i 2D där cellerna sitter fast i botten av en cellodlingsskål eller i 3D där cellerna flyter runt i cellodlingsmedia och bildar mini-hjärnor som liknar den mänskliga hjärnbarken. Båda dessa typer av modeller kan vi använda för att svara på frågor om hur den mänskliga hjärnan bildas och vad som händer när det går fel som vid neurala utvecklingssjukdomar. Vi har i våra cellmodeller sett att celler från patienter inte beter sig likadant som omprogrammerade celler från friska individer. Vi har observerat att nervceller från patienter med neurala utvecklingssjukdomar och psykiatriska sjukdomar inte verkar kunna ta ”rätt” beslut beträffande vilket celltyp de ska bli. I denna ansökan vill vi studera varför och hur patientcellerna blir en annan celltyp än celler från friska individer. Vi kommer studera hur neurala stamceller väljer att antingen självklona sig eller att mogna ut och bli en nervcell. Vi har preliminära resultat som visar att neurala stamceller från patienter med down syndrom, Lissencefali och PMD har problem att på samma sätt som friska celler välja mellan att vara kvar som en stamcell eller mogna ut och bli en nervcell, antingen mogna de för fort eller för långsamt. Vidare har vi i våra studier påvisat att neurala stamceller från personer med autism och down syndrom har problem att välja mellan att bli nervcell eller gliacell i den tidiga utmognaden. Ungefär 1/3 av patientcellerna styr mot att bli gliaceller när i princip 100% av de friska cellerna bli nervceller när de mognar från neurala stamceller. I detta projekt kommer vi använda våra cellmodeller för att ta reda på varför patientcellerna väljer att bli andra celltyper än de celler som kommer från friska individer. Vi kommer studera hur bra olika molekyler på ytan av stamcellerna är på att binda till andra celler och hur dessa cellkontakter styr mognaden av stamcellerna. Vår hypotes är att dessa cellbindande molekyler måste fungerar perfekt för att stamcellerna ska blir ”rätt” typ av celler för att säkerställa att förhållandet mellan nervceller och gliaceller blir optimalt. Våra initiala experiment och preliminär resultat visar att flera av de omprogrammerade cellerna från donatorer med olika typer av verkar vara fel-reglerade på liknande sätt. Nu vill vi gräva djupare ner för att förstår hur cellytemolekylerna reglerar vilken celltyp stamcellerna mognar till.
Finansiär:
Referensnummer:
FO2019-0246
Projektnamn på ansökan:
Fate choice mechanisms by Neural Stem Cells causing Psychiatric Disorders
