Data for: "Host dependent specialized metabolism of nitrogen export in actinorhizal nodules induced by Frankia cluster-2"

Datafilerna innehåller proteinmodellstrukturer som .pdb file format (Protein Data Bank) för enzymet "2-oxoglutarate dehydrogenase/decarboxylase" av olika Frankia-arter, i relation till publikationen. Dessa proteinmodeller genererades i silico på SWISS-Model-webbplatsen, med användning av kristallstrukturen för Mycobacterium smegmatis (referens A0R2B1) och Staphylococcus epidermis (referens Q5HPC6) är mallar. Modelleringen utfördes med hjälp av standardparametrar, som beskrivs av webbplatsens instruktioner. Indata, nämligen aminosyrasekvenser, hämtades från The National Center for Biotechnology Information (NCBI, Genbank) med användning av en pBLAST-sökning för att identifiera aminosyrasekvensen från olika Frankia-arter. Motsvarande referenser för att hitta dessa sekvenser finns tillgängliga som dokumentationfiler och i tilläggsdata för det associerade manuskriptet på tidskriftens webbplats. Var och en av .pdb-filerna innehåller information om en Frankia-art och är uppkallad efter motsvarande art. Till exempel hänvisar datafilen Falni till modellen byggd för proteinet från Frankia alni. Dessa pdb-filer görs tillgängliga för att de slutsatser som vi drar i artikeln ska kunna verifieras. Vi rekommenderar att du använder programvara för proteinvisualisering, såsom ChimeraX för att öppna och visualisera data. Visualiseringen av modellerna ges i tilläggsfigurerna.