Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Analys av diversitet, relativ abundans och artsammansättning av ektomykorrhizal svamp i tallskogarna vid Effaråsen: Effekter av hänsynsnivå, trädavstånd och kronstorlek.

https://doi.org/10.5878/vf2y-k398
Dessa data består av ekologiska och taxonomiska data insamlade 2017 från tallskogar i Effaråsen, Sverige, med fokus på diversitet i form av SCATA-räkningar för ektomykorrhizasvampar (ECM). Den innehåller tre datafiler: (1) ECM2017.csv, rådata med relativ abundansdata för ECM-svampar från 245 jordprover med tillhörande retentionnivå-kategorier; (2) stand_leveldata.csv, aggregerade data på beståndsnivå som innehåller ekologiska data för 25 skogsbestånd; och (3) tax_2017.csv, som listar artens taxonomi, SCATA-grupper, släkte samt funktionella gruppindelningar för de arter som förekommer i studien. Data har bearbetats med hjälp av SCATA eller standardiserad taxonomisk gruppering för att underlätta statistiska analyser. Ett medföljande R-skript (R_code_clean.R) utför datarengöring, uppskattning av diversitet med iNEXT, multivariat ordination (NMDS), korrelationsanalyser och visualiseringar. Detta skript kräver specifika R-paket som anges i R-filen och förutsätter att datafilerna finns i en relativ mapp ./data. Datasetet stöder ekologisk och mykologisk forskning genom att tillhandahålla detaljerad information om artsammansättning och miljövariabler som är relevanta för ECM-svampars mångfald i tallskogar i norra Sverige.
Ladda ner data och dokumentation (5 filer / 138.5 KiB)

Datafiler

  • ECM2017.csv
    82.04 KiB
  • R_code_clean.R
    30.26 KiB
  • stand_leveldata.csv
    11.36 KiB
  • tax_2017.csv
    8.38 KiB

Dokumentationsfiler

  • README.txt
    6.45 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.ess.2025.4.2.IÄ-2

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Datainsamling Fältexperiment

Insamlingsmetod:

Fältexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

I höst 2017, 4,5 år efter avverkning, samlades 10 sammansatta jordprover systematiskt in från vart och ett av de 25 bestånden längs 90-meters transekter. Varje sammansatt prov bestod av tre jordkärnor (3 cm i diameter) som kombinerades. Sammansatta prover togs med 10-meters intervall, och GPS-koordinater registrerades för varje plats. Endast det organiska morlagret behölls, medan levande mossor och mineralsjord avlägsnades. Avstånd till närmaste träd mättes med måttband, och trädkronans area (>2 m höjd inom en 15-meters buffert) beräknades med hjälp av 2022 års svenska laserskanningsdata och ArcGIS Pro. De molekylära protokollen för DNA-extraktion och sekvensering följde standardmetoder för att noggrant bedöma sammansättningen av svampsamhällen. Detta genomfördes i nära samarbete med Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi (Uppsala). Jordprover samlades i plasttuber, frystes omedelbart och bearbetades genom frystorkning och malning. DNA extraherades med hjälp av NucleoSpin Soil Genomic DNA-extraktionskit (Macherey-Nagel), och ITS2-regionen av ribosomkodande operon amplifierades med taggade primers (gITS7 och ITS4). Sekvensering utfördes på Sequel I-plattformen (Pacific Biosciences) vid National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala. Sekvensfiltrering, klustring och taxonomisk identifiering genomfördes med etablerade pipelines och databaser, inklusive SCATA och UNITE. Detaljerade protokoll och metoder finns beskrivna i Lindahl et al. (2021).

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2017-10-17 - 2017-10-18

Datainsamlare:

Datakälla:

  • Biologiska prover

Tidsupplösning:

7 månad

Rumslig upplösning:

3.5 kilometer skala 1:11 440

Prov

Namn/​benämning:

Jordprov

Beskrivning av prov:

Totalt skickades 250 jordprover för analys av svampsamhällen. Proverna, insamlade i plasttuber, frystes inom 10 timmar, frystorkades och maldes fint i en kulkvarn. DNA extraherades från 50 mg organiskt material med hjälp av NucleoSpin Soil Genomic DNA-kit (Macherey-Nagel, Tyskland). ITS2-regionen PCR-amplifierades med gITS7- och ITS4-primers, märkta för providentifiering, och sekvenserades på Sequel I-plattformen (Pacific Biosciences, USA) vid National Genomic Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala i Sverige. Sekvensdata bearbetades med SCATA-pipelinen (Sveriges lantbruksuniversitet). Kvalitetsfiltrering tog bort sekvenser kortare än 100 bp, med låga kvalitetsvärden eller felaktiga primer-taggar. Återstående sekvenser klustrades till art-hypoteser vid 99 % likhet med USEARCH och enkel-länk-klustring. Arter identifierades med BLAST mot UNITE och NCBI-databaserna, och sekvenser som utgjorde >1 % av något prov granskades manuellt för taxonomisk identitet och ectomykorrhiza-status. Totalt analyserades 245 prover framgångsrikt, med metodik optimerad för att ge en så exakt bild som möjligt av svampsamhällets sammansättning.

Namn/​benämning:

Genetiska prover

Beskrivning av prov:

De prover som används i denna studie består av genetiska prover som samlats in och bearbetats för analys med hjälp av Sequel I-plattformen. Dessa prover inkluderar DNA som extraherats från jordprover och som har förberetts enligt standardiserade protokoll för att säkerställa kvalitet och integritet. Sequel I-plattformen möjliggör noggrann sekvensering och dataförvärv från dessa prover, vilket ger pålitlig genetisk information för efterföljande analyser.

Instrument

Namn:

Jordborr

Beskrivning av instrument:

En jordprovtagare i rostfritt stål (3 cm i diameter, 40 cm lång) med en vass kant användes för att extrahera intakta jordkärnor. Den vassa kanten möjliggjorde exakt penetrering i jorden, vilket underlättade effektiv insamling av ostörda prover.

Namn:

Sequel I platform

Beskrivning av instrument:

Sequel I stödjer automatiserad datainsamling och bearbetning, vilket minskar risken för mänskliga fel och säkerställer konsekvens över dataset. Dess funktioner inkluderar filtrering av data, taggning och exportmöjligheter, vilket gör det möjligt att organisera den insamlade datan i format som är lämpliga för vidare analys.

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Geografisk beskrivning:

Effaråsen är en långsiktig och storskalig fältforskninganläggning som etablerades i 2012. Området ligger nära Mora i Dalarna län, i den stora boreala växtzonen i Sverige (14°1'1"E 60°58'21"N).

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för sydsvensk skogsvetenskap

Uppdragsgivare:

Diarienummer hos uppdragsgivare:

  • 23348

Finansiering

Finansiär:

  • FRAS II

Information om finansiering:

Finansierat inom programmet FRAS II, som har multipla finansiärer, https://www.slu.se/institutioner/sydsvensk-skogsvetenskap/samverkan/fras2/om-fras-ii/

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

INSPIRE topic categories:

Nyckelord:

Relationer

Är ett komplement till:

https://researchdata.se/en/catalogue/dataset/2024-540/1?previewToken=f4d73adf-ae80-4b12-8b60-bb05c7a4f6feÖppnas i en ny tabb

Publikationer

Citering:

Lariviere, D., Djupström, L., Lindahl, B.D., Dahlberg, A. (2025). Tree retention levels and prescribed burning effects on ectomycorrhizal fungal communities in a boreal Scots pine forest. Forest Ecology and Management. 598 (2025), 123186. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.123186Öppnas i en ny tabb

Kontakt

Delphine Larivieredelphine.lariviere@slu.seÖppnas i en ny tabb
SLU Arkivarkiv@slu.seÖppnas i en ny tabb

Metadata

Version 1
doris
slu
Publicerad: