Data för: "Hur bildas Adenin från Vätecyanid?"
https://doi.org/10.71870/gqyb-fj64
I denna studie presenterar vi en kvantkemisk utvärdering av troliga kemiska vägar från vätecyanid (HCN) till adenin.
Denna datauppsättning innehåller in- och utdatafilerna för de kvantkemiska beräkningarna, samt pythonkoden och resultaten av den mikrokinetiska modelleringen.
Geometrioptimeringar, frekvensanalys och intrinsisk reaktionskoordinat (IRC) beräkningar på DFT-nivå (B3LYP-D3BJ/6-31+G(d,p)) har utförts med programmet Gaussian16, revision B.01.
Enpunktsberäkningar med DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ har utförts med ORCA version 6.1.
Pythonkoden för den mikrokinetiska modelleringen har utvecklats av oss och använder LSODA-lösaren som implementerats i scipy-paketet. Koden genererar csv-filer som innehåller koncentrationerna av arterna vid olika tidpunkter.
Mappstruktur:
------------------------------------
calculations/
species_1/
1-expl-HCN/
2-expl-HCN/
...
species_2 /
1-expl-HCN/
2-expl-HCN/
...
...
TS_1/
1-expl-HCN/
2-expl-HCN/
...
TS_2/
1-expl-HCN/
2-expl-HCN/
...
...
tautomers/
species_4_imine-taut/
...
kinetic_modeling/
KineticSolver/
results/
distributions/
statistical_analysis/
------------------------------------
beräkningar/:
Den innehåller Gaussian16 och ORCA 6.1 in- och utdatafiler för beräkningar på arter (undermappar species_[n]) och övergångstillstånd (undermappar TS_[n]). Dessa undermappar innehåller beräkningar på alla solvatiseringsnivåer (upp till 5 explicita HCN-molekyler, i undermapparna [n]-expl-HCN/).
Undermappen tautomers/ innehåller beräkningar på artens imin-tautomerer, oavsett om den existerar. Dessa beräkningar har utförts med en explicit solvent HCN-molekyl.
kinetic_modeling/:
Den innehåller undermapparna KineticSolver/, med pythonkoden, och results/, där csv-filerna för resultaten finns.
distributions/ innehåller resultaten av alla (~50000) Monte Carlo-simuleringar, och statistical_analysis/ innehåller skriptet för att beräkna medianen och kvantilerna.
Datafiler
Datafiler
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Nej
