Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Data för: "Hur bildas Adenin från Vätecyanid?"

https://doi.org/10.71870/gqyb-fj64
I denna studie presenterar vi en kvantkemisk utvärdering av troliga kemiska vägar från vätecyanid (HCN) till adenin. Denna datauppsättning innehåller in- och utdatafilerna för de kvantkemiska beräkningarna, samt pythonkoden och resultaten av den mikrokinetiska modelleringen. Geometrioptimeringar, frekvensanalys och intrinsisk reaktionskoordinat (IRC) beräkningar på DFT-nivå (B3LYP-D3BJ/6-31+G(d,p)) har utförts med programmet Gaussian16, revision B.01. Enpunktsberäkningar med DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ har utförts med ORCA version 6.1. Pythonkoden för den mikrokinetiska modelleringen har utvecklats av oss och använder LSODA-lösaren som implementerats i scipy-paketet. Koden genererar csv-filer som innehåller koncentrationerna av arterna vid olika tidpunkter. Mappstruktur: ------------------------------------ calculations/ species_1/ 1-expl-HCN/ 2-expl-HCN/ ... species_2 / 1-expl-HCN/ 2-expl-HCN/ ... ... TS_1/ 1-expl-HCN/ 2-expl-HCN/ ... TS_2/ 1-expl-HCN/ 2-expl-HCN/ ... ... tautomers/ species_4_imine-taut/ ... kinetic_modeling/ KineticSolver/ results/ distributions/ statistical_analysis/ ------------------------------------ beräkningar/: Den innehåller Gaussian16 och ORCA 6.1 in- och utdatafiler för beräkningar på arter (undermappar species_[n]) och övergångstillstånd (undermappar TS_[n]). Dessa undermappar innehåller beräkningar på alla solvatiseringsnivåer (upp till 5 explicita HCN-molekyler, i undermapparna [n]-expl-HCN/). Undermappen tautomers/ innehåller beräkningar på artens imin-tautomerer, oavsett om den existerar. Dessa beräkningar har utförts med en explicit solvent HCN-molekyl. kinetic_modeling/: Den innehåller undermapparna KineticSolver/, med pythonkoden, och results/, där csv-filerna för resultaten finns. distributions/ innehåller resultaten av alla (~50000) Monte Carlo-simuleringar, och statistical_analysis/ innehåller skriptet för att beräkna medianen och kvantilerna.
Ladda ner data och dokumentation (2 filer / 794.33 MiB)

Citering och åtkomst

Metod och utfall

Administrativ information

Ämnesområde och nyckelord

Relationer

Kontakt

Metadata

dorischalmers