Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Subcellular Thiol Functional Group Distribution in Geobacter sulfurreducens Determined by Hg LIII-Edge EXAFS: Research Data

https://doi.org/10.5878/r92f-7869
Detta dataset innehåller de forskningsdata som ligger till grund för artikeln ”Subcellular Thiol Functional Group Distribution in Geobacter sulfurreducens Determined by Hg LIII-Edge EXAFS”, publicerad i Frontiers in Microbiology (https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1728775Öppnas i en ny tabb). Datasetet omfattar mätningar av subcellulär biomassa, totalt organiskt kol (TOC), totalt svavel (TS), tiolgrupper (RSH) samt spektroskopiska data (EXAFS och XANES) insamlade för att karakterisera subcellulära fraktioner av G. sulfurreducens PCA (Caccavo et al., 1994), inklusive extracellulära, periplasmiska, cytoplasmatiska och membranfraktioner. TOC och TS kvantifierades med en elementaranalysator (Vario MACRO cube) med en relativ standardavvikelse (RSD) på 0,5 %. Totala kvicksilverkoncentrationer bestämdes med förbränningsatomabsorptionsspektrometri med en direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone; detektionsgräns = 0,01 ng; RSD = 6 %). Svavel K-kant XANES-spektra samlades in vid 4B7A Medium Energy X-ray Beamline vid Beijing Synchrotron Radiation Facility. Databearbetning, inklusive normalisering och linjärkombinationsanpassning (LCF), utfördes med Larch-programvaran. Hg LIII-kant EXAFS-spektra erhölls vid Diamond Light Source (Beamline I20-scanning). Dataanalys och anpassning utfördes med WinXAS i kombination med FEFF-7. Ytterligare detaljer finns i den medföljande filen README.txt.
Ladda ner data och dokumentation (20 filer / 2.22 MiB)

Datafiler

  • F2a_Data_for_Figure_2a_S_xanes_data_and_fitting.tsv
    111.35 KiB
  • F2b_Data_for_Figure_2b_S_speciation.tsv
    731 Bytes
  • F3_Data_for_Figure_3_EXAFS_data_and_fitting.tsv
    1.49 MiB
  • F4_Data_for_Figure_4_first_derivative_Hg_XANES.tsv
    595.34 KiB
  • F5_Data_for_Figure_5 _RSH_concentration_density.tsv
    396 Bytes
  • F6_Data_for_Figure_6_Hg_loss.tsv
    4.49 KiB
  • FS1a_Data_for_Figure_S1a_cell_growth_curve.tsv
    181 Bytes
  • FS1b_Data_for_Figure_S1b_cell_density.tsv
    184 Bytes
  • FS1c_Data_for_Figure_S1c_OD600_OD660_relationship.tsv
    251 Bytes
  • FS2_Data_for_Figure_S2_correlation_matrix.tsv
    1.49 KiB
  • T1_Data_for_Table_1_mass_TOC_TS_RSH_concentration.tsv
    1.2 KiB
  • T2_Data_for_Table_2 _mass_TOC_TS_RSH_distribution.tsv
    1.14 KiB
  • T3_Data_for_Table_3_S speciation.tsv
    731 Bytes
  • T4_Data_for_Table_4_first_shell_fits_Hg_EXAFS.tsv
    2.54 KiB
  • TS1_Data_for_Table_S1_Hg_loss.tsv
    3.26 KiB
  • TS2_Data_for_Table_S2_mass.tsv
    870 Bytes
  • TS3_Data_for_Table_S3_TOC.tsv
    982 Bytes
  • TS4_Data_for_Table S4_TS.tsv
    802 Bytes
  • TS5_Data_for_Table_S5_1st_and_2nd_shell_fits_Hg_EXAFS .tsv
    4.08 KiB

Dokumentationsfiler

  • README.txt
    16.44 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.seksko.2025.4.2-76

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Datainsamling Laboratorieexperiment

Insamlingsmetod:

Laboratorieexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Hg LIII-kantens EXAFS-spektra togs vid Diamond Light Source (strållinje I20, scanner). Dataanalys och anpassning utfördes med hjälp av WinXAS tillsammans med FEFF-7.

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2022-05-01 - 2025-04-30

Datainsamlare:

Datakälla:

  • Processer
  • Biologiska prover

Instrument

Namn:

Synkrotron-röntgenanläggning

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Beskrivning av instrument:

Synkrotron-röntgenstrålningslinje I20-skanning vid Synkrotron-röntgenanläggningen, Diamond Light Source, Storbritannien

Datainsamling Laboratorieexperiment

Insamlingsmetod:

Laboratorieexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Totalt organiskt kol och total svavelhalt kvantifierades med en elementaranalysator (Vario MACRO cube) med en relativ standardavvikelse (RSD) på 0,5%. Totalhalter av kvicksilver bestämdes genom förbränningsatomabsorptionsspektrometri med en direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone; detektionsgräns = 0,01 ng; RSD = 6%).

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2022-06-01 - 2024-10-31

Datainsamlare:

Instrument

Namn:

Elementaranalysator (Vario MACRO cube)

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Namn:

Direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone)

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Datainsamling Laboratorieexperiment

Insamlingsmetod:

Laboratorieexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Svavel K-kant XANES-spektra samlades in vid 4B7A Medium Energy X-ray Beamline vid Beijing Synchrotron Radiation Facility. Databehandling, inklusive normalisering och linjärkombinationsanpassning, utfördes med hjälp av Larch-programvarupaketet.

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2022-06-01 - 2024-12-31

Datainsamlare:

Datakälla:

  • Processer
  • Biologiska prover

Instrument

Namn:

Synkrotron-röntgenanläggning

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Beskrivning av instrument:

Synkrotron-röntgen vid 4B7A Medium Energy X-ray-strålningslinje vid Beijing Synkrotronstrålningsanläggningen

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för skogens ekologi och skötsel

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2021-00551_Formas

URI hos finansiär:

https://www.vr.se/english/swecris.html#/project/2021-00551_FormasÖppnas i en ny tabb

Projektnamn på ansökan:

Mekanismer bakom cellulärt upptag av kvicksilver (II) vid bakteriell kvicksilvermetylering

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Publikationer

Citering:

Meng F., Skyllberg U., Li Y., Hayama S., Björn E. and Song Y. (2026). Subcellular thiol functional group distribution in Geobacter sulfurreducens determined by Hg LIII-edge EXAFS. Frontiers in Microbiology, 16, 1728775. https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1728775Öppnas i en ny tabb

Kontakt

Yu Songyu.song@slu.seÖppnas i en ny tabb

Metadata

Versioner

Version:

2

DOI:

https://doi.org/10.5878/r92f-7869Öppnas i en ny tabb

  • Metadata tillagda:

    README-filen har uppdaterats med information om en ny datafil samt med en länk till den publicerade artikeln.

  • Data tillagda:

    En ytterligare datafil, ”T2_Data_for_Table_2_mass_TOC_TS_RSH_distribution.tsv”, har lagts till och redovisar den procentuella fördelningen av torrmassa, totalt organiskt kol (TOC), totalt svavel (TS) samt tiolgrupper (RSH) mellan extracellulära och subcellulära fraktioner hos G. sulfurreducens.

Publicerad:

Version:

1

DOI:

https://doi.org/10.5878/qpef-2205Öppnas i en ny tabb

Publicerad:

doris
slu
Publicerad: