Subcellular Thiol Functional Group Distribution in Geobacter sulfurreducens Determined by Hg LIII-Edge EXAFS: Research Data
https://doi.org/10.5878/r92f-7869
Detta dataset innehåller de forskningsdata som ligger till grund för artikeln ”Subcellular Thiol Functional Group Distribution in Geobacter sulfurreducens Determined by Hg LIII-Edge EXAFS”, publicerad i Frontiers in Microbiology (https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1728775).
Datasetet omfattar mätningar av subcellulär biomassa, totalt organiskt kol (TOC), totalt svavel (TS), tiolgrupper (RSH) samt spektroskopiska data (EXAFS och XANES) insamlade för att karakterisera subcellulära fraktioner av G. sulfurreducens PCA (Caccavo et al., 1994), inklusive extracellulära, periplasmiska, cytoplasmatiska och membranfraktioner.
TOC och TS kvantifierades med en elementaranalysator (Vario MACRO cube) med en relativ standardavvikelse (RSD) på 0,5 %. Totala kvicksilverkoncentrationer bestämdes med förbränningsatomabsorptionsspektrometri med en direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone; detektionsgräns = 0,01 ng; RSD = 6 %).
Svavel K-kant XANES-spektra samlades in vid 4B7A Medium Energy X-ray Beamline vid Beijing Synchrotron Radiation Facility. Databearbetning, inklusive normalisering och linjärkombinationsanpassning (LCF), utfördes med Larch-programvaran.
Hg LIII-kant EXAFS-spektra erhölls vid Diamond Light Source (Beamline I20-scanning). Dataanalys och anpassning utfördes med WinXAS i kombination med FEFF-7.
Ytterligare detaljer finns i den medföljande filen README.txt.
Ladda ner data och dokumentation (20 filer / 2.22 MiB)
Datafiler
Datafiler
- F2a_Data_for_Figure_2a_S_xanes_data_and_fitting.tsv111.35 KiB
- F3_Data_for_Figure_3_EXAFS_data_and_fitting.tsv1.49 MiB
- F4_Data_for_Figure_4_first_derivative_Hg_XANES.tsv595.34 KiB
- F5_Data_for_Figure_5 _RSH_concentration_density.tsv396 Bytes
- FS1a_Data_for_Figure_S1a_cell_growth_curve.tsv181 Bytes
- FS1b_Data_for_Figure_S1b_cell_density.tsv184 Bytes
- FS1c_Data_for_Figure_S1c_OD600_OD660_relationship.tsv251 Bytes
- FS2_Data_for_Figure_S2_correlation_matrix.tsv1.49 KiB
- T1_Data_for_Table_1_mass_TOC_TS_RSH_concentration.tsv1.2 KiB
- T2_Data_for_Table_2 _mass_TOC_TS_RSH_distribution.tsv1.14 KiB
- T4_Data_for_Table_4_first_shell_fits_Hg_EXAFS.tsv2.54 KiB
- TS5_Data_for_Table_S5_1st_and_2nd_shell_fits_Hg_EXAFS .tsv4.08 KiB
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Diarienummer hos huvudman:
- SLU.seksko.2025.4.2-76
Data innehåller personuppgifter:
Nej
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Tidsperiod(er) som undersökts:
Arter och taxon:
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Insamlingsmetod:
Laboratorieexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Hg LIII-kantens EXAFS-spektra togs vid Diamond Light Source (strållinje I20, scanner). Dataanalys och anpassning utfördes med hjälp av WinXAS tillsammans med FEFF-7.
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2022-05-01 - 2025-04-30
Datainsamlare:
- Sveriges lantbruksuniversitet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Datakälla:
- Processer
- Biologiska prover
Instrument
Instrument
Namn:
Synkrotron-röntgenanläggning
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Beskrivning av instrument:
Synkrotron-röntgenstrålningslinje I20-skanning vid Synkrotron-röntgenanläggningen, Diamond Light Source, Storbritannien
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Insamlingsmetod:
Laboratorieexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Totalt organiskt kol och total svavelhalt kvantifierades med en elementaranalysator (Vario MACRO cube) med en relativ standardavvikelse (RSD) på 0,5%.
Totalhalter av kvicksilver bestämdes genom förbränningsatomabsorptionsspektrometri med en direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone; detektionsgräns = 0,01 ng; RSD = 6%).
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2022-06-01 - 2024-10-31
Datainsamlare:
- Sveriges lantbruksuniversitet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Instrument
Instrument
Namn:
Elementaranalysator (Vario MACRO cube)
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Namn:
Direktkvicksilveranalysator (DMA-80, Milestone)
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Insamlingsmetod:
Laboratorieexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Svavel K-kant XANES-spektra samlades in vid 4B7A Medium Energy X-ray Beamline vid Beijing Synchrotron Radiation Facility. Databehandling, inklusive normalisering och linjärkombinationsanpassning, utfördes med hjälp av Larch-programvarupaketet.
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2022-06-01 - 2024-12-31
Datainsamlare:
- Sveriges lantbruksuniversitet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Datakälla:
- Processer
- Biologiska prover
Instrument
Instrument
Namn:
Synkrotron-röntgenanläggning
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Beskrivning av instrument:
Synkrotron-röntgen vid 4B7A Medium Energy X-ray-strålningslinje vid Beijing Synkrotronstrålningsanläggningen
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för skogens ekologi och skötsel
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Forskningsrådet för Miljö, Areella Näringar och Samhällsbyggande
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
2021-00551_Formas
URI hos finansiär:
Projektnamn på ansökan:
Mekanismer bakom cellulärt upptag av kvicksilver (II) vid bakteriell kvicksilvermetylering
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Meng F., Skyllberg U., Li Y., Hayama S., Björn E. and Song Y. (2026). Subcellular thiol functional group distribution in Geobacter sulfurreducens determined by Hg LIII-edge EXAFS. Frontiers in Microbiology, 16, 1728775. https://doi.org/10.3389/fmicb.2025.1728775
Versioner
Versioner
Version:
2
Metadata tillagda:
README-filen har uppdaterats med information om en ny datafil samt med en länk till den publicerade artikeln.Data tillagda:
En ytterligare datafil, ”T2_Data_for_Table_2_mass_TOC_TS_RSH_distribution.tsv”, har lagts till och redovisar den procentuella fördelningen av torrmassa, totalt organiskt kol (TOC), totalt svavel (TS) samt tiolgrupper (RSH) mellan extracellulära och subcellulära fraktioner hos G. sulfurreducens.
Publicerad:
Metadata
Metadata
Versioner
Versioner
Version:
2
Metadata tillagda:
README-filen har uppdaterats med information om en ny datafil samt med en länk till den publicerade artikeln.Data tillagda:
En ytterligare datafil, ”T2_Data_for_Table_2_mass_TOC_TS_RSH_distribution.tsv”, har lagts till och redovisar den procentuella fördelningen av torrmassa, totalt organiskt kol (TOC), totalt svavel (TS) samt tiolgrupper (RSH) mellan extracellulära och subcellulära fraktioner hos G. sulfurreducens.
Publicerad:
