Cellulära immun-endofenotyper som separerar myastenia gravis med tidig och sen debut
https://doi.org/10.48723/9gg8-ry45
Detta dataset består av single-cell-omics-filer från 16 individer med myastenia gravis i olika stadier av sjukdomen och med varierande debutålder. Proverna har analyserats 8+8 på ett 10X Genomics Chromium 3.0-system (https://www.10xgenomics.com/platforms/chromium) under två på varandra följande dagar och har sekvenserats i samma körning på ett NovaSeq-instrument (https://www.illumina.com/systems/sequencing-platforms/novaseq.html). För varje av de två experimentdagarna har datan först märkts med hash-taggar och därefter blandats. För att ytterligare komplicera det hela finns tre uppsättningar filer (= tre 10X-serienummer) för varje dag, där varje uppsättning innehåller celler som är en hashad blandning av alla åtta individer från den dagen. Vidare finns fyra olika typer av data tillgängliga för varje cell: RNA-sekvenser (GE), B-cellsreceptorsekvenser (ENRB), T-cellsreceptorsekvenser (ENRT) och RNA-märkta ytantikroppar för proteinbindning (HTO). Den sista delen innehåller ett set med 10 linjemarkör-antikroppar samt de så kallade "hashing"-antikropparna. Dessutom, med tanke på att varje filuppsättning består av fyra lanes, och varje lane har en fil per riktning, blir det totala antalet filer 6×4×4×2 = 192 filer.
De två stora undergrupperna av myastenia gravis (MG), en autoimmun sjukdom mot den neuromuskulära övergången, som är förknippad med muskelsvaghet, är Early- och Late onset MG, definierade utifrån debut före eller efter 50 års ålder. Båda formerna har autoantikroppar mot acetylkolinreceptorn, men skiljer sig åt vad gäller könsfördelning, genetik och förekomst av sjukdomsspecifik inflammation i thymus. Genom att använda multimodala tekniker, inklusive djup spektral cytometrisk fenotypning och sekvensering på enkelcellsnivå av perifert blod och thymusceller, undersökte vi möjligheten att särskilja de två formerna genom cellulär immunfenotypning. Se den engelska texten för ytterligare information.
Datasetet består av 192 filer i fastq-format, komprimerade med gzip, samt 42 filer i andra format (pdf, csv, docx och txt). Se dokumentationsfilerna Readme.txt och file_list.csv för mer information. Datasetets totala storlek är ca 450 GiB.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Singel-cell-RNA-sekvenseringsdata som teoretiskt kan kopplas till den enskilda individen på grund av den individunika kombinationer av genetiska normalvarianter. Datan är också pseudonymiserad.
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Patienter med myasthenia gravis utan pågående immunomodulerande behandling men där 5/16 har genomgått tymektomi.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Observationsstudie
- Experimentell studie
- Diagnostisk studie
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Proverna har valts ut baserat på tillgänglighet från en existerande biobank av ämyastenia gravis-patientprover.
Tidsperiod(er) som undersökts:
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Stockholm Council Biobank
Typ(er) av prov:
Mononukleära celler från perifert blod
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Geografisk beskrivning:
Proverna har alla samlats in på Karolinska Universitetssjukhusets neurologklinik.
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för klinisk neurovetenskap
Övriga forskningshuvudmän:
Uppdragsgivare:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Identifierare
Identifierare
Github page:
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2024-02236-02
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
2023-00533_VR
Projektnamn på ansökan:
Karaktärisering och optimering av vårdförloppet vid myastenia gravis
Information om finansiering:
Myasthenia gravis (MG) är en sällsynt kronisk autoimmun sjukdom som påverkar skelettmusklerna i kroppen, vilket resulterar i muskelsvaghet som kan vara alltifrån mild till livshotande. Det vanligaste är att man kan påvisa antikroppar i blodet mot ett muskelcellsprotein, acetylkolinreceptorn, och bland dessa kan åtminstone tre underformer urskiljas; tidigt debuterande MG (early onset MG; EOMG), sent debuterande MG (late onset MG; LOMG) och MG associerat med tymom, en tumör i tymuskörteln. Det finns ytterligare två former av MG, där man bär antikroppar som känner igen andra muskelproteiner. Hos 10-20% kan man inte detektera någon av idag kända MG-associerade antikroppar. För att mildra det fortsatt sjukdomsförloppet kommer de flesta som insjuknar med MG att behöva immunmodulerande behandlingar, av vilka få är formellt godkända för MG. I internationella behandlingsriktlinjer rekommenderas användning av kortison i höga doser och under lång tid, vilket är starkt kopplat till olika typer av biverkningar. Det finns därför ett stort behov av att studera nytta-riskbalansen med de behandlingar som idag används för MG. Samtidigt är kunskapen om hur MG påverkar hälsotillståndet och risk för samsjuklighet under sjukdomsförloppet fortfarande starkt begränsad. I detta projekt kommer vi att kombinera högkvalitativa epidemiologiska undersökningar med experimentella studier för att hitta verktyg för att bättre karaktärisera olika former av MG, samt förbättra kunskapen om prognosen för MG i relation till olika behandlingar. Studien genomförs som ett samarbete mellan forskargrupper i Italien, Polen, Schweiz, Spanien och Sverige. Som ett första steg kommer vi att generera mer exakta data om hur många som diagnostiseras varje år med hjälp av rikstäckande sjukvårdsdata. Sådana data kommer också att användas för att studera sjukdomsförloppet under åren efter diagnos, där vi kommer att kunna registrera mått på sjukdomsbördan såsom samsjuklighet, sjukskrivningar, användning av receptbelagda läkemedel och risk för död i relation till kontroller som inte har MG i befolkningen. Vår hypotes är att olika former av MG beter sig olika när det gäller prognos och behandlingssvar, där ett särskilt fokus kommer att vara att undersöka om avlägsnande av tymuskörteln är effektivt vid EOMG men inte LOMG, och att de två underformerna kan separeras genom ett blodprov. Vi antar också att blodprover, såsom funktionella egenskaper hos sjukdomsassocierade antikroppar, kan identifiera de som löper risk att drabbas av allvarlig sjukdom. Slutligen kommer vi att undersöka om snabb insättning av effektiv behandling efter diagnos, i synnerhet ett läkemedel som eliminerar en typ av vita blodkroppar (B-celler), gör att det långsiktiga sjukdomsförloppet blir mer gynnsamt jämfört med vad som idag är vedertagen praxis. Sammantaget är det högst sannolikt att den kunskap som genereras inom ramen för projektet kommer att påverka våra riktlinjer för behandling av MG och därmed förbättra hälsotillståndet för de som drabbas.
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
Relationer
Relationer
Webbplats:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Theorell J, Ruffin N, Fower A, Sorini C, Ambrose P, Damato V, Handunnetthi L, Leite I, Irani SR, Brauner S, Handel AE, Piehl F. Cellular immune endophenotypes separating early and late-onset myasthenia gravis. JCI Insight. 2025 Nov 27:e199679. doi: 10.1172/jci.insight.199679.
