Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Kod och data för "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis"

https://doi.org/10.48723/vany-1s63
Denna datauppsättning består av kod för att reproducera siffrorna och statistiska analyserna från "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis" och dess indata. Koden (scripts.zip) är öppet tillgänglig. Filerna i mappen "data" innehåller personuppgifter och kan endast nås efter att en bedömningsprocess har slutförts. Det finns 12 R-skriptfiler i scripts.zip, och indata för dessa skript finns i mappen "data". Indata lagras i text-, Newick- eller RDS-format. "Data" innehåller 65 filer på totalt cirka 247 MB. Filstorleken och sökvägen för varje fil i "data" finns i filen Data_file_list.txt. För information om varje fil och instruktioner om hur du kör koden, se README.pdf.
Ladda ner dokumentation (3 filer / 242.38 KiB)

Dokumentationsfiler

  • Data_file_list.txt
    2.64 KiB
  • README.pdf
    175.02 KiB
  • scripts.zip
    64.72 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Genetiska data (somatiska mutationer)

Kodnyckel existerar:

Ja

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Population:

Friska individer med rigorösa inklusionskriterier som säkerställer frånvaron av nuvarande eller tidigare blodsjukdomar eller cancer och utan pågående behandling med immunsuppressiva eller andra läkemedel som sannolikt påverkar hematopoesen.

Tidsdimension:

Studiedesign:

  • Experimentell studie

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

Med hjälp av benmärgsaspirationsprover insamlade från donatorer utförde vi felkorrigerad riktad DNA-infångningssekvensering (ECTS), hel-exomsekvensering eller helgenomsekvensering av en enda koloni för att erhålla mutationslistor.

Tidsperiod(er) som undersökts:

Antal individer/​objekt:

93

Dataformat/​datastruktur:

Prover/material Nya från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Karolinska Institutet MDS Biobank

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)

Uppdragsgivare:

  • Karolinska Institutet

Etikprövning:

Stockholm - 2018/901-31

Studier av ärftliga och förvärvade sjukdomsmekanismer vid myelodysplastiskt och myelodysplastiskt / myeloproliferativt syndrom, MDS-relaterad AML samt angränsande hematologiska tillstånd med behov av förbättrad differentialdiagnostik. Den senast uppdaterade versionen är 2025-01131-02 (Stockholm).

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

KAW 2016.0105, 2015.0195

Finansiär:

  • Tobias Stiftelsen

Referensnummer:

4-1122/2014

Finansiär:

Finansiär:

Referensnummer:

613/06

Finansiär:

Referensnummer:

538-2013-8995, 2015-03561

Finansiär:

Referensnummer:

MC_UU_12009/5

Finansiär:

Referensnummer:

22 2178 Pj

Finansiär:

Referensnummer:

224132, 244282

Finansiär:

  • Dr Åke Olssons stiftelse

Referensnummer:

2021-00087

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Relaterade forskningsdata:

Publikationer

Citering:

Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F. et al. Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis. Nat Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41588-025-02405-wÖppnas i en ny tabb

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
ki
Publicerad:|Uppdaterad: