Kod och data för "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis"
https://doi.org/10.48723/vany-1s63
Denna datauppsättning består av kod för att reproducera siffrorna och statistiska analyserna från "Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis" och dess indata. Koden (scripts.zip) är öppet tillgänglig. Filerna i mappen "data" innehåller personuppgifter och kan endast nås efter att en bedömningsprocess har slutförts. Det finns 12 R-skriptfiler i scripts.zip, och indata för dessa skript finns i mappen "data". Indata lagras i text-, Newick- eller RDS-format. "Data" innehåller 65 filer på totalt cirka 247 MB. Filstorleken och sökvägen för varje fil i "data" finns i filen Data_file_list.txt. För information om varje fil och instruktioner om hur du kör koden, se README.pdf.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Genetiska data (somatiska mutationer)
Kodnyckel existerar:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Friska individer med rigorösa inklusionskriterier som säkerställer frånvaron av nuvarande eller tidigare blodsjukdomar eller cancer och utan pågående behandling med immunsuppressiva eller andra läkemedel som sannolikt påverkar hematopoesen.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Experimentell studie
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Med hjälp av benmärgsaspirationsprover insamlade från donatorer utförde vi felkorrigerad riktad DNA-infångningssekvensering (ECTS), hel-exomsekvensering eller helgenomsekvensering av en enda koloni för att erhålla mutationslistor.
Tidsperiod(er) som undersökts:
Antal individer/objekt:
93
Dataformat/datastruktur:
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Karolinska Institutet MDS Biobank
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för medicin, Huddinge / Centrum för hematologi och regenerativ medicin (HERM)
Uppdragsgivare:
- Karolinska Institutet
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Stockholms etikprövningsnämnd
Diarienummer:
2018/901-31
Information om etikprövning:
Studier av ärftliga och förvärvade sjukdomsmekanismer vid myelodysplastiskt och myelodysplastiskt / myeloproliferativt syndrom, MDS-relaterad AML samt angränsande hematologiska tillstånd med behov av förbättrad differentialdiagnostik.
Den senast uppdaterade versionen är 2025-01131-02 (Stockholm).
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
KAW 2016.0105, 2015.0195
Finansiär:
- Tobias Stiftelsen
Referensnummer:
4-1122/2014
Finansiär:
- Torsten Söderbergs Stiftelse
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Finansiär:
- Centrum för innovativ medicin (CIMED) vid Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
613/06
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
538-2013-8995, 2015-03561
Finansiär:
- Medical Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
MC_UU_12009/5
Finansiär:
- Cancerfonden
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
22 2178 Pj
Finansiär:
- Radiumhemmets Forskningsfonder
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Referensnummer:
224132, 244282
Finansiär:
- Dr Åke Olssons stiftelse
Referensnummer:
2021-00087
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Relationer
Relationer
Relaterade forskningsdata:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Yoshizato, T., Nilsson, C., Grasso, F. et al. Stable clonal contribution of lineage-restricted stem cells to human hematopoiesis. Nat Genet (2025). https://doi.org/10.1038/s41588-025-02405-w
