5PSeq Explorer-datafrysning

Vicent Pelechano

doi:10.48723/zchv-5x22

5PSeq Explorer-datafrysning

https://doi.org/10.48723/zchv-5x22

Denna datafrysning medföljer 5PSeq Explorer och innehåller 775 5PSeq-dataset sammanställda från 18 publicerade studier som undersöker olika aspekter av biologi vid gränssnittet mellan mRNA-sönderfall och translation, inklusive både genetiska och miljömässiga störningar. För att möjliggöra jämförelse mellan olika förhållanden och mellan arter bearbetade vi all data enhetligt (se Metoder). Den genererade databasen består av: (1) metadata, (2) råa bearbetade räkningsfiler för aminosyra, kodon, rampreferenser, metagenräkningar kring start- och termineringsställen, ytterligare räkningsfiler som dokumenterats i Fivepseq-paketets utdatadokumentation och (3) RNA-sammansättning. För eukaryoter består samlingen av 378 jästprover (Ascomycota phylum) med en överrepresentation för Saccharomyces cerevisiae (n = 340). För bakterier tillhandahåller vi 397 prover från Actinomycetota, Bacillota, Bacteroides, Bacteroidota, Proteobacteria, Pseudomonadota och Verrucomicrobiota phyla med en överrepresentation för Bacillus subtilis (n=67) och Aggregatibacter actinomycetemcomitans (n=59).

Ladda ner data och dokumentation (3 filer / 2.56 GiB)

Datafiler

5PSeqExplorer-Data.tar.gz
2.56 GiB
5PSeqExplorer-Data.tar.gz.sha256
92 Bytes

Dokumentationsfiler

README.txt
13.34 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Data är öppet tillgängliga

Skapare/primärforskare:

Irene Stevens - Karolinska Universitet - Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi
Öppnar nytt fönster hos orcid.org.
ORCIDÖppnas i en ny tabb
Vicent Pelechano - Karolinska Institutet - Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi
Öppnar nytt fönster hos orcid.org.
ORCIDÖppnas i en ny tabb

Forskningshuvudman:

Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Creative Commons Public domain-dedikation (CC0 1.0)Öppnas i en ny tabb

Språk:

Engelska

Metod och utfall

Analysenhet:

Celler

Population:

Molekylära data (775 5PSeq-dataset) insamlade från 18 publicerade studier som undersöker olika mRNA-sönderfall och translation över genetiska och miljömässiga störningar. För eukaryoter består samlingen av 378 jästprover (Ascomycota-stammen) med en överrepresentation av Saccharomyces cerevisiae (n=340). För bakterier tillhandahåller vi 397 prover från Actinomycetota, Bacillota, Bacteroides, Bacteroidota, Proteobacteria, Pseudomonadota och Verrucomicrobiota-stammen med en överrepresentation av Bacillus subtilis (n=67) och Aggregatibacter actinomycetemcomitans (n=59).

Tidsdimension:

Övrigt

Studiedesign:

Preklinisk studie

Beskrivning av studiedesign:

Sammanställda offentliga sekvenseringsdatauppsättningar

Urvalsmetod:

Övrigt

Beskrivning av urval:

En samling av publicerade molekylära data bearbetades enhetligt och bygger på urval utfört av den ursprungliga studien.

Tidsperiod(er) som undersökts:

2015 - 2024

Variabler:

Antal individer/objekt:

775

Dataformat/datastruktur:

Numeriska
Text

Datainsamling - Experiment

Insamlingsmetod:

Experiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Information om datainsamling för varje post finns i den bifogade metadatafilen. Biblioteksförberedelseprotokollet för 5Pseq, och vilken version av protokollet som används, anges i metadata (bifogad fil). Alla poster åtföljs av ett GEO_ID, SRA_ID och PubMed-ID för en detaljerad registrering av bioprovet, insamlingen och de experimentella detaljerna.

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2015 - 2024

Datainsamlare:

Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Urvalsstorlek:

775

Datakälla:

Forskningsdata
Forskningsdata: Publicerade

Instrument

Namn:

Illumina NextSeq 2000

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Namn:

Illumina NextSeq 500

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Namn:

Illumina NovaSeq 6000

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Namn:

Illumina HiSeq 2000

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Namn:

Illumina MiSeq

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi

Uppdragsgivare:

Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Finansiering

Finansiär:

Swedish Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Referensnummer:

VR 2021-06112, 2022-05272, 2023-02026 and 2024-03210

Finansiär:

Wallenberg Academy Fellowship
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Referensnummer:

2021.0167

Finansiär:

Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb

Referensnummer:

SciLifeLab, SFO, KID and KI funds

Ämnesområde och nyckelord

CESSDA Topic Classification:

Vetenskap och teknologi
Bioteknik

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Medicin och hälsovetenskap
Medicinsk genetik och genomik
Cell- och molekylärbiologi

Nyckelord:

Utredningsmetoder
Genuttrycksprofilering
Rna
Rna sequencing

Relationer

Hemsida:

https://fivepseq-explorer.serve.scilifelab.se/app/fivepseq-explorerÖppnas i en ny tabb

Är dokumenterad av:

https://5pseq-explorer-docs.readthedocs.io/en/latest/index.htmlÖppnas i en ny tabb

Är härledd från:

https://github.com/irenestevens8/5Pseq-ExplorerÖppnas i en ny tabb

Publikationer

Citering:

Allen, G., Weiss, B., Panasenko, O. O., Huch, S., Villanyi, Z., Albert, B., Dilg, D., Zagatti, M., Schaughency, P., Liao, S. E., Corden, J., Polte, C., Shore, D., Ignatova, Z., Pelechano, V., & Collart, M. A. (2023). Not1 and Not4 inversely determine mRNA solubility tol.bhat sets the dynamics of co-translational events. Genome Biology, 24(1), 30. https://doi.org/10.1186/s13059-023-02871-7Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1186/s13059-023-02871-7Öppnas i en ny tabb

Citering:

Pelechano, V., Wei, W., & Steinmetz, L. M. (2015). Widespread Co-translational RNA Decay Reveals Ribosome Dynamics. Cell, 161(6), 1400–1412. https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.008Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.cell.2015.05.008Öppnas i en ny tabb

Citering:

Zhang, Y., & Pelechano, V. (2021). Application of high-throughput 5’P sequencing for the study of co-translational mRNA decay. In STAR PROTOCOLS (Vol. 2, Issue 2, pp. 100447–100447). https://doi.org/10.1016/j.xpro.2021.100447Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.xpro.2021.100447Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:462699Öppnas i en ny tabb

Citering:

Pelechano, V., & Alepuz, P. (2017). eIF5A facilitates translation termination globally and promotes the elongation of many non polyproline-specific tripeptide sequences. In NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Vol. 45, Issue 12, pp. 7326–7338). https://doi.org/10.1093/nar/gkx479Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1093/nar/gkx479Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:496546Öppnas i en ny tabb

Citering:

Wei, W., Hennig, B., Wang, J., Zhang, Y., Piazza, I., Sanchez, Y., Chabbert, C., Adjalley, S., Steinmetz, L., & Pelechano, V. (2019). Chromatin-sensitive cryptic promoters putatively drive expression of alternative protein isoforms in yeast. In GENOME RESEARCH (Vol. 29, Issue 12, pp. 1974–1984). https://doi.org/10.1101/gr.243378.118Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1101/gr.243378.118Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:475566Öppnas i en ny tabb

Citering:

Huch, S., Nersisyan, L., Ropat, M., Barrett, D., Wu, M., Wang, J., Valeriano, V., Vardazaryan, N., Huerta-Cepas, J., & Wei, W. (2023). Atlas of mRNA translation and decay for bacteria. In NATURE MICROBIOLOGY (Vol. 8, Issue 6, pp. 1123–1136). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01393-zÖppnas i en ny tabb

DOI:
10.1038/s41564-023-01393-zÖppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:445890Öppnas i en ny tabb

Citering:

Jordan-Pla, A., Zhang, Y., Garcia-Martinez, J., Chattopadhyay, S., Forte, A., Choder, M., Pelechano, V., & Perez-Ortin, J. (2025). Proper 5′-3′ cotranslational mRNA decay in yeast requires import of Xrn1 to the nucleus. In PLOS ONE (Vol. 20, Issue 1, pp. e0308195–e0308195). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0308195Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1371/journal.pone.0308195Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:901940Öppnas i en ny tabb

Citering:

Zeng, F., Li, X., Pires-Alves, M., Chen, X., Hawk, C. W., & Jin, H. (2021). Conserved heterodimeric GTPase Rbg1/Tma46 promotes efficient translation in eukaryotic cells. Cell Reports, 37(4), 109877. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109877Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.celrep.2021.109877Öppnas i en ny tabb

Citering:

Rodriguez-Galan, O., Garcia-Gomez, J., Rosado, I., Wei, W., Mendez-Godoy, A., Pillet, B., Alekseenko, A., Steinmetz, L., Pelechano, V., & Kressler, D. (2020). A functional connection between translation elongation and protein folding at the ribosome exit tunnel in Saccharomyces cerevisiae. In NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Vol. 49, Issue 1, pp. 206–220). https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1200Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1093/nar/gkaa1200Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:465782Öppnas i en ny tabb

Citering:

Zhang, Y., Nersisyan, L., Fürst, E., Alexopoulos, I., Santolaria, C., Huch, S., Bassot, C., Garre, E., Sunnerhagen, P., Piazza, I., & Pelechano, V. (2025). Ribosomes modulate transcriptome abundance via generalized frameshift and out-of-frame mRNA decay. In Molecular Cell (Vol. 85, Issue 10). https://doi.org/10.1016/j.molcel.2025.04.022Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.molcel.2025.04.022Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:gup.ub.gu.se/350230Öppnas i en ny tabb

Citering:

Stevens, I., Silao, F.-G. S., Huch, S., Liu, H., Ryman, K., Carvajal-Jimenez, A., Ljungdahl, P., & Pelechano, V. (2024). The early transcriptional and post-transcriptional responses to fluconazole in sensitive and resistant Candida albicans. In Scientific Reports (No. 29012; Vol. 14, Issue 1). https://doi.org/10.1038/s41598-024-80435-wÖppnas i en ny tabb

URN:
urn:nbn:se:su:diva-240803Öppnas i en ny tabb
DOI:
10.1038/s41598-024-80435-wÖppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:DiVA.org:su-240803Öppnas i en ny tabb

Citering:

Turnbull, K., Paternoga, H., von, der W. E., Egorov, A., Pochopien, A., Zhang, Y., Nersisyan, L., Margus, T., Johansson, M., & Pelechano, V. (2024). The ABCF ATPase New1 resolves translation termination defects associated with specific tRNAArg and tRNALys isoacceptors in the P site. In BIORXIV. https://doi.org/10.1101/2024.05.29.596377Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1101/2024.05.29.596377Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:871626Öppnas i en ny tabb

Citering:

Allen, G., Panasenko, O., Villanyi, Z., Zagatti, M., Weiss, B., Pagliazzo, L., Huch, S., Polte, C., Zahoran, S., & Hughes, C. (2021). Not4 and Not5 modulate translation elongation by Rps7A ubiquitination, Rli1 moonlighting, and condensates that exclude eIF5A. In CELL REPORTS (Vol. 36, Issue 9, pp. 109633–109633). https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109633Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.celrep.2021.109633Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:459365Öppnas i en ny tabb

Citering:

Garre, E., Pelechano, V., Sánchez Del Pino, M., Alepuz, P., & Sunnerhagen, P. (2018). The Lsm1-7/Pat1 complex binds to stress-activated mRNAs and modulates the response to hyperosmotic shock. PLoS Genetics, 14(7), e1007563. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007563Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1371/journal.pgen.1007563Öppnas i en ny tabb

Citering:

da, S. P., Zhang, Y., Theodorakis, E., Martens, L., Yepez, V., Pelechano, V., & Gagneur, J. (2024). Cellular energy regulates mRNA degradation in a codon-specific manner. In MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY (Vol. 20, Issue 5, pp. 506–520). https://doi.org/10.1038/s44320-024-00026-9Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1038/s44320-024-00026-9Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:852942Öppnas i en ny tabb

Citering:

Zhang, Y., & Pelechano, V. (2021). High-throughput 5’P sequencing enables the study of degradation-associated ribosome stalls. In CELL REPORTS: METHODS (Vol. 1, Issue 1, pp. 100001–100001). https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100001Öppnas i en ny tabb

DOI:
10.1016/j.crmeth.2021.100001Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:453805Öppnas i en ny tabb

Citering:

Tseng, S. C. (2019). Regulation of RNA Synthesis and Decay via the C-terminal Domain of Pol II. https://asset.library.wisc.edu/1711.dl/52QPBQLOXUAEI8C/R/file-ae24a.pdfÖppnas i en ny tabb

Kontakt

Irene Stevensirene.stevens@ki.seÖppnas i en ny tabb

Metadata

Valt format att exportera metadatan.

Version 1

5PSeq Explorer-datafrysning

Datafiler

Dokumentationsfiler

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Tidsdimension:

Studiedesign:

Beskrivning av studiedesign:

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

Tidsperiod(er) som undersökts:

Variabler:

Antal individer/objekt:

Dataformat/datastruktur:

Datainsamling - Experiment

Insamlingsmetod:

Beskrivning av insamlingsmetod:

Tidsperiod(er) för datainsamling:

Datainsamlare:

Urvalsstorlek:

Datakälla:

Instrument

Namn:

Typ:

Namn:

Typ:

Namn:

Typ:

Namn:

Typ:

Namn:

Typ:

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Uppdragsgivare:

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

Finansiär:

Referensnummer:

Finansiär:

Referensnummer:

Ämnesområde och nyckelord

CESSDA Topic Classification:

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Hemsida:

Är dokumenterad av:

Är härledd från:

Publikationer

Citering:

DOI:

Citering:

DOI:

Citering:

DOI:

SwePub:

Citering:

DOI:

SwePub:

Citering:

DOI:

SwePub:

Citering:

DOI:

SwePub:

Citering:

DOI:

SwePub:

Citering: