5PSeq Explorer-datafrysning
https://doi.org/10.48723/zchv-5x22
Denna datafrysning medföljer 5PSeq Explorer och innehåller 775 5PSeq-dataset sammanställda från 18 publicerade studier som undersöker olika aspekter av biologi vid gränssnittet mellan mRNA-sönderfall och translation, inklusive både genetiska och miljömässiga störningar. För att möjliggöra jämförelse mellan olika förhållanden och mellan arter bearbetade vi all data enhetligt (se Metoder). Den genererade databasen består av: (1) metadata, (2) råa bearbetade räkningsfiler för aminosyra, kodon, rampreferenser, metagenräkningar kring start- och termineringsställen, ytterligare räkningsfiler som dokumenterats i Fivepseq-paketets utdatadokumentation och (3) RNA-sammansättning.
För eukaryoter består samlingen av 378 jästprover (Ascomycota phylum) med en överrepresentation för Saccharomyces cerevisiae (n = 340). För bakterier tillhandahåller vi 397 prover från Actinomycetota, Bacillota, Bacteroides, Bacteroidota, Proteobacteria, Pseudomonadota och Verrucomicrobiota phyla med en överrepresentation för Bacillus subtilis (n=67) och Aggregatibacter actinomycetemcomitans (n=59).
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Nej
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Molekylära data (775 5PSeq-dataset) insamlade från 18 publicerade studier som undersöker olika mRNA-sönderfall och translation över genetiska och miljömässiga störningar. För eukaryoter består samlingen av 378 jästprover (Ascomycota-stammen) med en överrepresentation av Saccharomyces cerevisiae (n=340). För bakterier tillhandahåller vi 397 prover från Actinomycetota, Bacillota, Bacteroides, Bacteroidota, Proteobacteria, Pseudomonadota och Verrucomicrobiota-stammen med en överrepresentation av Bacillus subtilis (n=67) och Aggregatibacter actinomycetemcomitans (n=59).
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Preklinisk studie
Beskrivning av studiedesign:
Sammanställda offentliga sekvenseringsdatauppsättningar
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
En samling av publicerade molekylära data bearbetades enhetligt och bygger på urval utfört av den ursprungliga studien.
Tidsperiod(er) som undersökts:
Variabler:
18
Antal individer/objekt:
775
Datainsamling - Experiment
Datainsamling - Experiment
Insamlingsmetod:
Experiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Information om datainsamling för varje post finns i den bifogade metadatafilen. Biblioteksförberedelseprotokollet för 5Pseq, och vilken version av protokollet som används, anges i metadata (bifogad fil). Alla poster åtföljs av ett GEO_ID, SRA_ID och PubMed-ID för en detaljerad registrering av bioprovet, insamlingen och de experimentella detaljerna.
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2015 - 2024
Datainsamlare:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Urvalsstorlek:
775
Datakälla:
- Forskningsdata
- Forskningsdata: Publicerade
Instrument
Instrument
Namn:
Illumina NextSeq 2000
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Namn:
Illumina NextSeq 500
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Namn:
Illumina NovaSeq 6000
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Namn:
Illumina HiSeq 2000
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Namn:
Illumina MiSeq
Typ:
Tekniskt/-a instrument
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi
Uppdragsgivare:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Swedish Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
VR 2021-06112, 2022-05272, 2023-02026 and 2024-03210
Finansiär:
- Wallenberg Academy Fellowship
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2021.0167
Finansiär:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
SciLifeLab, SFO, KID and KI funds
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
CESSDA Topic Classification:
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Allen, G., Weiss, B., Panasenko, O. O., Huch, S., Villanyi, Z., Albert, B., Dilg, D., Zagatti, M., Schaughency, P., Liao, S. E., Corden, J., Polte, C., Shore, D., Ignatova, Z., Pelechano, V., & Collart, M. A. (2023). Not1 and Not4 inversely determine mRNA solubility tol.bhat sets the dynamics of co-translational events. Genome Biology, 24(1), 30. https://doi.org/10.1186/s13059-023-02871-7Öppnas i en ny tabb
Citering:
Pelechano, V., Wei, W., & Steinmetz, L. M. (2015). Widespread Co-translational RNA Decay Reveals Ribosome Dynamics. Cell, 161(6), 1400–1412. https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.008Öppnas i en ny tabb
Citering:
Zhang, Y., & Pelechano, V. (2021). Application of high-throughput 5’P sequencing for the study of co-translational mRNA decay. In STAR PROTOCOLS (Vol. 2, Issue 2, pp. 100447–100447). https://doi.org/10.1016/j.xpro.2021.100447Öppnas i en ny tabb
Citering:
Pelechano, V., & Alepuz, P. (2017). eIF5A facilitates translation termination globally and promotes the elongation of many non polyproline-specific tripeptide sequences. In NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Vol. 45, Issue 12, pp. 7326–7338). https://doi.org/10.1093/nar/gkx479Öppnas i en ny tabb
Citering:
Wei, W., Hennig, B., Wang, J., Zhang, Y., Piazza, I., Sanchez, Y., Chabbert, C., Adjalley, S., Steinmetz, L., & Pelechano, V. (2019). Chromatin-sensitive cryptic promoters putatively drive expression of alternative protein isoforms in yeast. In GENOME RESEARCH (Vol. 29, Issue 12, pp. 1974–1984). https://doi.org/10.1101/gr.243378.118Öppnas i en ny tabb
Citering:
Huch, S., Nersisyan, L., Ropat, M., Barrett, D., Wu, M., Wang, J., Valeriano, V., Vardazaryan, N., Huerta-Cepas, J., & Wei, W. (2023). Atlas of mRNA translation and decay for bacteria. In NATURE MICROBIOLOGY (Vol. 8, Issue 6, pp. 1123–1136). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01393-zÖppnas i en ny tabb
Citering:
Jordan-Pla, A., Zhang, Y., Garcia-Martinez, J., Chattopadhyay, S., Forte, A., Choder, M., Pelechano, V., & Perez-Ortin, J. (2025). Proper 5′-3′ cotranslational mRNA decay in yeast requires import of Xrn1 to the nucleus. In PLOS ONE (Vol. 20, Issue 1, pp. e0308195–e0308195). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0308195Öppnas i en ny tabb
Citering:
Zeng, F., Li, X., Pires-Alves, M., Chen, X., Hawk, C. W., & Jin, H. (2021). Conserved heterodimeric GTPase Rbg1/Tma46 promotes efficient translation in eukaryotic cells. Cell Reports, 37(4), 109877. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109877Öppnas i en ny tabb
Citering:
Rodriguez-Galan, O., Garcia-Gomez, J., Rosado, I., Wei, W., Mendez-Godoy, A., Pillet, B., Alekseenko, A., Steinmetz, L., Pelechano, V., & Kressler, D. (2020). A functional connection between translation elongation and protein folding at the ribosome exit tunnel in Saccharomyces cerevisiae. In NUCLEIC ACIDS RESEARCH (Vol. 49, Issue 1, pp. 206–220). https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1200Öppnas i en ny tabb
Citering:
Zhang, Y., Nersisyan, L., Fürst, E., Alexopoulos, I., Santolaria, C., Huch, S., Bassot, C., Garre, E., Sunnerhagen, P., Piazza, I., & Pelechano, V. (2025). Ribosomes modulate transcriptome abundance via generalized frameshift and out-of-frame mRNA decay. In Molecular Cell (Vol. 85, Issue 10). https://doi.org/10.1016/j.molcel.2025.04.022Öppnas i en ny tabb
Citering:
Stevens, I., Silao, F.-G. S., Huch, S., Liu, H., Ryman, K., Carvajal-Jimenez, A., Ljungdahl, P., & Pelechano, V. (2024). The early transcriptional and post-transcriptional responses to fluconazole in sensitive and resistant Candida albicans. In Scientific Reports (No. 29012; Vol. 14, Issue 1). https://doi.org/10.1038/s41598-024-80435-wÖppnas i en ny tabb
Citering:
Turnbull, K., Paternoga, H., von, der W. E., Egorov, A., Pochopien, A., Zhang, Y., Nersisyan, L., Margus, T., Johansson, M., & Pelechano, V. (2024). The ABCF ATPase New1 resolves translation termination defects associated with specific tRNAArg and tRNALys isoacceptors in the P site. In BIORXIV. https://doi.org/10.1101/2024.05.29.596377Öppnas i en ny tabb
Citering:
Allen, G., Panasenko, O., Villanyi, Z., Zagatti, M., Weiss, B., Pagliazzo, L., Huch, S., Polte, C., Zahoran, S., & Hughes, C. (2021). Not4 and Not5 modulate translation elongation by Rps7A ubiquitination, Rli1 moonlighting, and condensates that exclude eIF5A. In CELL REPORTS (Vol. 36, Issue 9, pp. 109633–109633). https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109633Öppnas i en ny tabb
Citering:
Garre, E., Pelechano, V., Sánchez Del Pino, M., Alepuz, P., & Sunnerhagen, P. (2018). The Lsm1-7/Pat1 complex binds to stress-activated mRNAs and modulates the response to hyperosmotic shock. PLoS Genetics, 14(7), e1007563. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007563Öppnas i en ny tabb
Citering:
da, S. P., Zhang, Y., Theodorakis, E., Martens, L., Yepez, V., Pelechano, V., & Gagneur, J. (2024). Cellular energy regulates mRNA degradation in a codon-specific manner. In MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY (Vol. 20, Issue 5, pp. 506–520). https://doi.org/10.1038/s44320-024-00026-9Öppnas i en ny tabb
Citering:
Zhang, Y., & Pelechano, V. (2021). High-throughput 5’P sequencing enables the study of degradation-associated ribosome stalls. In CELL REPORTS: METHODS (Vol. 1, Issue 1, pp. 100001–100001). https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100001Öppnas i en ny tabb
Citering:
Tseng, S. C. (2019). Regulation of RNA Synthesis and Decay via the C-terminal Domain of Pol II. https://asset.library.wisc.edu/1711.dl/52QPBQLOXUAEI8C/R/file-ae24a.pdfÖppnas i en ny tabb
