5PSeq Explorer-datafrysning

Illumina NextSeq 500

Tekniskt/-a instrument

Illumina NovaSeq 6000

Tekniskt/-a instrument

Illumina HiSeq 2000

Tekniskt/-a instrument

Illumina MiSeq

Tekniskt/-a instrument

• Wallenberg Academy Fellowship

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  ROR

2021.0167

• Karolinska Institutet

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  ROR

SciLifeLab, SFO, KID and KI funds

• Vetenskapsrådet

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  ROR

2022-05272_VR

Utveckling av ett molekylärt kit för förenklad detektion av fenotypisk antimikrobiell resistens.

Multiresistenta mikroorganismer utgör ett globalt hot mot vår hälsa. De konventionella metoder som idag används för resistensbestämning av bakterier och svamp är tidskrävande vilket kan leda till fördröjd insättning av adekvat antimikrobiell terapi. Vårt mål är att utveckla en förenklad molekylär metod, baserat på förändringar i nedbrytningen av mRNA, som kan användas för resistensbestämning och därmed ge förutsättingar för optimal antibiotikabehandling. Ett av målen med projektet är att visa att vår metod är tillämpbar i sjukvården, vilket är en förutsättning för framtida kommersialisering och bred patientnytta. Detta projekt kommer därför att utföras i nära samarbete mellan universitet, sjukvård och biotekniksektor för att skapa de mest gynsamma förutsättningarna. Vårt långsiktiga mål med projektet är att minska dödligheten hos kritiskt sjuka patienter och att förbättra livskvaliteten hos patienter med återkommande infektioner. Huvudfokus kommer ligga på den kliniska användbarheten och hur vår nya teknik kan användas praktiskt i den kliniska vardagen. Sammanfattningsvis har detta projekt potentialen att förbättra sjukdomsdiagnos och patientöverlevnad samt att rationalisera och optimera användandet av antibiotika och antimykotika vid behandling av infektionssjukdomar.

• Vetenskapsrådet

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  ROR

2023-02026_VR

Skalbar Etikettfri elektrisk detektering av patogener

Virusinfektioner är mycket vanliga och kan orsaka allvarlig sjukdom. Därför är det viktigt med snabb och tillförlitlig diagnostik av virusinfektioner, både för korrekt behandling och för att undvika spridning till andra. De metoder som finns idag för diagnostik av virusinfektioner kräver antingen avancerad utrustning och särskilt utbildad personal eller är inte tillräckligt känsliga för säker klinisk diagnostik. I det här projektet vill vi utveckla ett ny snabb och känslig metod för diagnostik av virusinfektioner som kombinerar molekylärbiologi och elektronik.Vår metod fungerar i två steg. I det första steget använder vi en speciell teknik som kallas RT-LAMP för att göra många kopior av virusets genetiska material. I det andra steget använder vi en annan teknik för att få det kopierade genetiska materialet att hålla ihop och bilda små bollar av DNA, så kallade DNA-nanobollar. Dessa bollar är fortfarande mycket små, men tillräckligt stora för att detekteras elektriskt. Genom att låta dessa DNA-nanobollar flöda genom en kanal kan vi mäta förändringar av den elektriska strömmen och på detta sätt påvisa virus. Vi tror att den här metoden är bättre än nuvarande metoder för att påvisa virus i patientprov eftersom vår metod varken behöver någon dyr eller komplicerad utrustning och dessutom är lätt att utföra. Metoden kommer också att fungera för att påvisa många olika typer av virus, till exempel SARS-CoV-2 och influensavirus. Vi kommer att utvärdera vår metod med hjälp av patientprover och jämföra den med andra metoder för att validera dess användbarhet.Vi hoppas att denna metod kommer att hjälpa läkare och vårdpersonal att diagnostisera virusinfektioner både snabbare, billigare och säkrare. Detta kan både rädda liv, förbättra behandllingsmöjligheter och förhindra utbrott av virusinfektioner i framtiden.

• Vetenskapsrådet

  Öppnar nytt fönster hos ror.org.

  ROR

2024-03210_VR

Molekylär dissektion av näringsinducerade ribosomförskjutningar, från cancer till åldrande.

Vårt team har nyligen upptäckt en mekanism genom vilken celler accelererar sönderfallet av budbärar-RNA-molekyler och ökar produktionen av felaktiga proteiner. Denna mekanism involverar ett knep där vårt proteinproducerande maskineri, som kallas ribosomer, känner av bristen på näringsämnen och växlar växeln genom att feltolka budbärarmolekylerna. I detta projekt syftar vi till att förbättra vår mekanistiska förståelse av denna process och utnyttja denna upptäckt för att bekämpa sjukdomar.Vi kommer att utforska hur felaktiga proteiner genereras och om de leder till ackumulering av giftiga aggregat. Även om detta under många tillstånd som åldrande kommer att vara negativt för cellen, kan det gå till vår fördel vid cancer. Uttrycket av dessa felaktiga proteiner i cancerceller kan generera molekyler som kallas cancer neoantigener. Cancer neoantigener är små bitar av protein som är unika för cancercellerna som kan hjälpa vårt immunförsvar att bekämpa sjukdomen.Slutligen, när de mekanismer som vi har upptäckt anpassar sig till näringsförhållandena,vi kommer att utforska nya strategier för att justera denna genetiska omkoppling för att öka vår kropps försvar mot cancer och åldranderelaterade problem.