Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Läkemedelskänslighet, affinitetsproteomik, samt encellsspatiell ytproteomik från patienter med akut myeloisk leukemi vid diagnos

Functional and molecular drivers of therapy response in FLT3-mutant leukemia
https://doi.org/10.48723/n3h9-wr71
Detta arkiv innehåller multi-omiska data genererade från patienter med FLT3 mutation och vildtyp AML. Data består av selektiva läkemedelskänslighetsvärden, nivåer av lösliga proteiner samt spatial proteomikdata, tillsammans med annoteringsfiler som länkar patient-ID:n mellan olika dataset och läkemedelsklassificeringar. Databehandlingsmetoder och programvaruberoenden är specificerade för varje dataset. För mer information se beskrivning på engelska.
Ladda ner dokumentation (1 filer / 5.14 KiB)

Dokumentationsfiler

  • README.txt
    5.14 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Data innehåller pseudonymiserade identifierare

Kodnyckel existerar:

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter:

Ja

Citering:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Studiepopulationen består av 175 patienter med akut myeloisk leukemi (AML), varav 63 har en FLT3-mutation. Proteomikdatamängderna innehåller endast prover från FLT3-muterade patienter, medan läkemedelstestningsdata omfattar båda grupperna.

Tidsdimension:

Studiedesign:

  • Experimentell studie
  • Preklinisk studie

Beskrivning av studiedesign:

Funktionell och molekylär multiomikstudie av obehandlade patienter med AML för att länka systembiologi till specifik läkemedelskänslighet.

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

Prover från benmärg eller perifert blod togs i samband med rutindiagnostik. Mononukleära celler isolerades genom gradientcentrifugering och röda blodkroppar lyserades med ACK buffert innan analys.

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/datastruktur:

Prover/material Nya från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Nationella akutleukemibiobanken

Typ(er) av prov:

Mononukleära benmärgsceller

Prover/material Befintliga från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Nationella akutleukemibiobanken

Typ(er) av prov:

Mononukleära benmärgsceller

Datainsamling Biologiska provtagningar

Insamlingsmetod:

Biologiska provtagningar

Beskrivning av insamlingsmetod:

Drug sensitivity and resistance testing, FIMM FO5A library, CellTiter Glo

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2018 - 2021

Datainsamlare:

  • Karolinska Institutet

Datainsamling Biologiska provtagningar

Insamlingsmetod:

Biologiska provtagningar

Beskrivning av insamlingsmetod:

Single cell spatial proteomics kit (Pixelgen, immunology panel I), sequenced using a NovaSeq X Plus system

Datainsamlare:

  • Karolinska Institutet

Datainsamling Biologiska provtagningar

Insamlingsmetod:

Biologiska provtagningar

Beskrivning av insamlingsmetod:

Olink 96 Immuno-Oncology panel (Olink Proteomics) measured with a BioMarkTM HD System (Fluidigm)

Datainsamlare:

  • Karolinska Institutet

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Administrativ information

Ansvarig institution/enhet:

Institutionen för onkologi-patologi

Medverkande:

  • Olli Kallioniemi - Karolinska Institutet
  • Sören Lehmann - Karolinska Institutet
  • Henrik Gezelius - Uppsala Universitet
  • Anders Lundmark - Uppsala Universitet
  • Jessica Nordlund - Uppsala Universitet

Uppdragsgivare:

Etikprövning:

Stockholm - 2017/2085-31/2

Finansiering

Finansiär:

  • Barncancerfonden

Referensnummer:

TJ2021-0080

Finansiär:

  • Karolinska Institutet

Referensnummer:

2024-00304, 2020-01091, 2018-02283

Finansiär:

  • Stiftelsen för Strategisk Forskning

Referensnummer:

SB16-0058

Finansiär:

  • Vetenskapsrådet

Referensnummer:

2017-06095

Finansiär:

  • Knut and Alice Wallenberg Stiftelse

Referensnummer:

2015.0291

Projektnamn på ansökan:

Systems Precision Medicine Platform to Optimize Therapies for Cancer Patients: Acute Myeloid Leukemia (AML) and Beyond

Ämnesområde och nyckelord

CESSDA Topic Classification:

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Kontakt

Tom Erkerstom.erkers@ki.seÖppnas i en ny tabb

Metadata

Version 1
doris
ki
Publicerad: