Dissecting CAF subtypes in Pancreatic Cancer
Inom stroman av duktalt adenokarcinom hos pankreas (PDAC) differentierar mesenkymala celler till cancerassocierade fibroblastsubtyper (CAF) som successivt medierar sjukdomsprogression. Att definiera den reglerande mekanismen och mångfalden av CAF-subtyper kan identifiera potentiella terapeutiska strategier för att utnyttja CAFs tumörhejdande aktiviteter. För att undersöka detta använde vi RNA-sekvensering hos enskilda celler för att karakterisera mesenkymala celler hos human PDAC som utrycker fibroblastaktiveringsprotein-alfa (FAP). De mesenkymala subpopulationerna i PDAC reflekterade mesenkymal cellheterogenitet som finns i normalt utvecklande pankreas. Förutom en detaljerad karakterisering av subpopulationer av inflammatorisk CAF (iCAF) och myofibroblastisk CAF (myCAF), avslöjade analysen en tidigare okänd subtyp av en interferon-respons CAF (ifCAF). Signaler från tumören inducerade specifika CAF-subtyper från pankreatiska stellatceller (PSCs) i en organoidbaserad samodlingsmodell, och tidsförloppsexperiment avslöjade regulatoriska mekanismer som styr subtypbildning. STING-agonister främjade en ifCAF-fenotyp in vivo och in vitro. Viktigt är att induktion av en ifCAF-fenotyp hejdade tumörcellinvasivitet och inducerade en antitumörfenotyp i tumörassocierade neutrofiler. Sammanfattningsvis ger denna studie detaljerad insyn i FAP+ stromacellsheterogenitet i PDAC och identifierar en ifCAF-subtyp som kan induceras för att bromsa tumörfrämjande egenskaper hos PDAC (Cumming m. fl. 2025). Detta dataset innehåller följande data- och metadatafiler: 1. Sex par fastq-filer som innehåller den faktiska sekvenseringsdatan. Den totala storleken är 230 Gb. Varje fastq par representerar singel-cell RNA-sekvensering från ett separat patientprov. Fastq-filer är textfiler med genomsekvens och sekvenskvalitetsmått. De är lagrade som komprimerade gzip-filer. 2. En metadatafil med provinformation. De inkluderade variablerna är: Provnamn, sekvenseringsbiblioteks-ID, sekvenseringsdjup, sekvenseringsindex, antal celler, barcode set, patientens pseudo-ID (P1-P5), patologisk diagnos, kön, ålder, kirurgiskt ingrepp, patologisk klassificering, tumörens läge, histologisk status (desmoplasi). Detta är en Excelfil (xlsx). 3. En metadatafil med provinformation enligt Federated European Genome-Phenome Archive Sweden (FEGA-Sweden) mallformat. Detta är en Excelfil (xlsx). 4. Tolv bearbetade datatabeller med råa sekvens-reads (UMI) count; Sex filer med kvalitetsfiltrerade celler, och sex filer med alla celler. Detta motsvarar genuttrycksnivåer efter mappning till referensgenomet. Datan är lagrad i MEX-format, dvs tre tabbavgränsade textfiler i gles matrisformat. Filerna är komprimerade med gzip. 5. Två cellannoteringstabeller för singel-cell datan. Tabellerna beskriver read count, genantal, klusternummer och celltypannotering för 30786/26733 celler från de 6 proverna som beskrivs i metadatafilen med provinformation. Tabellerna är i tabbavgränsade textfiler. 6. Två binära filer skrivna i R-programmeringsspråket som innehåller ett objekt läsbart av Seurat-paketet. Filerna innehåller processad data i form av read-count (dvs genuttrycksnivåer) samt transformerad (normaliserad och skalad) data och analysresultat. Filerna är i RDS-format och kan laddas in i R.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Metod och utfall
Metod och utfall
Datainsamling - Experiment
Datainsamling - Experiment
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Administrativ information
Administrativ information
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Relationer
Relationer
Metadata
Metadata
