Dissecting CAF subtypes in Pancreatic Cancer
https://doi.org/10.71540/eq7d-nd59
Inom stroman av duktalt adenokarcinom hos pankreas (PDAC) differentierar mesenkymala celler till cancerassocierade fibroblastsubtyper (CAF) som successivt medierar sjukdomsprogression. Att definiera den reglerande mekanismen och mångfalden av CAF-subtyper kan identifiera potentiella terapeutiska strategier för att utnyttja CAFs tumörhejdande aktiviteter. För att undersöka detta använde vi RNA-sekvensering hos enskilda celler för att karakterisera mesenkymala celler hos human PDAC som utrycker fibroblastaktiveringsprotein-alfa (FAP). De mesenkymala subpopulationerna i PDAC reflekterade mesenkymal cellheterogenitet som finns i normalt utvecklande pankreas. Förutom en detaljerad karakterisering av subpopulationer av inflammatorisk CAF (iCAF) och myofibroblastisk CAF (myCAF), avslöjade analysen en tidigare okänd subtyp av en interferon-respons CAF (ifCAF). Signaler från tumören inducerade specifika CAF-subtyper från pankreatiska stellatceller (PSCs) i en organoidbaserad samodlingsmodell, och tidsförloppsexperiment avslöjade regulatoriska mekanismer som styr subtypbildning. STING-agonister främjade en ifCAF-fenotyp in vivo och in vitro. Viktigt är att induktion av en ifCAF-fenotyp hejdade tumörcellinvasivitet och inducerade en antitumörfenotyp i tumörassocierade neutrofiler. Sammanfattningsvis ger denna studie detaljerad insyn i FAP+ stromacellsheterogenitet i PDAC och identifierar en ifCAF-subtyp som kan induceras för att bromsa tumörfrämjande egenskaper hos PDAC (Cumming m. fl. 2025).
Detta dataset innehåller följande data- och metadatafiler:
1. Sex par fastq-filer som innehåller den faktiska sekvenseringsdatan. Den totala storleken är 230 Gb. Varje fastq par representerar singel-cell RNA-sekvensering från ett separat patientprov. Fastq-filer är textfiler med genomsekvens och sekvenskvalitetsmått. De är lagrade som komprimerade gzip-filer.
2. En metadatafil med provinformation. De inkluderade variablerna är: Provnamn, sekvenseringsbiblioteks-ID, sekvenseringsdjup, sekvenseringsindex, antal celler, barcode set, patientens pseudo-ID (P1-P5), patologisk diagnos, kön, ålder, kirurgiskt ingrepp, patologisk klassificering, tumörens läge, histologisk status (desmoplasi). Detta är en Excelfil (xlsx).
3. En metadatafil med provinformation enligt Federated European Genome-Phenome Archive Sweden (FEGA-Sweden) mallformat. Detta är en Excelfil (xlsx).
4. Tolv bearbetade datatabeller med råa sekvens-reads (UMI) count; Sex filer med kvalitetsfiltrerade celler, och sex filer med alla celler. Detta motsvarar genuttrycksnivåer efter mappning till referensgenomet. Datan är lagrad i MEX-format, dvs tre tabbavgränsade textfiler i gles matrisformat. Filerna är komprimerade med gzip.
5. Två cellannoteringstabeller för singel-cell datan. Tabellerna beskriver read count, genantal, klusternummer och celltypannotering för 30786/26733 celler från de 6 proverna som beskrivs i metadatafilen med provinformation. Tabellerna är i tabbavgränsade textfiler.
6. Två binära filer skrivna i R-programmeringsspråket som innehåller ett objekt läsbart av Seurat-paketet. Filerna innehåller processad data i form av read-count (dvs genuttrycksnivåer) samt transformerad (normaliserad och skalad) data och analysresultat. Filerna är i RDS-format och kan laddas in i R.
För mer information om datafilerna, vänligen läs dokumentationsfilerna som medföljer denna databeskrivning. Om du vill skicka in en begäran om åtkomst till data i denna datauppsättning, vänligen läs dokumentet Readme_before_submission_of_an_access_request.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Diarienummer hos huvudman:
- 2019-00399
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Genomisk sekvensdata, kön, klinisk diagnos, ålder
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Datainsamling - Experiment
Datainsamling - Experiment
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Administrativ information
Administrativ information
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Relationer
Relationer
Versioner
Versioner
Metadata
Metadata
Versioner
Versioner
