Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Raw scRNA-seq FASTQ-datafiler för: Nerve growth factor responsive elements modulate immune cell inflammation and are dysregulated in an Alzheimer's disease mouse model

https://doi.org/10.48723/d5mw-0122
Datasetet innehåller raw FASTQ-filer från single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) genererade från splenocyter isolerade från vildtyp C57BL/6J-möss (n = 2). Bibliotek preparerades med 10x Genomics Chromium Next GEM Single Cell 3′ Reagent Kit v3.1 och sekvenserades på en Illumina NextSeq 2000-plattform. Datasetet består av parade råa sekvenseringsfiler kopplade till en studie med titeln "Nerve growth factor responsive elements modulate immune cell inflammation and are dysregulated in an Alzheimer's disease mouse model". The dataset consists of four (4) files: - RGAD_WT_S1_L001_R1_001.fastq.gz Forward reads for WT sample 1 - RGAD_WT_S1_L001_R2_001.fastq.gz Reverse reads for WT sample 1 - RGAD_WT1_S1_L001_R1_001.fastq.gz Forward reads for WT sample 2 - RGAD_WT1_S1_L001_R2_001.fastq.gz Reverse reads for WT sample 2
Ladda ner data och dokumentation (5 filer / 12.56 GiB)

Datafiler

Dokumentationsfiler

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Vild typ Mus musculus C57BL/6J laboratoriemöss; single-cell-suspensioner från splenocyter använda för scRNA-seq-analys.

Studiedesign:

  • Experimentell studie
  • Preklinisk studie

Beskrivning av studiedesign:

Preklinisk experimentell studie med vildtyp C57BL/6J-möss. Splenocyter isolerades och processades för single-cell RNA-sekvensering (scRNA-seq) för att generera transkriptomiska profileringsdata.

Beskrivning av urval:

2 biologiska prover

Dataformat/​datastruktur:

Datainsamling Laboratorieexperiment

Insamlingsmetod:

Laboratorieexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Mice were kept on a 12h light/dark cycle and food and water were available ad libitum. Mice were deeply anesthetized using isoflurane to collect spleen. Dissected spleens were processed to collect splenic immune cells. After isolation, the splenocytes were counted and the viability was measured with the Luna FL dual fluorescence cell counter with dual stain Acridine Orange/Propidium Iodide, with cell size gated between 1-60 μm (Logos Biosystems). Cell suspensions with viability of 85% were encapsulated using the Next Gem Single Cell 3′ Reagent kit v3.1. (Dual index) from 10x Genomics (cat: PN-100026), aiming to capture 5,000 cells. Libraries were prepared as per manufacturer’s instruction (protocol CG000315) and sequenced using the Illumina platform on a Next seq2000 P3 100 cycles flow cell, aiming for an average read depth of 40,000 reads/cell. The cell capture and library generation were performed at the Single Cell Core Facility of Flemingsberg Campus (SICOF) that receives funding from the Infrastructure Board at Karolinska Institutet.

Instrument

Namn:

Illumina NextSeq 2000

Typ:

Tekniskt/-a instrument

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för neurobiologi, vårdvetenskap och samhälle

Etikprövning 1:

Stockholm - 12.570–2021

Stockholms djurförsöksetiska nämnd

Etikprövning 2:

Stockholm - 5406–2020

Stockholms djurförsöksetiska nämnd

Etikprövning 3:

Linköping - ID 407

Linköpings djurförsöksetiska nämnd

Ämnesområde och nyckelord

CESSDA Topic Classification:

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
ki
Publicerad: